PDB-4r7q: The structure of a sensor domain of a histidine kinase from Vibri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r7q

タイトル

The structure of a sensor domain of a histidine kinase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961

要素

Sensor histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.981 Å

データ登録者

Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2021
タイトル: Sensor Domain of Histidine Kinase VxrA of Vibrio cholerae - A Hairpin-swapped Dimer and its Conformational Change.
著者: Tan, K. / Teschler, J.K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Zhou, M. / Shuvalova, L.A. / Endres, M.J. / Welk, L.F. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Yildiz, F.H. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r7q.cif.gz	103.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r7q.ent.gz	79.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4r7q_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r7q_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	4r7q_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	4r7q_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kb3C 7kb7C 7kb9C 7la6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kb7-1 2cx5-d 3thp-3 133 3ot5-6 1xd5-d 4cl7-d 4nk7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04043

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Sensor histidine kinase

ヘテロ分子

25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sensor histidine kinase

ヘテロ分子

A: Sensor histidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.600, 88.600, 106.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Sensor histidine kinase 分子量: 25066.559 Da / 分子数: 1 / 断片: sensor domain (UNP residues 38-256) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: VC_A0565, Vibrio cholerae / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q9KM24
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.63 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月10日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→37.2 Å / Num. all: 30252 / Num. obs: 30252 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 49.8
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1488 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.981→37.157 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2027	1530	5.07 %	random
R_work	0.1838	-	-	-
obs	0.1847	30175	99.72 %	-
all	-	30175	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.981→37.157 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1642	0	30	89	1761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1741
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	2374
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.975	610
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.981-2.045	0.2265	136	0.2231	2523	X-RAY DIFFRACTION	99
2.045-2.1181	0.2588	144	0.2182	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1181-2.2029	0.1903	142	0.1991	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2029-2.3031	0.2282	134	0.1909	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3031-2.4245	0.2193	120	0.1905	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4245-2.5764	0.2518	141	0.2	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5764-2.7752	0.2304	138	0.2194	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7752-3.0544	0.2108	154	0.2119	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0544-3.4961	0.2014	137	0.1927	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4961-4.4036	0.1753	146	0.1523	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4036-37.1635	0.1941	138	0.1732	2782	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0721	-4.5895	-3.5243	9.3407	2.0724	8.5657	-0.1397	-0.0678	-1.2719	0.8978	0.0607	1.7203	1.3589	-0.7782	0.0946	0.6184	-0.0282	0.0302	0.3871	0.0567	0.6873	16.9756	5.0495	15.197
2	6.444	-5.5322	-1.1306	7.0072	2.7996	3.024	-0.5905	-0.9261	0.057	1.0136	0.6836	-0.6315	0.4917	0.5145	-0.0382	0.8409	0.1003	0.028	0.4186	0.0886	0.4266	16.4838	24.3812	25.2842
3	3.286	-2.5923	3.3047	3.3929	-3.4159	8.9128	0.1246	0.0456	-0.2074	0.069	-0.067	0.2734	0.6224	-0.6472	-0.0839	0.3713	-0.0401	0.0048	0.3189	-0.0427	0.2962	2.0361	37.5484	9.0591
4	4.2981	4.8078	3.9834	6.2618	5.7187	7.8305	-0.4233	0.9451	0.9786	-1.0376	0.3941	1.4881	-1.6713	-0.4665	-0.0101	0.6725	0.1109	-0.0037	0.4441	0.0313	0.431	-4.7101	51.0603	0.1373
5	3.9129	3.5338	-1.0388	3.4597	-2.0186	6.5183	-0.8665	0.4818	0.5759	-0.425	0.7398	0.9266	-1.5262	-1.0107	0.1486	0.7211	0.1529	-0.0869	0.5501	0.0163	0.5053	-6.9996	53.4086	9.5746
6	3.8698	0.698	1.5791	2.7375	-0.0864	4.6262	0.0219	-0.1714	0.3555	0.0171	-0.0906	0.1124	-0.6927	-0.2779	0.0296	0.4108	0.0258	0.0076	0.2191	-0.0341	0.2686	5.294	48.5043	16.0649
7	2.8991	-3.3204	-0.5597	4.1747	-0.3178	3.5327	-0.1012	0.3157	-0.309	-0.076	-0.0044	0.0414	0.1307	0.1391	0.0811	0.4154	0.0231	-0.0545	0.279	0.0068	0.3648	15.5359	28.7361	14.2088
8	7.9	-7.6356	-2.6438	8.6179	3.9703	4.7894	-0.3751	-0.3187	0.1508	0.8838	0.3642	0.0318	0.3644	0.1308	0.0613	0.545	0.0047	0.0031	0.2434	0.0505	0.4082	20.701	17.1916	18.1095
9	4.014	5.173	5.3978	7.2294	5.981	8.6091	-1.3348	0.3174	0.9171	0.1827	0.2633	1.7292	-1.2984	-1.4775	1.16	0.7763	0.161	-0.0451	0.7516	0.08	0.6954	13.6343	14.3727	2.9635
10	5.6156	-4.9793	-5.7237	4.5189	4.6526	6.9113	-0.3915	-0.7455	-1.9705	0.4349	-0.2368	0.878	0.4737	-0.1473	0.6343	0.4757	0.067	0.0271	0.6208	0.1293	0.8114	11.8366	14.0256	-8.331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 37 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 100 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 123 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 124 through 170 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 171 through 203 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 204 through 228 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 229 through 242 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 243 through 253 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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