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- PDB-5ne9: Crystal structure of H60A H307A mutant of Thermotoga maritima TmP... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ne9 | ||||||
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Title | Crystal structure of H60A H307A mutant of Thermotoga maritima TmPEP1050 aminopeptidase | ||||||
![]() | AMINOPEPTIDASE | ||||||
![]() | LYASE / leucylaminopeptidase / M42 family / tetrahedral structure | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dutoit, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: X-Ray Crystallography to Study the Oligomeric State Transition of the Thermotoga maritima M42 Aminopeptidase TmPep1050. Authors: Dutoit, R. / Brandt, N. / Van Elder, D. / Droogmans, L. #1: Journal: PLoS ONE / Year: 2012 Title: Functional characterization of two M42 aminopeptidases erroneously annotated as cellulases. Authors: Dutoit, R. / Brandt, N. / Legrain, C. / Bauvois, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 130 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 99.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 442.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 456.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4p6yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35976.160 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H60A H307A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 Details: TmPep1050 H60A H307A (320 uM in 50 mM MOPS 0.5 M ammonium sulfate pH 7.2) was crystallised in 0.1M sodium citrate 20% PEG3350 pH 5.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.37→43.995 Å / Num. obs: 26900 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.815 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 8.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4P6Y Resolution: 2.374→43.995 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 39.17
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.25 Å2 / Biso mean: 57.2936 Å2 / Biso min: 16.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.374→43.995 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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