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- PDB-7lbi: Wild-type Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase (WT-2) at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lbi
タイトルWild-type Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase (WT-2) at 274K, PHENIX-refined
要素Isonitrile hydratase InhA
キーワードLYASE / isonitrile / DJ-1/PfpI superfamily / diffuse scattering
機能・相同性: / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM139978 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM123159 米国
引用ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2021
タイトル: Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters.
著者: Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isonitrile hydratase InhA
B: Isonitrile hydratase InhA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3612
ポリマ－48,3612
非ポリマー00
水6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.297, 58.215, 69.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.825, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Isonitrile hydratase InhA


分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 23% PEG 3350, 100MM TRIS-HCL PH 8.6, 200 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 2 MM DITHIOTHREITOL

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データ収集

回折平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→38.67 Å / Num. obs: 127238 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 6125 / CC1/2: 0.257 / Rrim(I) all: 1.768 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
autoXDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NI6

6ni6


解像度: 1.2→34.58 Å / SU ML: 0.1082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.6554
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1526 3808 3.01 %random
Rwork0.1207 122499 --
obs0.1217 126307 96.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→34.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3368 0 0 366 3734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00654096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89775676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0767645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.77921527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.220.29921230.27234274X-RAY DIFFRACTION90.88
1.22-1.230.29681300.25264307X-RAY DIFFRACTION92.98
1.23-1.250.2581490.23814190X-RAY DIFFRACTION90.47
1.25-1.270.2571310.22764377X-RAY DIFFRACTION93.08
1.27-1.280.2231500.21794548X-RAY DIFFRACTION97.33
1.28-1.30.23531470.214562X-RAY DIFFRACTION97.66
1.3-1.330.22691500.20474606X-RAY DIFFRACTION98.22
1.33-1.350.22341340.19184563X-RAY DIFFRACTION98.14
1.35-1.370.22541520.1824549X-RAY DIFFRACTION98.08
1.37-1.40.20311330.1654603X-RAY DIFFRACTION98.28
1.4-1.430.19551450.15244656X-RAY DIFFRACTION98.44
1.43-1.460.17311330.13394559X-RAY DIFFRACTION97.75
1.46-1.490.16111530.12334552X-RAY DIFFRACTION97.94
1.49-1.530.14741600.11464531X-RAY DIFFRACTION96.94
1.53-1.570.15771440.11134444X-RAY DIFFRACTION94.46
1.57-1.620.14921360.10164579X-RAY DIFFRACTION97.98
1.62-1.670.14981240.09624652X-RAY DIFFRACTION98.49
1.67-1.730.11531180.08594633X-RAY DIFFRACTION98.43
1.73-1.80.11821360.08454607X-RAY DIFFRACTION98.28
1.8-1.880.11421470.08414605X-RAY DIFFRACTION98.28
1.88-1.980.11131260.08474639X-RAY DIFFRACTION98.49
1.98-2.110.12271490.08954567X-RAY DIFFRACTION97.52
2.11-2.270.12131800.09364395X-RAY DIFFRACTION93.65
2.27-2.50.11941490.09914641X-RAY DIFFRACTION98.82
2.5-2.860.16231430.11644640X-RAY DIFFRACTION97.91
2.86-3.60.15291260.12684609X-RAY DIFFRACTION96.73
3.6-34.580.15241400.12134611X-RAY DIFFRACTION95.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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