PDB-7lap: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Xa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lap

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Xa

要素

Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / AAC(3)-Xa / RESISTANCE / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NIAID

機能・相同性

aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / FORMIC ACID / D(-)-TARTARIC ACID / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Kim, Y. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.

履歴

登録	2021年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lap.cif.gz	284.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lap.ent.gz	204.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lap	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ht0C 6mmzC 6mn0C 6mn3C 6mn4C 6mn5C 7kesC 7laoC 6mn2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wzq-2 5wzp-2 2zno-d 5uhn-d 5wzq-1 5wzp-1 5wzn-1 6ot7-d 5y2t-d 6i82-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP98166

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

ヘテロ分子

64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.489, 161.489, 138.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22
Space group name Hall	P6c2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z #10: -y,-x,-z+1/2 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-301- CL
2	1	A-730- HOH
3	1	A-792- HOH
4	1	B-655- HOH
5	1	B-659- HOH

#1: タンパク質	Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase 分子量: 31817.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 遺伝子: kan, yokD_2, NCTC13033_06639 / プラスミド: pET19bTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Magic 参照: UniProt: Q54216, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium tartrate, 0.25 M sodium formate Cryoprotectant: 6% (v/v) PEG200, paratone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 67078 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 17.2 % / B_iso Wilson estimate: 42.81 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 31.42
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.074 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 3063 / CC_1/2: 0.593 / R_pim(I) all: 0.396 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3448	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MN2

6mn2

解像度: 2.04→49.39 Å / SU ML: 0.2087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.2244
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1979	3279	4.91 %	RANDOM
R_work	0.1653	63457	-	-
obs	0.1669	66736	98.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4368	0	58	658	5084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0117	4597
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1177	6272
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0685	674
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	850
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5272	1673

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.08	0.3149	131	0.2872	2377	X-RAY DIFFRACTION	87.6
2.08-2.11	0.3271	122	0.2722	2662	X-RAY DIFFRACTION	95.9
2.11-2.14	0.2521	152	0.2574	2680	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.14-2.18	0.2543	127	0.2273	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.18-2.22	0.2421	140	0.2163	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.22-2.26	0.2848	136	0.2175	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.26-2.31	0.2259	153	0.1968	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.31-2.36	0.2026	160	0.1884	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.36-2.41	0.2337	141	0.1869	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.41-2.47	0.2331	133	0.1857	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.47-2.54	0.2269	143	0.1842	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.54-2.61	0.1988	151	0.1915	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.61-2.7	0.2272	154	0.1783	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.7-2.8	0.2226	147	0.1749	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.8-2.91	0.2104	144	0.1837	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.91-3.04	0.2142	135	0.1772	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.05
3.04-3.2	0.2205	159	0.1714	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.18
3.2-3.4	0.1882	111	0.1545	2832	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.4-3.66	0.1968	144	0.1468	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.66-4.03	0.1806	140	0.1372	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.03-4.61	0.1366	150	0.1221	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.61-5.81	0.1669	139	0.1392	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.81-49.39	0.2005	167	0.1807	3045	X-RAY DIFFRACTION	99.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.75917135636	2.29397398962	-0.204266552382	3.173511316	-0.399822668694	0.501660704275	0.137963495373	-0.640569791948	-2.90138594522	-0.65584550667	0.38591713092	-1.01612831024	1.04018300135	0.127017933111	-0.00416759164431	0.71670748274	0.210070377114	0.0369782739082	0.649434396442	0.180753385863	1.20047963777	46.2724275544	52.2423048724	47.04046551
2	1.31242471589	-0.47796628422	-0.273637309875	0.299595155008	-0.15728845935	0.0308243334074	-0.0735207249082	-0.274460628834	0.102192814701	-0.127617728668	-0.0135228354415	-0.329840264017	-0.210532697968	0.250618599326	-2.04649980058E-7	0.491892159394	0.0164582883991	-0.0415953130702	0.586554649672	0.0915426907266	0.496246835624	26.8367802471	61.7877770063	55.3303026164
3	2.93285315672	-0.439012140295	-0.554446144782	0.15606655877	-0.403567852559	1.74382522562	-0.0143865464888	-0.513491633753	-0.372586819361	0.00365576078729	-0.106927646359	-0.196779483468	0.23316097894	0.512997823575	-0.00114384974316	0.385253961124	0.0473911755144	-0.120024108785	0.568963874486	0.169000567336	0.4823697109	22.7482921025	52.5840084466	62.2090696633
4	1.27865380459	0.143256838652	0.683114917514	1.31744963858	0.222808953979	0.267428752353	0.100611693076	-0.134726179448	-0.47649221959	-0.328500809399	-0.0728777013655	-0.229372569033	0.422580844144	0.0307418644345	-1.3864461722E-7	0.492759484395	0.0574946683616	-0.117909903672	0.422576286085	0.0806476815826	0.537188672867	12.9656846393	48.4357939047	53.5881851301
5	3.17574585716	-0.498484346999	-1.84333776882	2.73562435183	-1.77627573349	2.66014912938	0.145396705941	0.403117988769	-0.764456244535	-0.235210736518	-0.345485727748	-1.0767157382	0.224867632333	1.07285621441	0.00591087568762	0.491702873252	0.217854927293	-0.0447791562795	0.6184161206	0.297353921662	0.84142933432	33.0543815964	44.4551577226	55.275319098
6	0.289422909807	-0.0653368996997	0.301384659306	2.82522005943	-0.571650847197	1.41018589665	0.195420449243	0.455850299052	-0.524267490151	-0.8366776094	-0.0792931250371	-0.189473582366	0.691778132415	0.370805027585	1.02307660752E-6	0.724573245219	0.0767026033728	-0.127191686519	0.561646062372	-0.0513970505328	0.691713843393	11.5507587091	45.8080807875	42.4984242036
7	2.23310529318	0.344940389851	-0.945966483462	0.303595662165	0.0477678760324	1.37331210264	-0.0617362680258	0.0611564602412	-1.12754614817	-0.277336545694	0.0769315123207	0.622748468119	0.764335233911	-0.00990182134322	-0.000894929991245	0.650988217126	0.00855866907209	-0.164688414374	0.391911636322	-0.00343849469974	0.793600740355	8.26048677953	41.1255643678	47.7866597293
8	1.85872836822	-1.14408263613	-1.2298777315	2.15820631245	-0.0709534609816	1.46786799603	0.0414551450605	0.171231608388	-0.777161374891	-0.300838737934	0.147568049093	-0.410410031963	0.604658229425	0.194256219684	0.00253575512945	0.58178510382	0.141800500515	0.0443784237656	0.599470558473	0.0310426710056	0.512047393553	44.554125469	64.2934568177	43.9693648333
9	2.59719123892	-0.311175060093	-1.16617822303	0.364931116395	0.164059057876	0.554491847648	-0.139151250503	-0.253757377776	-0.158299977934	-0.0656032086616	0.0579216982003	0.0425787364434	0.210603553754	0.225412839244	-7.20575359343E-8	0.391346735764	0.0667535473794	-0.0482720462972	0.477336609998	0.023103384437	0.34823202233	36.3600229006	75.4455045323	53.1408951983
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19	2.43956844796	-0.0725372368939	0.762728493681	0.971780576238	-0.437906784664	1.08792730124	0.065565966179	-0.0590827854618	-0.0922856923251	-0.106820321979	-0.0894271322077	-0.0438163624899	0.0912703406158	0.132916171209	-2.96774321718E-7	0.349252470989	0.0163118822491	-0.06849829238	0.380458938375	0.0311997564923	0.353147704508	14.1309460407	61.5621001885	55.3574535958

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 81 through 95 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 96 through 118 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 119 through 157 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 158 through 188 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 189 through 217 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 218 through 257 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 258 through 283 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid -1 through 26 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 27 through 80 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 81 through 95 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 96 through 119 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 120 through 157 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 158 through 188 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 189 through 217 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 218 through 235 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 236 through 257 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 258 through 283 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid -2 through 26 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 27 through 80 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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