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- PDB-7l9a: Crystal structure of BRDT bromodomain 2 in complex with CDD-1102 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l9a
タイトルCrystal structure of BRDT bromodomain 2 in complex with CDD-1102
要素Bromodomain testis-specific protein
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-XWP / Bromodomain testis-specific protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Sharma, R. / Kaur, G. / Yu, Z. / Ku, A.F. / Anglin, J.L. / Ucisik, M.N. / Faver, J.C. / Sankaran, B. / Kim, C. / Matzuk, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)P01HD087157 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Discovery and characterization of bromodomain 2-specific inhibitors of BRDT.
著者: Yu, Z. / Ku, A.F. / Anglin, J.L. / Sharma, R. / Ucisik, M.N. / Faver, J.C. / Li, F. / Nyshadham, P. / Simmons, N. / Sharma, K.L. / Nagarajan, S. / Riehle, K. / Kaur, G. / Sankaran, B. / Storl- ...著者: Yu, Z. / Ku, A.F. / Anglin, J.L. / Sharma, R. / Ucisik, M.N. / Faver, J.C. / Li, F. / Nyshadham, P. / Simmons, N. / Sharma, K.L. / Nagarajan, S. / Riehle, K. / Kaur, G. / Sankaran, B. / Storl-Desmond, M. / Palmer, S.S. / Young, D.W. / Kim, C. / Matzuk, M.M.
履歴
登録2021年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8026
ポリマ－31,5522
非ポリマー1,2504
水70339
1
A: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4013
ポリマ－15,7761
非ポリマー6252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4013
ポリマ－15,7761
非ポリマー6252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.470, 56.470, 191.901
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAVALVAL(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA266 - 26822 - 24
12GLNGLNGLNGLN(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA27127
13HISHISLEULEU(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA274 - 28330 - 39
14HISHISVALVAL(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA287 - 29843 - 54
15ALAALAVALVAL(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA302 - 31158 - 67
16ASNASNTHRTHR(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA314 - 32070 - 76
17GLUGLUMETMET(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA323 - 32579 - 81
18GLNGLNALAALA(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA328 - 33384 - 89
19PHEPHECYSCYS(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA336 - 34792 - 103
110TYRTYRILEILE(chain 'A' and (resid 266 through 269 or resid 271...AA350 - 377106 - 133
21ALAALAVALVAL(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB266 - 26822 - 24
22GLNGLNGLNGLN(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB27127
23HISHISLEULEU(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB274 - 28330 - 39
24HISHISVALVAL(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB287 - 29843 - 54
25ALAALAVALVAL(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB302 - 31158 - 67
26ASNASNTHRTHR(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB314 - 32070 - 76
27GLUGLUMETMET(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB323 - 32579 - 81
28GLNGLNALAALA(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB328 - 33384 - 89
29PHEPHECYSCYS(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB336 - 34792 - 103
210TYRTYRILEILE(chain 'B' and (resid 266 through 269 or resid 271...BB350 - 377106 - 133

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein


分子量: 15776.041 Da / 分子数: 2 / 断片: bromodomain 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CDD / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物 ChemComp-XWP / N~1~-(5-{[3-(4-amino-2-methylphenyl)-1-methyl-1H-indazole-5-carbonyl]amino}-2-methylphenyl)-N~4~-methylbenzene-1,4-dicarboxamide


分子量: 546.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H30N6O3 / 詳細: BRDt BD2 inhibitor / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→48.9 Å / Num. obs: 17166 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 44.34 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Num. unique obs: 1680 / CC1/2: 0.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4uyg

4uyg


解像度: 2.27→48.9 Å / SU ML: 0.2875 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2912
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 888 5.17 %
Rwork0.235 16278 -
obs0.2365 17166 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1862 0 90 39 1991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00552011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82732735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3575265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.410.32261620.32132607X-RAY DIFFRACTION99.57
2.41-2.60.3131570.28072654X-RAY DIFFRACTION99.79
2.6-2.860.32121520.27712655X-RAY DIFFRACTION99.68
2.86-3.270.29151360.25142713X-RAY DIFFRACTION99.82
3.27-4.120.24331300.20682747X-RAY DIFFRACTION99.72
4.12-48.90.23481510.2172902X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.401085644555.347769674723.645170840368.906480282974.974346432918.79157681439-0.5664906727310.6012458349710.115944601969-0.7433564403360.3790015321380.222864110861-0.2814391141830.2958517604970.2075490038670.414519020018-0.121639517029-0.01464065220030.6534262401160.05523373459480.37658700791917.8253536699-11.3479040556-36.1276650631
21.770554014751.819114898590.722322784561.959759683120.7562198702537.60439562894-0.1094471567440.3386518784370.0738361436155-0.120398979668-0.130551862346-0.0734032392242-0.8159709629531.29469556590.2945791072790.499334300163-0.248041835104-0.04137398787320.4581480198250.02435948788870.37547826945332.2961306488-1.05593456247-18.5940613598
34.1224205053-0.2499314499051.824273153312.20734680741-1.186675750193.38054191152-0.3070825459610.468156755607-0.287466758862-0.07734630198280.39411174607-0.3784849175780.0643049200430.7825001056210.1984607935620.388569993888-0.0408332357246-0.01035136120640.521075823035-0.07735838611710.47978863354131.6418043236-12.6661243309-21.4806281622
45.385467417-0.595846285201-0.5262212646340.77318178515-1.759118665335.1266508271-0.007849833636440.408089964379-0.272645939818-0.07641772932950.22128340401-0.103971184964-0.112233309205-0.0133151975442-0.08405245255820.268247215893-0.0692603960692-0.0286665679070.236508419550.02243891788540.27607826881324.0733551106-11.3573946914-20.0076145903
56.924612497611.563604985623.789403217375.588351021573.539931389483.72462788424-0.313307227256-0.1066721556610.6337021530050.239112713493-0.1824025333430.164128940521-0.503297567393-0.6592451908840.6473517487970.407806955974-0.071311418888-0.06166267667890.2936020558880.01742649001930.33677670103118.1851592869-2.53561599676-20.063649179
64.700065396574.919901808485.274691281886.320669362635.778084031715.98939527682-1.149149132321.99475215816-0.273387881763-0.8982807174311.52915201712-0.00936426372044-0.295298480139-0.512593103289-0.208418660820.41686952978-0.313937012658-0.1151095356420.6741755035550.02518382174330.5712898760818.86136565093-13.3160316614-35.9124774017
72.451635176331.199390448993.677348848265.689346476263.34834565027.864991078020.2484950119860.169267665857-0.8782944355770.05349417745660.298743195830.679376129360.990271704303-1.13124189046-0.4401580085480.79504732296-0.235547138483-0.06431984780530.7480138774240.1334921487050.645389866664-5.83281792016-32.1184571067-13.2859829018
80.8460803375781.71972387190.9779118167563.780953878451.880603291381.22022744979-0.131903300389-0.153290962853-0.374078285685-0.2984884031840.162834553140.1631667977870.631615773211-0.0760752404685-0.04082544508270.618368543993-0.1437709614570.05365556094540.3173688058550.07614301268930.3900667619419.31685644451-29.6041053789-2.50977724294
97.522409107821.98231126031-0.5468931927795.54991209495-1.680156797535.648058429050.324849082552-0.136031894660.6917416204680.292812914749-0.367500027939-0.117356250039-0.227391043242-0.007392463635980.1273159770140.383668291958-0.0040795116648-0.04437626370090.3179664790240.02480088099520.4462780258669.30841039825-12.0866359328-5.00134155367
106.66491389945-1.089530823680.5128290341548.82657642974-5.179172741224.271143926610.00637535057412-0.535318054673-0.2888062377690.347689856653-0.02873687061110.154945638006-0.160580003481-1.5838239293-0.140828060870.557855825351-0.0694121232843-0.08577757617670.6466823596560.03656119051770.437040351404-4.43615148921-22.1946890499-6.40676577648
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 262 through 282 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 283 through 307 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 308 through 326 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 327 through 355 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 356 through 374 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 375 through 379 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 265 through 282 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 283 through 294 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 295 through 317 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 318 through 326 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 327 through 355 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 356 through 378 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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