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- PDB-7lfd: Fab 7D6 bound to ApoL1 BH3 like peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lfd
タイトルFab 7D6 bound to ApoL1 BH3 like peptide
要素
  • Apolipoprotein L1 BH3 like peptide
  • Fab 7D6 heavy chain
  • Fab 7D6 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoprotein metabolic process / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / lipid transport / cytolysis by host of symbiont cells / chloride channel activity / Scavenging of heme from plasma / cholesterol metabolic process / chloride transmembrane transport / Post-translational protein phosphorylation ...lipoprotein metabolic process / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / lipid transport / cytolysis by host of symbiont cells / chloride channel activity / Scavenging of heme from plasma / cholesterol metabolic process / chloride transmembrane transport / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / lipid binding / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein L / Apolipoprotein L / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / CITRATE ANION / AMMONIUM ION / Apolipoprotein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.157 Å
データ登録者Ultsch, M. / Kirchhofer, D.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the ApoL1 and ApoL2 N-terminal domains reveal a non-classical four-helix bundle motif.
著者: Ultsch, M. / Holliday, M.J. / Gerhardy, S. / Moran, P. / Scales, S.J. / Gupta, N. / Oltrabella, F. / Chiu, C. / Fairbrother, W. / Eigenbrot, C. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2021年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein L1 BH3 like peptide
H: Fab 7D6 heavy chain
L: Fab 7D6 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8639
ポリマ－49,3343
非ポリマー5296
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.947, 129.947, 90.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質・ペプチド Apolipoprotein L1 BH3 like peptide / Apolipoprotein L / ApoL / Apolipoprotein L-I / ApoL-I


分子量: 1957.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14791

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab 7D6 heavy chain


分子量: 24050.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4
#3: 抗体 Fab 7D6 light chain


分子量: 23325.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4

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非ポリマー , 5種, 191分子

#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: rods
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8M Ammonium Citrate pH 7.0 / PH範囲: 6.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.157→70.674 Å / Num. obs: 40614 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.163→2.273 Å / Rmerge(I) obs: 1.638 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2033 / CC1/2: 0.371 / Rpim(I) all: 0.855 / Rrim(I) all: 1.855

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LFB

7lfb


解像度: 2.157→70.674 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 2262 5.57 %
Rwork0.1655 38325 -
obs0.1676 40587 84.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 178.8 Å2 / Biso mean: 46.5584 Å2 / Biso min: 22.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.157→70.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3456 0 74 185 3715
Biso mean--75.47 49.57 -
残基数----455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9584844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8741290
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1574-2.20430.35310.274155720
2.2043-2.25560.3178500.262981830
2.2556-2.3120.31971110.2761191468
2.312-2.37450.26461460.2463244988
2.3745-2.44440.30091560.2472268996
2.4444-2.52330.29191660.2364275799
2.5233-2.61350.26621630.24322800100
2.6135-2.71810.31251390.2406238384
2.7181-2.84190.25851610.19732817100
2.8419-2.99170.22041680.18292825100
2.9917-3.17910.23251670.18132807100
3.1791-3.42460.23571640.1715275798
3.4246-3.76920.19221420.1467229687
3.7692-4.31450.15281530.1216261391
4.3145-5.43560.1291690.10932862100
5.4356-70.6740.17081760.14712981100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 115.9727 Å / Origin y: 82.7508 Å / Origin z: 6.8589 Å
111213212223313233
T0.2951 Å20.0241 Å20.0025 Å2-0.2087 Å20.0296 Å2--0.2589 Å2
L1.722 °20.8697 °20.1749 °2-0.9065 °20.4616 °2--1.2367 °2
S-0.065 Å °0.0709 Å °-0.0199 Å °-0.0377 Å °0.0319 Å °0.0739 Å °-0.0649 Å °-0.0533 Å °0.0331 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA152 - 168
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 224
6X-RAY DIFFRACTION1allH301
7X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 214
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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