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万見
- PDB-7kwi: Solution Structure of the R2ab Repeat Domain from Staph. epidermi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kwi
タイトルSolution Structure of the R2ab Repeat Domain from Staph. epidermidis Autolysin (AtlE)
要素Bifunctional autolysin
キーワードHYDROLASE / SH3B fold / surface binding / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / amidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / GW domain / GW domain superfamily / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional autolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yadav, R. / Perera, Y.R. / Fitzkee, N.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1818090 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI139479 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution Structure of the R2ab Repeat Domain from Staph. epidermidis Autolysin (AtlE)
著者: Perera, Y.R. / Yadav, R. / South, T.M. / McConnell, K.D. / Fitzkee, N.C.
履歴
登録2020年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional autolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7401
ポリマ－16,7401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional autolysin / AtlE


分子量: 16739.672 Da / 分子数: 1 / 断片: repeat domain (R2ab) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
遺伝子: atl, atlE / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star
参照: UniProt: O33635, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic13D HN(CA)CB
132isotropic13D CBCA(CO)NH
142isotropic13D HNCA
152isotropic13D HN(CO)CA
162isotropic13D HNCO
172isotropic13D HBHA(CO)NH
182isotropic13D H(CCCO)NH
192isotropic13D (H)C(CCO)NH
1102isotropic13D 1H-15N NOESY
1113isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1123isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1133isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1143isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-15N] Autolysin repeat domain (R2ab) of Staphylococcus epidermidis, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2O15N_R2ab93% H2O/7% D2O
solution20.5 mM [U-15N];[U-13C] Autolysin repeat domain (R2ab) of Staphylococcus epidermidis, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2O15N13C_R2ab93% H2O/7% D2O
solution30.5 mM [U-15N];[U-13C] Autolysin repeat domain (R2ab) of Staphylococcus epidermidis, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 100% D2O15N13C_R2ab100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMAutolysin repeat domain (R2ab) of Staphylococcus epidermidis[U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance1
0.5 mMAutolysin repeat domain (R2ab) of Staphylococcus epidermidis[U-15N];[U-13C]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance2
0.5 mMAutolysin repeat domain (R2ab) of Staphylococcus epidermidis[U-15N];[U-13C]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARA1.9v1Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CARA1.9v1Keller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 / 詳細: cns-solve 1.3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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