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- PDB-7kv3: Surface glycan-binding protein A from Bacteroides thetaiotaomicro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kv3
タイトルSurface glycan-binding protein A from Bacteroides thetaiotaomicron in complex with laminarihexaose
要素RagB/SusD family nutrient uptake outer membrane protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SusD / Tetratricopeptide repeat / CBM
機能・相同性SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / beta-cellohexaose / RagB/SusD domain protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Tamura, K. / Brumer, H. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Distinct protein architectures mediate species-specific beta-glucan binding and metabolism in the human gut microbiota.
著者: Tamura, K. / Dejean, G. / Van Petegem, F. / Brumer, H.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: RagB/SusD family nutrient uptake outer membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4393
ポリマ－59,3521
非ポリマー1,0872
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.024, 72.937, 101.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.644, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-981-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RagB/SusD family nutrient uptake outer membrane protein


分子量: 59352.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: DW011_12550, DW780_14665, DWY18_18425, GAN67_20195, GAN98_19115
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A173VPY3
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellohexaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M bis-tris pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate, 25 % (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.45 Å / Num. obs: 33221 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Num. unique obs: 1639 / CC1/2: 0.668

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→39.447 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 1639 4.934 %
Rwork0.1569 31582 -
all0.159 --
obs-33221 98.778 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.815 Å20 Å2-0.473 Å2
2---0.018 Å20 Å2
3----0.461 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.447 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3793 0 72 295 4160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0173440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.6685405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.6821.5987989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5865464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04323.17224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59315619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2661521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2804
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2110.23210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21967
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.21601
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.240.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1240.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7442.1191865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7412.1181864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6093.1652326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.613.1662327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3042.3262105
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3022.3222101
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6283.4043079
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6243.3993074
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.61724.5214706
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.58324.3484661
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.05-2.1030.2481240.23223190.23324610.8820.87799.26860.228
2.103-2.1610.2771210.2122500.21423890.8780.89599.24660.201
2.161-2.2230.2471180.20122060.20423470.8990.90699.020.19
2.223-2.2910.2211120.18421040.18622670.9090.92797.75030.172
2.291-2.3660.1931270.16720410.16922040.9350.93998.36660.153
2.366-2.4490.23950.16120330.16421390.9250.94799.48570.147
2.449-2.5410.2111080.15719450.1620650.9420.94999.41890.141
2.541-2.6440.1991090.15918590.16119800.9440.94699.39390.143
2.644-2.7610.232840.15517900.15819010.9380.95198.57970.138
2.761-2.8950.219900.15316850.15618180.9360.95197.63480.137
2.895-3.0510.175710.14116600.14217400.9580.96699.48280.128
3.051-3.2350.201710.14615490.14916310.9460.96199.32560.135
3.235-3.4560.226730.15514840.15815680.9320.95399.29850.145
3.456-3.7310.177670.13913200.14114270.9620.96297.19690.136
3.731-4.0830.154610.12612760.12713440.9680.97499.47920.124
4.083-4.5590.176530.12311340.12512050.9620.97598.50620.122
4.559-5.2530.173500.1349950.13610650.9620.96998.12210.135
5.253-6.4050.248360.1668550.1699070.9360.95998.23590.163
6.405-8.9410.176420.1496810.157290.9570.96899.1770.15
8.941-39.4470.18270.1813950.1814270.9650.96698.8290.198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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