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Yorodumi- PDB-7kuf: Transcription activation subcomplex with WhiB7 bound to SigmaAr4-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kuf | |||||||||||||||
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Title | Transcription activation subcomplex with WhiB7 bound to SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera and DNA | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / Redox-sensitive / Iron-sulfur cluster / activator | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / response to fatty acid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / response to fatty acid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||||||||
Authors | Wan, T. / Horova, M. / Beltran, D.G. / Li, S.R. / Zhang, L.M. | |||||||||||||||
Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2021 Title: Structural insights into the functional divergence of WhiB-like proteins in Mycobacterium tuberculosis. Authors: Wan, T. / Horova, M. / Beltran, D.G. / Li, S. / Wong, H.X. / Zhang, L.M. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kuf.cif.gz | 139.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kuf.ent.gz | 93.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kuf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kuf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kuf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7kugSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10153.804 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Gene: whiB7, Rv3197A, Rv3197.1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(Gold) / References: UniProt: Q6MX01 |
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#2: Protein | Mass: 12650.234 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) Gene: sigA, ERS007670_01286, ERS007681_03833, ERS007688_01862 Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(Gold) References: UniProt: A0A654TMB9, UniProt: A1KGE7, DNA-directed RNA polymerase |
#3: DNA chain | Mass: 5595.640 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) |
#4: DNA chain | Mass: 5435.542 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) |
#5: Chemical | ChemComp-SF4 / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 69.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 0.2-0.3 M NH4H2PO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 21, 2020 Details: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2 |
Radiation | Monochromator: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 14675 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 85.06 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 33.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 612 / CC1/2: 0.885 / % possible all: 83.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7KUG Resolution: 2.6→29.99 Å / SU ML: 0.4648 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 42.2883 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 121.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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