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- PDB-5wp3: Crystal Structure of EED in complex with EB22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wp3
タイトルCrystal Structure of EED in complex with EB22
要素
  • EB22
  • Polycomb protein EED
キーワードGENE REGULATION / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ESC/E(Z) complex / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / PRC2 methylates histones and DNA / transcription corepressor binding / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / PRC2 methylates histones and DNA / transcription corepressor binding / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / heterochromatin formation / chromosome / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome-recycling factor / : / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...Ribosome-recycling factor / : / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Dong, C. / Tempel, W. / Zhu, L. / Moody, J.D. / Baker, D. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: First critical repressive H3K27me3 marks in embryonic stem cells identified using designed protein inhibitor.
著者: Moody, J.D. / Levy, S. / Mathieu, J. / Xing, Y. / Kim, W. / Dong, C. / Tempel, W. / Robitaille, A.M. / Dang, L.T. / Ferreccio, A. / Detraux, D. / Sidhu, S. / Zhu, L. / Carter, L. / Xu, C. / ...著者: Moody, J.D. / Levy, S. / Mathieu, J. / Xing, Y. / Kim, W. / Dong, C. / Tempel, W. / Robitaille, A.M. / Dang, L.T. / Ferreccio, A. / Detraux, D. / Sidhu, S. / Zhu, L. / Carter, L. / Xu, C. / Valensisi, C. / Wang, Y. / Hawkins, R.D. / Min, J. / Moon, R.T. / Orkin, S.H. / Baker, D. / Ruohola-Baker, H.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
B: EB22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,43718
ポリマ－56,4372
非ポリマー016
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, See PDB entry 2QXV.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.070, 134.290, 61.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic ...hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42443.324 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 75-401 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / プラスミド: pET28GST-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V3R / 参照: UniProt: O75530
#2: タンパク質 EB22


分子量: 13993.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.51 % / Mosaicity: 0.35 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG-3350, 0.2 M sodium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→57.07 Å / Num. obs: 17102 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 62.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 119016 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.66.71.1791272018930.6350.4861.2771.999.2
9.01-57.076.10.02726434340.9990.0120.0345.599.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.28データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2QXV, 3LF9. The amino acid sequence of PDB entry 3LF9 was modified with the CCP4 program CHAINSAW to match the EB22 target sequence.

2qxv

3lf9

3lf9


解像度: 2.55→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.608 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.612 / SU Rfree Blow DPI: 0.282 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.285
詳細: higher resolution EED structures, such as PDB entry 3K26, were used for the interpretation of poor electron density. EED backbone coordinates were restrained to a PHENIX.ROSETTA_REFINE model. ...詳細: higher resolution EED structures, such as PDB entry 3K26, were used for the interpretation of poor electron density. EED backbone coordinates were restrained to a PHENIX.ROSETTA_REFINE model. Weak electron density at and around EB22 residue Leu-68 suggested a helical fold and was interpreted homologously to PDB entry 3LF9.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 808 5.01 %
Rwork0.204 --
obs0.206 16116 99.8 %
原子変位パラメータBiso max: 139.43 Å2 / Biso mean: 53.36 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.4691 Å20 Å20 Å2
2---23.3634 Å20 Å2
3---10.8943 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 0 16 0 3408
Biso mean--28.91 --
残基数----462
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1127SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes77HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes518HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3455HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion482SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3847SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3455HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4704HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.98
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.73 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 153 5.32 %
Rwork0.231 2722 -
all-2875 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74710.6947-0.02972.6487-0.17371.2598-0.1669-0.0404-0.0693-0.05610.11640.0675-0.008-0.14670.0505-0.08490.0470.0047-0.0871-0.0037-0.195765.9169159.34273.5043
23.8385-0.4162-3.10592.62061.01764.121-0.0304-0.377-0.44850.4458-0.145-0.13360.19890.35380.17540.02060.0792-0.0647-0.11380.0734-0.141272.0456145.92492.9666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A77 - 441
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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