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- PDB-7kuf: Transcription activation subcomplex with WhiB7 bound to SigmaAr4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kuf
タイトルTranscription activation subcomplex with WhiB7 bound to SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera and DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*T)-3')
  • Probable transcriptional regulator WhiB7
  • RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera
キーワードTRANSCRIPTION / Redox-sensitive / Iron-sulfur cluster / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to fatty acid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to fatty acid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AT hook motif / Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / AT hook, DNA-binding motif / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : ...AT hook motif / Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / AT hook, DNA-binding motif / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Probable transcriptional regulator WhiB7
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wan, T. / Horova, M. / Beltran, D.G. / Li, S.R. / Zhang, L.M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2562300224001 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM138157-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20 GM113126 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM103335 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the functional divergence of WhiB-like proteins in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Wan, T. / Horova, M. / Beltran, D.G. / Li, S. / Wong, H.X. / Zhang, L.M.
履歴
登録2020年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator WhiB7
B: RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera
C: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1875
ポリマ－33,8354
非ポリマー3521
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.254, 69.254, 167.374
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Probable transcriptional regulator WhiB7


分子量: 10153.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: whiB7, Rv3197A, Rv3197.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Gold) / 参照: UniProt: Q6MX01
#2: タンパク質 RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 12650.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: sigA, ERS007670_01286, ERS007681_03833, ERS007688_01862
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Gold)
参照: UniProt: A0A654TMB9, UniProt: A1KGE7, DNA-directed RNA polymerase
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 5595.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*T)-3')


分子量: 5435.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2-0.3 M NH4H2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 14675 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 85.06 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 612 / CC1/2: 0.885 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KUG

7kug


解像度: 2.6→29.99 Å / SU ML: 0.4648 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.2883
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 690 4.82 %
Rwork0.2212 13615 -
obs0.2227 14305 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1247 732 8 0 1987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94542998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.7212845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.80.50651130.48392494X-RAY DIFFRACTION89.43
2.8-3.090.39181580.36742723X-RAY DIFFRACTION98.63
3.09-3.530.31821400.26862613X-RAY DIFFRACTION93.1
3.53-4.450.26121090.22412836X-RAY DIFFRACTION98.76
4.45-29.990.2091700.17752949X-RAY DIFFRACTION99.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.228795715491.22985970904-3.054235980133.507607984013.940806332776.927783459021.51026115376-1.840310853190.4493468442610.605460579157-0.885387770880.490955343765-0.552605996495-0.182637277635-0.732469860081.3876255618-0.209328723959-0.08780549746951.30843339807-0.06493241043120.99663174012114.8726069658-2.90624395627-16.2682215627
29.794488391683.95417449581-0.4368349286069.98519437951-0.1798042643882.12879051153-0.4449428177690.830877875150.8989399597110.412661045975-0.0008947011372651.244774728981.03837382375-1.4273718387-0.02555013548140.852050322305-0.0665323957904-0.01830072571361.4762970046-0.01022059047910.8279503693387.10496899047-13.0374219188-16.9574955652
32.505058799320.26110521796-2.427618971554.77849635763-1.405009437152.583927953051.073954986072.12448797381-1.22459577968-0.0398880099927-0.354931986901-0.4923276570130.5971625344891.12451708422-0.5108979525040.905224307986-0.045945800280.003803984703541.44014703226-0.002799425442950.71848953050613.7485988779-13.4758758703-23.437888185
45.987972658462.45016667241-1.046442868245.16262309348-0.2059760133648.50890640432-0.498001087302-1.578084792790.0009976492560360.20871489-0.218758531823-0.8999182262990.667041574862.063513342930.624720691010.7893245583390.130011452561-0.1051729684511.754118465870.04784500932060.8333211456219.3841137965-16.3599906499-13.0279607118
53.129841094925.076522148570.6131659651158.472972094451.342674127814.1288361167-0.8308779772010.791406672895-1.95050206318-2.755392962090.181040817444-0.3460698242031.541200690421.808883478770.7482249879141.720233773930.4327482799540.1014607887441.63095057418-0.03047771566480.87426058263212.4048527845-25.7095271185-18.5737459188
66.30368376981-1.194211853112.603585477382.097502248382.608194331366.06400542580.7098958772660.354731569226-0.1805648097150.4600385564180.180036970083-1.251565766640.986987105263-0.599977888724-0.7088185623121.731831202930.0848461400841-0.03511208589571.136281706080.06968740248910.8382109923772.0003757755-32.3052875587-26.9449153682
73.381015770712.84297538299-0.7565163309373.47519747220.9529815083282.58502936494-0.764238388822-0.03064780038041.556911482230.5978643333331.468453581951.04037518887-1.13597863984-0.504242490689-0.7962194698921.53239649094-0.0718860915159-0.03143020101891.42227332067-0.04021174741521.131154102496.534903788230.0455056078145-1.2083176953
88.495497077961.73217078839-2.997048788377.74307415802-0.8274455376876.420825377040.548217228068-1.257488149060.3195491348771.439467275280.0424247901797-0.0839021924240.7204196805810.24511633517-0.483118743631.036666032460.0846171612664-0.1149645496021.13818903443-0.07042024431290.465496796079-0.85500477515-13.53438392544.4451206429
98.540567148223.01966071868-4.072027517676.50674008608-0.8221958263537.197123056940.367597412017-1.52405508265-0.8427726203311.13382209556-0.297780032261-0.7345034309740.9988483508321.611500659680.1166515632521.061063358070.102186915925-0.08569389296711.28271615489-0.0789590521180.5671526061125.45752127055-19.0296325178-2.31185213449
100.271359093409-0.49513466157-0.2575622539341.747660962452.473079031515.598385840961.59547221302-2.079593982651.814917146190.7559007578910.850805501363-1.25026858829-2.424695398351.43210333871-0.910611221141.32737124645-0.4044336102460.09193082228142.00202226337-0.5302412046130.93282325083115.1039948822-4.77464897725-4.61316889073
111.896719846130.790657045805-2.195322359926.16961124526-0.9592065073347.40081943636-0.241126548144-2.42022678134-0.2097938317041.90047294886-0.02415194960240.2438431210320.04177812290031.40305632294-0.5359686010551.29394828375-0.287665069363-0.1284883054132.33845685302-0.3755018743280.97237107278914.8191312535-8.867240586845.28885119137
123.23741916880.9780824656353.327750280315.233334996512.632205025039.698160647781.0521825147-0.87229650508-0.7783682799381.01836708382-0.7389545510230.2301267974230.437635704185-2.72376071388-0.2118614699542.64263878969-0.224321552518-0.3353068946461.80543642692-0.3143367393910.934888733787-10.8434377453-39.7360304133-29.247691655
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 24 )A16 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 32 )A25 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 45 )A33 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 72 )A46 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 82 )A73 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 83 through 88 )A83 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 455 through 466 )B455 - 466
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 467 through 499 )B467 - 499
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 500 through 515 )B500 - 515
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 516 through 535 )B516 - 535
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 536 through 547 )B536 - 547
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 6 through 10 )C6 - 10
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 11 through 18 )C11 - 18
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 6 through 18 )D6 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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