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- PDB-7la6: THE STRUCTURE OF A SENSOR DOMAIN OF A HISTIDINE KINASE (VxrA) FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7la6
タイトルTHE STRUCTURE OF A SENSOR DOMAIN OF A HISTIDINE KINASE (VxrA) FROM VIBRIO CHOLERAE O1 BIOVAR ELTOR STR. N16961, N239 deletion mutant
要素Sensor histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / VXRA / TWO-COMPONENT SYSTEM / HISTIDINE KINASE / SENSOR DOMAIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...: / Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Sensor histidine kinase VxrA
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2021
タイトル: Sensor Domain of Histidine Kinase VxrA of Vibrio cholerae - A Hairpin-swapped Dimer and its Conformational Change.
著者: Tan, K. / Teschler, J.K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Zhou, M. / Shuvalova, L.A. / Endres, M.J. / Welk, L.F. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Yildiz, F.H. / Joachimiak, A.
履歴
登録2021年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年1月27日ID: 7KB4
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,85611
ポリマ－24,7651
非ポリマー1,09110
水1,22568
1
A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子

A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,71222
ポリマ－49,5302
非ポリマー2,18220
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.654, 87.654, 106.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase


分子量: 24764.877 Da / 分子数: 1 / 変異: N239 deletion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0565 / プラスミド: PMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -MAGI / 参照: UniProt: Q9KM24

-
非ポリマー , 5種, 78分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M LITHIUM SULFIDE, 0.1 M SODIUM, CACODYLATE:HCL, 30% (W/V) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→46 Å / Num. obs: 29036 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 40.01 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.574 / Net I/σ(I): 42.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1416 / CC1/2: 0.747 / Rpim(I) all: 0.302 / Rrim(I) all: 0.845 / Χ2: 0.741 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ抽出
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R7Q

4r7q


解像度: 1.98→45.42 Å / SU ML: 0.1838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.9281
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 1469 5.07 %random
Rwork0.1813 27509 --
obs0.1827 28978 98.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→45.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1725 0 68 68 1861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01691889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52372554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0843269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097325
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.7266701
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.050.29571320.2332374X-RAY DIFFRACTION87.56
2.05-2.140.23111380.21322751X-RAY DIFFRACTION99.97
2.14-2.230.24161540.22735X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.350.2411450.20462729X-RAY DIFFRACTION99.97
2.35-2.50.24221610.19382747X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.690.23461470.20522767X-RAY DIFFRACTION99.97
2.69-2.960.2411580.20682763X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.390.25481330.19882810X-RAY DIFFRACTION99.9
3.39-4.270.17521460.16142841X-RAY DIFFRACTION99.9
4.27-45.420.17971550.16182992X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.42382293498-4.21077895425-0.9386267051288.470909908933.760551745584.96362695693-0.10458505983-0.0750291542846-0.1749735887671.011608072980.160228791326-0.007773261779540.624369361248-0.0132393363847-0.05285452847880.43948250986-0.02660400993620.005153445757180.2821828448090.102901948470.33721871314815.893137685714.401039233519.7060052246
24.17070790928-0.3799574398411.68350560983.64034222280.2374841108624.82734501715-0.1055229463930.009150417805170.321478726313-0.1357367065970.05283014894950.184336812286-0.498666594594-0.470652954840.02120079617550.2867292259420.03170570327130.002473571829310.224705270630.0176141123480.2511683441160.99063266116946.559072890511.3502263061
32.02001706006-3.84318865064-0.5532979471328.449268510071.493670286090.761881706680.000971807613637-0.00853019116846-0.04087967977130.004705694820430.0238526031577-0.1554697944190.1352582936290.0924797632742-0.02642306832010.3670059615890.00595893939322-0.02277884965770.2438868832660.01354744355010.32785799353617.306979598220.806786505415.0715438706
43.872359010640.4763414629052.906457997821.99042613475-1.140602173147.79425857999-0.317409294838-0.1830576302750.3243352538130.5984017246750.2324994693930.434050591352-0.443409301943-0.7307311475960.06380972427230.3634234755850.07619619310440.01534722109450.3525192925220.06477314306440.43525128581510.96720740114.9713987701-2.2767850649
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 36 through 68 )36 - 681 - 34
22chain 'A' and (resid 69 through 176 )69 - 17635 - 145
33chain 'A' and (resid 177 through 228 )177 - 228146 - 198
44chain 'A' and (resid 229 through 254 )229 - 254199 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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