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Yorodumi- PDB-7kb3: The structure of a sensor domain of a histidine kinase (VxrA) fro... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7kb3 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The structure of a sensor domain of a histidine kinase (VxrA) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961, 2nd form | ||||||
Components | Sensor histidine kinase | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / VxrA / Two-component system / histidine kinase / sensor domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationphosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2021Title: Sensor Domain of Histidine Kinase VxrA of Vibrio cholerae - A Hairpin-swapped Dimer and its Conformational Change. Authors: Tan, K. / Teschler, J.K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Zhou, M. / Shuvalova, L.A. / Endres, M.J. / Welk, L.F. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Yildiz, F.H. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7kb3.cif.gz | 365.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7kb3.ent.gz | 300.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7kb3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7kb3_validation.pdf.gz | 504.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7kb3_full_validation.pdf.gz | 514.8 KB | Display | |
| Data in XML | 7kb3_validation.xml.gz | 38.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 7kb3_validation.cif.gz | 48.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kb3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4r7qSC ![]() 7kb7C ![]() 7kb9C ![]() 7la6C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 24878.979 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (bacteria)Strain: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / Gene: VC_A0565 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 165 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SRT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.04 Å3/Da / Density % sol: 69.52 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 / Details: 0.1 M sodium acetate:HCl, 1.5 M ammonium chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 16, 2018 |
| Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.25→42 Å / Num. obs: 75884 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.028 / Χ2: 0.711 / Net I/σ(I): 25.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 3763 / CC1/2: 0.716 / Rpim(I) all: 0.431 / Χ2: 0.453 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4R7Q Resolution: 2.25→41.07 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.65 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→41.07 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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