PDB-7kv4: Surface glycan-binding protein A from Bacteroides fluxus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kv4

タイトル

Surface glycan-binding protein A from Bacteroides fluxus

要素

SusD family protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / SusD / Tetratricopeptide repeat / CBM

機能・相同性

SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / membrane / SusD family protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides fluxus YIT 12057 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Tamura, K. / Brumer, H. / Van Petegem, F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Distinct protein architectures mediate species-specific beta-glucan binding and metabolism in the human gut microbiota.
著者: Tamura, K. / Dejean, G. / Van Petegem, F. / Brumer, H.

履歴

登録	2020年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kv4.cif.gz	180 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kv4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kv4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kv4_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kv4_full_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示
XML形式データ	7kv4_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	7kv4_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/7kv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/7kv4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kv1C 7kv2C 7kv3C 7kv5C 7kv6C 7kv7C 7kwbC 7kwcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mru-1 5wp3-d 3myv-2 2yya-2 6n17-1 6w7j-2 2yya-1 2yw2-2 7cd2-1 7cd3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: SusD family protein

57.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.855, 116.505, 139.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	SusD family protein 分子量: 57254.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fluxus YIT 12057 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF9446_00614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F3PPH4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M tris pH8.1, 0.2 M magnesium chloride, 23 % (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→36.431 Å / Num. obs: 45565 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.84→1.88 Å / Num. unique obs: 2369 / CC_1/2: 0.793

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.84→36.431 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.292 / WR_factor R_work: 0.246 / Average fsc free: 0.8811 / Average fsc work: 0.902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	2369	5.199 %
R_work	0.2045	43196	-
all	0.206	-	-
obs	-	45565	99.847 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.088 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.462 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.023 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.562 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→36.431 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3644	0	0	241	3885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	3257
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.64	1.639	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.433	1.578	7543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.093	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.606	23.059	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.865	15	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.527	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	832
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.111	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.697	4.177	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.696	4.177	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.933	6.253	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.933	6.253	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.876	4.35	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.876	4.35	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.471	6.435	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.471	6.435	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.877	48.088	4363
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.849	47.958	4320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.888	0.295	166	0.28	3168	X-RAY DIFFRACTION	99.8503
1.888-1.939	0.345	201	0.291	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.996	0.341	170	0.275	2992	X-RAY DIFFRACTION	99.9684
1.996-2.057	0.349	153	0.27	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.7392
2.057-2.125	0.328	177	0.26	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.8657
2.125-2.199	0.306	152	0.246	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.9656
2.199-2.282	0.287	143	0.247	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.282-2.375	0.28	125	0.238	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.9628
2.375-2.481	0.251	133	0.233	2427	X-RAY DIFFRACTION	99.9219
2.481-2.602	0.319	134	0.234	2337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.602-2.743	0.283	98	0.217	2264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.743-2.909	0.254	103	0.213	2140	X-RAY DIFFRACTION	99.9554
2.909-3.11	0.25	80	0.201	2007	X-RAY DIFFRACTION	99.9043
3.11-3.359	0.232	110	0.2	1854	X-RAY DIFFRACTION	99.9491
3.359-3.679	0.212	114	0.195	1711	X-RAY DIFFRACTION	99.9452
3.679-4.113	0.174	97	0.167	1539	X-RAY DIFFRACTION	99.8779
4.113-4.748	0.152	51	0.141	1410	X-RAY DIFFRACTION	99.727
4.748-5.814	0.185	65	0.175	1188	X-RAY DIFFRACTION	99.6025
5.814-8.215	0.256	71	0.201	921	X-RAY DIFFRACTION	99.7988
8.215-36.431	0.205	26	0.197	543	X-RAY DIFFRACTION	98.1034

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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