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- PDB-7kb7: THE STRUCTURE OF A SENSOR DOMAIN OF A HISTIDINE KINASE (VxrA) FRO... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kb7 | ||||||
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Title | THE STRUCTURE OF A SENSOR DOMAIN OF A HISTIDINE KINASE (VxrA) FROM VIBRIO CHOLERAE O1 BIOVAR ELTOR STR. N16961, N239-T240 deletion mutant | ||||||
![]() | Sensor histidine kinase | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / VxrA / Two-component system / Histidine kinase / sensor domain / Structural Genomics / Center for Membrane Proteins of Infectious Diseases / MPID | ||||||
Function / homology | ![]() histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Membrane Proteins of Infectious Diseases (MPID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Sensor Domain of Histidine Kinase VxrA of Vibrio cholerae - A Hairpin-swapped Dimer and its Conformational Change. Authors: Tan, K. / Teschler, J.K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Zhou, M. / Shuvalova, L.A. / Endres, M.J. / Welk, L.F. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Yildiz, F.H. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 128.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 82.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 446.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 447.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4r7qSC ![]() 7kb3C ![]() 7kb9C ![]() 7la6C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24663.773 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N239-T240 deletion mutant Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / Gene: VC_A0565 / Plasmid: pMCSG57 / Production host: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.21 Å3/Da / Density % sol: 70.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris:HCl, 1 M Magnesium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 10, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→46 Å / Num. obs: 22071 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 55.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 29.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 1076 / Rpim(I) all: 0.381 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4R7Q Resolution: 2.2→45.91 Å / SU ML: 0.224 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.2618 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→45.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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