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- PDB-7kxw: Crystal structure of DCLK1-KD in complex with DCLK1-IN-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kxw
タイトルCrystal structure of DCLK1-KD in complex with DCLK1-IN-1
要素(Serine/threonine-protein kinase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / KINASE / DOUBLECORTIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


axon extension / endosomal transport / protein localization to nucleus / central nervous system development / response to virus / nervous system development / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction ...axon extension / endosomal transport / protein localization to nucleus / central nervous system development / response to virus / nervous system development / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-XBD / Serine/threonine-protein kinase DCLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Patel, O. / Lucet, I.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1162058 オーストラリア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis for small molecule targeting of Doublecortin Like Kinase 1 with DCLK1-IN-1.
著者: Patel, O. / Roy, M.J. / Kropp, A. / Hardy, J.M. / Dai, W. / Lucet, I.S.
履歴
登録2020年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
B: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0356
ポリマ－62,6792
非ポリマー1,3554
水724
1
A: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0133
ポリマ－31,3801
非ポリマー6342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0223
ポリマ－31,3001
非ポリマー7222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.950, 61.714, 65.312
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 383 through 390 or resid 392...
21(chain B and (resid 383 through 390 or resid 392...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 383 through 390 or resid 392...A383 - 390
121(chain A and (resid 383 through 390 or resid 392...A392 - 393
131(chain A and (resid 383 through 390 or resid 392...A394
141(chain A and (resid 383 through 390 or resid 392...A382 - 3
151(chain A and (resid 383 through 390 or resid 392...A382 - 3
161(chain A and (resid 383 through 390 or resid 392...A382 - 3
171(chain A and (resid 383 through 390 or resid 392...A382 - 3
211(chain B and (resid 383 through 390 or resid 392...B383 - 390
221(chain B and (resid 383 through 390 or resid 392...B392 - 396
231(chain B and (resid 383 through 390 or resid 392...B402 - 404
241(chain B and (resid 383 through 390 or resid 392...B405
251(chain B and (resid 383 through 390 or resid 392...B382 - 3
261(chain B and (resid 383 through 390 or resid 392...B382 - 3
271(chain B and (resid 383 through 390 or resid 392...B382 - 3
281(chain B and (resid 383 through 390 or resid 392...B382 - 3

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要素

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Serine/threonine-protein kinase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase DCLK1 / Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin- ...Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin-like kinase 1


分子量: 31379.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLK1, DCAMKL1, DCDC3A, KIAA0369 / プラスミド: pCOLD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O15075, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase DCLK1 / Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin- ...Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin-like kinase 1


分子量: 31299.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLK1, DCAMKL1, DCDC3A, KIAA0369 / プラスミド: pCOLD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O15075, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-XBD / 2-{[2-methoxy-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-11-methyl-5-(2,2,2-trifluoroethyl)-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one


分子量: 527.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C26H28F3N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 % / Mosaicity: 0.31 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.25 / 詳細: PEG400, ammonium sulfphate, Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→44.29 Å / Num. obs: 11200 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 62.43 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 76277
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.186.80.7751133716690.8190.3160.8393.693
9.01-44.296.70.05729424390.9970.0230.06225.699.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JZJ

5jzj


解像度: 3.002→44.288 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 566 5.06 %
Rwork0.2 10623 -
obs0.2031 11189 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.52 Å2 / Biso mean: 56.8085 Å2 / Biso min: 24.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.002→44.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3935 0 96 4 4035
Biso mean--66.28 39.81 -
残基数----506
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1458X-RAY DIFFRACTION2.109TORSIONAL
12B1458X-RAY DIFFRACTION2.109TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.002-3.3040.33811280.2439253095
3.304-3.78190.27581450.20962666100
3.7819-4.76380.25241600.18162670100
4.7638-44.2880.23161330.19592757100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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