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万見
- PDB-6cfc: Crystal structure of soluble lytic transglycosylase Cj0843 of Cam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cfc
タイトルCrystal structure of soluble lytic transglycosylase Cj0843 of Campylobacter jejuni in complex with Bulgecin A
要素Lytic transglycosylase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性Lysozyme - #10 / Lysozyme / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chem-BLG / :
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者van den Akker, F. / Kumar, V.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural studies and molecular dynamics simulations suggest a processive mechanism of exolytic lytic transglycosylase from Campylobacter jejuni.
著者: Vijayaraghavan, J. / Kumar, V. / Krishnan, N.P. / Kaufhold, R.T. / Zeng, X. / Lin, J. / van den Akker, F.
履歴
登録2018年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lytic transglycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,89011
ポリマ－61,4731
非ポリマー1,41710
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.294, 74.294, 190.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Lytic transglycosylase


分子量: 61473.270 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 18-540 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: BD28_04025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L7J388
#2: 化合物 ChemComp-BLG / 4-O-(4-O-SULFONYL-N-ACETYLGLUCOSAMININYL)-5-METHYLHYDROXY-L-PROLINE-TAURINE / BULGECIN A


分子量: 552.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H30N3O14S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% (w/v) PEG 3350. Bulgecin A was soaked into the crystal at 2.4mM concentration for 40 min at room temperature prior to freezing the crystal

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→64.34 Å / Num. obs: 39342 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CF8

6cf8


解像度: 2.04→64.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.469 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.16
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 1920 4.9 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1793 37371 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.77 Å2 / Biso mean: 42.486 Å2 / Biso min: 25.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→64.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4192 0 80 291 4563
Biso mean--54.4 47.91 -
残基数----506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.024389
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9775931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9773.0039613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.275508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12724.908218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.07815808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5951517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021042
LS精密化 シェル解像度: 2.041→2.094 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 167 -
Rwork0.244 2683 -
all-2850 -
obs--99.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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