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万見
- PDB-2qxv: Structural basis of EZH2 recognition by EED -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qxv
タイトルStructural basis of EZH2 recognition by EED
要素
  • Embryonic ectoderm development
  • Enhancer of zeste homolog 2
キーワードGENE REGULATION / WD-repeat domain / Polycomb Repressive Complex 2 / Alternative splicing / DNA-binding / Nucleus / Phosphorylation / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of epidermal cell differentiation / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / Regulation of PD-L1(CD274) transcription / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / PRC2 methylates histones and DNA / hepatocyte homeostasis / regulation of kidney development / cellular response to trichostatin A ...negative regulation of epidermal cell differentiation / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / Regulation of PD-L1(CD274) transcription / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / PRC2 methylates histones and DNA / hepatocyte homeostasis / regulation of kidney development / cellular response to trichostatin A / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of gliogenesis / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / PKMTs methylate histone lysines / response to tetrachloromethane / cell development / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / histone H3K27 trimethyltransferase activity / cerebellar cortex development / primary miRNA binding / genomic imprinting / histone H3K27 methyltransferase activity / sex chromatin / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Oxidative Stress Induced Senescence / facultative heterochromatin formation / PcG protein complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / ESC/E(Z) complex / protein-lysine N-methyltransferase activity / oligodendrocyte differentiation / chromatin silencing complex / pronucleus / positive regulation of dendrite development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / G1 to G0 transition / histone methyltransferase activity / synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of gene expression, epigenetic / spinal cord development / positive regulation of MAP kinase activity / lncRNA binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of protein phosphorylation / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of GTPase activity / regulation of neurogenesis / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / pericentric heterochromatin / nucleosome binding / heterochromatin / B cell differentiation / protein localization to chromatin / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / liver regeneration / hippocampus development / transcription corepressor binding / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / regulation of circadian rhythm / cellular response to hydrogen peroxide / enzyme activator activity / gene expression / transcription corepressor activity / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / rhythmic process / chromosome / regulation of gene expression / heterochromatin formation / methylation / histone binding / sequence-specific DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / synapse / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain ...EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain superfamily / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Han, Z.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural basis of EZH2 recognition by EED
著者: Han, Z. / Xing, X. / Hu, M. / Zhang, Y. / Liu, P. / Chai, J.
履歴
登録2007年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Embryonic ectoderm development
B: Enhancer of zeste homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3992
ポリマ－45,3992
非ポリマー00
水7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.110, 52.740, 127.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Embryonic ectoderm development / EED


分子量: 41645.340 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in database 81-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: hEED / プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q921E6
#2: タンパク質・ペプチド Enhancer of zeste homolog 2 / EZH2 / ENX-1


分子量: 3753.315 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 39-68 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ezh2, Enx1h / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q61188, histone-lysine N-methyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG MME 2000, 0.2M NaCl, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBSRF 3W1A11.1
シンクロトロンBSRF 3W1A20.9791, 0.9793, 0.964
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2005年1月7日
MAR CCD 165 mm2CCD2005年1月7日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) double-crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double-crystalMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.97911
30.97931
40.9641
反射解像度: 1.82→99 Å / Num. all: 31135 / Num. obs: 30809 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 35.2
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / Rsym value: 0.36 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.82→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1526 -RANDOM
Rwork0.185 ---
all-31101 --
obs-30778 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3103 0 0 390 3493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.89 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3086 129 -
Rwork0.2431 --
obs--89.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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