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- PDB-7kb3: The structure of a sensor domain of a histidine kinase (VxrA) fro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kb3 | ||||||
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Title | The structure of a sensor domain of a histidine kinase (VxrA) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961, 2nd form | ||||||
![]() | Sensor histidine kinase | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / VxrA / Two-component system / histidine kinase / sensor domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Sensor Domain of Histidine Kinase VxrA of Vibrio cholerae - A Hairpin-swapped Dimer and its Conformational Change. Authors: Tan, K. / Teschler, J.K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Zhou, M. / Shuvalova, L.A. / Endres, M.J. / Welk, L.F. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Yildiz, F.H. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 366.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 300.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4r7qSC ![]() 7kb7C ![]() 7kb9C ![]() 7la6C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 24878.979 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / Gene: VC_A0565 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 165 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SRT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SRT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SRT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.04 Å3/Da / Density % sol: 69.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 / Details: 0.1 M sodium acetate:HCl, 1.5 M ammonium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 16, 2018 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→42 Å / Num. obs: 75884 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.028 / Χ2: 0.711 / Net I/σ(I): 25.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 3763 / CC1/2: 0.716 / Rpim(I) all: 0.431 / Χ2: 0.453 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4R7Q Resolution: 2.25→41.07 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→41.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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