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万見
- PDB-4ote: Crystal structure of a putative lipoprotein (CD630_1653) from Clo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ote
タイトルCrystal structure of a putative lipoprotein (CD630_1653) from Clostridium difficile 630 at 2.20 A resolution
要素Lipoprotein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / periplasmic methionine binding protein / PF03180 family / NLPA lipoprotein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / SELENOMETHIONINE / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative lipoprotein (CD630_1653) from Clostridium difficile 630 at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein
B: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,37132
ポリマ－53,3392
非ポリマー2,03230
水3,801211
1
A: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,83219
ポリマ－26,6701
非ポリマー1,16318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,53913
ポリマ－26,6701
非ポリマー87012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Lipoprotein
B: Lipoprotein
ヘテロ分子

A: Lipoprotein
B: Lipoprotein
ヘテロ分子

A: Lipoprotein
B: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,11496
ポリマ－160,0176
非ポリマー6,09790
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
Buried area14820 Å2
ΔGint-1425 kcal/mol
Surface area63380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.508, 120.508, 120.508
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

ZN

21A-311-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 28 - 265 / Label seq-ID: 4 - 241

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lipoprotein


分子量: 26669.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_16530 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q186K7

-
非ポリマー , 6種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-MSE / SELENOMETHIONINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 196.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2Se
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 26-265 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16M zinc acetate, 20.0% Glycerol, 14.4% polyethylene glycol 8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795,0.9116,0.9792
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日
詳細: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.91161
30.97921
反射解像度: 2.2→38.108 Å / Num. all: 29737 / Num. obs: 29737 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.265.21.61122721501.07399.9
2.26-2.325.21.91126521600.84899.9
2.32-2.394.92.21000020260.71399.5
2.39-2.464.52.5935520580.59799.8
2.46-2.545.53.21043819150.523100
2.54-2.635.43.71028119020.43999.9
2.63-2.735.34.5951718090.35299.9
2.73-2.8455.1902017910.284100
2.84-2.974.66.4770016580.21599.8
2.97-3.115.18.1840416340.1799.9
3.11-3.285.410.2819515300.132100
3.28-3.485.313787714790.09599.6
3.48-3.725.215.5696013400.07399.5
3.72-4.024.716.7610313000.05699.8
4.02-4.45.619.3648011660.05199.8
4.4-4.925.320.5582710920.04499.8
4.92-5.684.919.345719370.04799
5.68-6.965.218.441847990.05498.7
6.96-9.845.222.932336260.03898.3
9.84-38.1084.922.817833650.03496.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→38.108 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 10.251 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.203
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 5. A SELENOMETHIONINE AMINO ACID IS MODELED IN THE ACTIVE SITE OF EACH CHAIN BASED ON ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS AND DENSITY SHAPE. 6. X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION AND WAVELENGTH SCANS, USE OF ZN ACETATE IN CRYSTALLIZATION SOLUTION AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS SUPPORT THE MODELING OF ZINC (ZN) IONS. 7. ACETATE (ACT) AND GLYCEROL (GOL) MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION AND CHLORIDE (CL) IONS FROM PURIFICATION SOLUTIONS ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2404 1506 5.1 %RANDOM
Rwork0.1965 ---
obs0.1987 29664 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 126.15 Å2 / Biso mean: 48.1296 Å2 / Biso min: 4.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3691 0 69 211 3971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.023821
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9682.0185176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69538730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9575484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33626.556151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97715684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.063156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.625.4961930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5965.4861923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5710.2792400
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3594 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.330.5
MEDIUM THERMAL4.522
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 122 -
Rwork0.275 1996 -
all-2118 -
obs--98.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32520.45870.65761.37711.06271.1983-0.015-0.31880.26010.0511-0.00440.09980.0777-0.03990.01930.06980.01330.01380.1278-0.010.133745.55820.55765.569
21.9994-0.6521-0.77712.25421.13631.5153-0.00430.3073-0.5394-0.0205-0.21540.1941-0.0227-0.26480.21970.03010.0269-0.01420.1678-0.12680.230717.15220.09844.632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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