PDB-7l9s: Wild-type Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase (WT-2) at ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l9s

タイトル

Wild-type Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase (WT-2) at 274K, Refmac5-refined

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / isocyanide / isonitrile / DJ-1/PfpI superfamily / diffuse scattering

機能・相同性

DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM139978	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM123159	米国

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2021
タイトル: Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters.
著者: Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

履歴

登録	2021年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l9s.cif.gz	204.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l9s.ent.gz	160.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l9s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l9s_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l9s_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	7l9s_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	7l9s_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/7l9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/7l9s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l9qC 7l9wC 7l9zC 7la0C 7la3C 7lavC 7laxC 7lb9C 7lbhC 7lbiC 7lcxC 7ld6C 7ld7C 7ldbC 7ldiC 7ldmC 7ldoC 6ni6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ld6-d 7lbh-d 6ni6-d 7l9q-d 7l9w-d 3noq-d 7lcx-d 6b4h-1 7l9z-d 1jwx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

B: Isonitrile hydratase InhA

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.297, 58.215, 69.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.825, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K977, EC: 4.2.1.103
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K977, EC: 4.2.1.103

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 23% PEG3350, 100 mM Tris-HCl, pH 8.6, 200 mM magnesium chloride, 2 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→38.672 Å / Num. obs: 127238 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 6125 / CC_1/2: 0.257 / R_rim(I) all: 1.768 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6NI6

6ni6

解像度: 1.2→38.672 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.597 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1523	3838	3.017 %	random
R_work	0.1234	123378	-	-
all	0.124	-	-	-
obs	-	127216	97.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.837 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	-0 Å²	-0.137 Å²
2-	-	0.339 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.195 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→38.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3368	0	0	366	3734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	1.639	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.486	1.572	9051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.043	5	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.444	21.137	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.012	15	621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.148	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5010
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	978
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.331	1.424	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.323	1.422	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.728	2.146	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.729	2.148	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.136	1.855	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.135	1.857	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.614	2.642	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.614	2.644	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.119	18.492	4466
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.85	18.075	4411
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.528	3	8031

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.231	0.307	271	0.292	8890	X-RAY DIFFRACTION	94.9622
1.231-1.265	0.277	278	0.271	8700	X-RAY DIFFRACTION	95.8778
1.265-1.301	0.245	278	0.25	8701	X-RAY DIFFRACTION	98.1097
1.301-1.341	0.226	272	0.225	8431	X-RAY DIFFRACTION	98.1837
1.341-1.385	0.218	265	0.195	8227	X-RAY DIFFRACTION	98.2984
1.385-1.434	0.188	228	0.167	7941	X-RAY DIFFRACTION	98.3151
1.434-1.488	0.166	240	0.139	7582	X-RAY DIFFRACTION	97.7506
1.488-1.549	0.153	259	0.119	7236	X-RAY DIFFRACTION	96.7222
1.549-1.617	0.138	206	0.103	6920	X-RAY DIFFRACTION	96.3624
1.617-1.696	0.13	172	0.089	6829	X-RAY DIFFRACTION	98.5779
1.696-1.788	0.108	178	0.083	6454	X-RAY DIFFRACTION	98.2082
1.788-1.896	0.109	193	0.077	6102	X-RAY DIFFRACTION	98.3747
1.896-2.027	0.114	186	0.082	5732	X-RAY DIFFRACTION	98.371
2.027-2.189	0.126	177	0.086	5186	X-RAY DIFFRACTION	95.9735
2.189-2.398	0.11	164	0.089	4797	X-RAY DIFFRACTION	96.0503
2.398-2.681	0.136	140	0.105	4469	X-RAY DIFFRACTION	98.3568
2.681-3.094	0.182	124	0.123	3921	X-RAY DIFFRACTION	97.611
3.094-3.788	0.145	81	0.119	3295	X-RAY DIFFRACTION	96.1276
3.788-5.347	0.127	71	0.112	2500	X-RAY DIFFRACTION	93.8664
5.347-38.672	0.182	55	0.151	1465	X-RAY DIFFRACTION	98.0645

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