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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lam | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Campylobacter jejuni Cj0843c lytic transglycosylase in complex with N,N',N''-triacetylchitotriose | ||||||
要素 | Lytic transglycosylase domain-containing protein | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / inhibitor / complex / substrate analog / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | van den Akker, F. / Kumar, V. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021 タイトル: Turnover Chemistry and Structural Characterization of the Cj0843c Lytic Transglycosylase of Campylobacter jejuni . 著者: Kumar, V. / Mathure, S.A. / Lee, M. / Boorman, J. / Zeng, X. / Lin, J. / Hesek, D. / Lastochkin, E. / Mobashery, S. / van den Akker, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lam.cif.gz | 130.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lam.ent.gz | 99.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lam_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lam_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7lam_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lam_validation.cif.gz | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lam | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63644.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: A0X18_03655, A0X31_01845, A9372_04065, APU74_07480, B1933_07625, BBS05_05650, BCB47_05730, BED64_07690, C3I22_05260, C3I27_06990, C3I35_05175, C7N26_08315, CJ274_08505, CV323_05370, CWD74_ ...遺伝子: A0X18_03655, A0X31_01845, A9372_04065, APU74_07480, B1933_07625, BBS05_05650, BCB47_05730, BED64_07690, C3I22_05260, C3I27_06990, C3I35_05175, C7N26_08315, CJ274_08505, CV323_05370, CWD74_05755, D0W34_08355, D4Q41_06000, D5I02_03510, D6H33_08420, DPG08_07275, DUX97_06720, DUY05_08000, DWS06_05135, DYE84_06365, E7R20_02805, EAX31_05720, EC071_05580, F0166_06250, F6982_06065, F7521_08930, F7J47_05300, F7U05_05765, F8803_06810, F9778_04965, FCR67_06545, FPD29_09025, FPT92_05795, FV831_05555, FV933_07400, FVI24_07230, FVM64_02425, FVM77_01160, FW220_07595, FW611_08035, FW976_03985, FWA25_07655, FY101_03890, FZ445_05005, FZ878_07970, FZW01_06295, G3M94_001083, GAX22_07420, GCI37_01695, GI172_07425, GIT96_06475, GJ442_07755, GK482_04850, GK486_00445, GL007_04270, GL031_07375, GM780_07860, GMG42_07100, GN862_07225, GNO13_05645, GNO32_03000, GPD80_07165, GRH33_07480, GRM82_06860, GRO30_05060, GRS20_08245, GSH24_05325, GTJ31_06080, GTV40_06285, GTV58_05620, GWW45_06140, GY415_000965, GZ489_001419, GZ499_001624, GZ502_000976, GZ518_001219 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3I4HTM2 | ||||||||
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#2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-CIT / | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 sodium citrate buffer pH 5.1-6.0, and 25-33% PEG 600. Protein was 10mg/ml in 10 mM HEPES pH 8.0 and 200 mM ammonium sulfate PH範囲: 5.1-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97935 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.31→29.72 Å / Num. obs: 41293 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6CF9 解像度: 2.31→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.642 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.49 Å2 / Biso mean: 50.352 Å2 / Biso min: 26.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.31→29.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.31→2.366 Å / Rfactor Rfree error: 0
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