PDB-7kug: Fe-S cluster-bound transcription activator WhiB7 in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kug

タイトル

Fe-S cluster-bound transcription activator WhiB7 in complex with the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera

要素

Probable transcriptional regulator WhiB7
RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera

キーワード

TRANSCRIPTION / Redox-sensitive / Iron-sulfur cluster / activator

機能・相同性

機能・相同性情報

dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to fatty acid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

AT hook motif / Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / AT hook, DNA-binding motif / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Wan, T. / Horova, M. / Beltran, D.G. / Li, S.R. / Zhang, L.M.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	2562300224001	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35 GM138157-01	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P20 GM113126	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30 GM103335	米国

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the functional divergence of WhiB-like proteins in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Wan, T. / Horova, M. / Beltran, D.G. / Li, S. / Wong, H.X. / Zhang, L.M.

履歴

登録	2020年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kug_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kug_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
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CIF形式データ	7kug_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kug	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kufC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6i9o-3 3omd-2 6i9o-4 2hkv-d 6ie4-2 6otd-d 6top-4 6ie7-1 6k6b-d 6top-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (19) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Probable transcriptional regulator WhiB7

B: RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera

C: Probable transcriptional regulator WhiB7

D: RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera

ヘテロ分子

43.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Probable transcriptional regulator WhiB7

B: RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Probable transcriptional regulator WhiB7

D: RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.586, 61.028, 210.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-267- HOH

#1: タンパク質	Probable transcriptional regulator WhiB7 分子量: 8835.774 Da / 分子数: 2 / 変異: L27M, L42M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: whiB7, Rv3197A, Rv3197.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Gold) / 参照: UniProt: Q6MX01
#2: タンパク質	RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 12744.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: sigA, ERS007670_01286, ERS007681_03833, ERS007688_01862 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Gold) 参照: UniProt: A0A654TMB9, UniProt: A1KGE7, DNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.7 % / 解説: Thin large plates
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 10-15% PEG8000, 2-5% PGA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月21日詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 51356 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 52.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.65 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 40
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 46.1 % / R_merge(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 4871 / CC_1/2: 0.805 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→40.69 Å / SU ML: 0.1616 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.249
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	2516	4.91 %	Random selection
R_work	0.1842	48725	-	-
obs	0.1849	51241	99.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2468	0	16	334	2818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0144	2585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5679	3520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1201	393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.2955	984

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.58	0.3537	131	0.309	2491	X-RAY DIFFRACTION	91.94
1.58-1.61	0.2985	146	0.2775	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.61-1.65	0.2578	144	0.2479	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.65-1.68	0.2741	143	0.2311	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.68-1.73	0.2338	135	0.2145	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.73-1.77	0.1909	139	0.2093	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.77-1.82	0.2177	144	0.214	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.82-1.88	0.2061	132	0.1992	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.88-1.95	0.2209	127	0.2014	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.95-2.03	0.2164	160	0.1908	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.03-2.12	0.2284	134	0.1889	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.12-2.23	0.1866	142	0.183	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.23-2.37	0.2059	148	0.1811	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.37-2.56	0.1946	139	0.1839	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.56-2.81	0.193	139	0.185	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.81-3.22	0.1648	131	0.1818	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.22-4.06	0.1906	136	0.1641	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.06-40.69	0.1888	146	0.1654	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.00924307386771	0.0304014350074	-0.00490272733315	0.0215188680309	0.03739566296	-0.0089480584814	-0.0286562079952	-0.0388523347377	0.309549438822	0.0224600996625	-0.0245263112746	0.241778384071	-0.576190888878	0.0530060744347	7.1925786128E-6	0.25359372761	0.0184846261953	0.0105326682692	0.170487759542	-0.00232608931772	0.182578152958	-2.51421372645	-19.8239743234	-1.91227458088
2	0.0877117868801	0.238851911319	0.0144014176897	0.310096684872	-0.204586415427	0.370613035811	0.0196992698853	-0.0230953128035	-0.0286834521223	0.102742668542	-0.0136951031873	-0.0188332801998	-0.01348359094	0.0957705586912	-1.00201508417E-7	0.13964362589	-0.0145235694919	-0.00232305683792	0.178485531178	0.0208153215302	0.134025053016	3.08452604536	-29.0890002298	-5.89702709655
3	0.0858443914289	0.0360960875599	0.092289933712	-0.0123508081056	0.00306019834131	0.0582789595531	-0.0329916187924	0.0837491535511	0.000926056155137	-0.0996744669016	0.0140600026505	0.0343857217935	-0.0943780110575	-0.292186956341	5.67064864365E-7	0.150305167894	-0.0151759149798	-0.0493210085909	0.183708920686	0.0296535482257	0.170403618768	-7.43154485619	-23.9399522533	-15.2620825345
4	-0.0510449512159	-0.00636582592574	0.0371524425946	-0.0518338375465	0.0516719033583	0.0433872837536	-0.0865975728855	-0.0160557756475	-0.119383535806	-0.113333193694	0.140814709545	-0.00114625259905	-0.112297713556	-0.0144334984294	-9.55751543751E-7	0.118387952041	-0.0387161588672	0.0109028739872	0.14828047816	0.00613701694263	0.108227786499	1.55014386557	-27.897518988	-16.199876002
5	0.0813967587746	-0.0968577932815	0.0757866159521	0.028406663841	0.0597489762524	0.0942734331002	0.112185743831	0.522404380716	-0.614980557189	-0.641153234707	-0.123400514262	-0.298167938005	0.157337330477	0.0345670056057	-1.52516000215E-6	0.219699305193	-0.0601023331114	-0.0105363791487	0.183228026309	-0.0159683028035	0.301896224995	0.158207406023	-34.8595609384	-20.1662224907
6	0.0470773523925	-0.0668152958239	-0.075091610633	0.0561654637774	0.00919471745523	0.234946656911	-0.120900214172	-0.128798910824	0.276158115898	0.127537471539	0.203257055321	-0.10711954988	-0.0272550937579	0.0269411993428	-8.70968419699E-8	0.235293915313	-0.0727873456846	0.000684455351495	0.222881980781	-0.0188524544991	0.265233027731	9.26925979773	-4.89073415707	-8.86842809949
7	0.157098953909	0.143765082096	-0.0751937838592	0.159212555974	0.130257548649	0.181460587682	0.0264195334705	-0.0338241874286	0.0796684326164	0.0076068574148	-0.0798690899992	0.0072184015551	0.155567038392	0.0920191196147	1.00535363655E-6	0.164487406927	-0.0562060917548	-0.0112573499787	0.21324309077	0.00957810998467	0.182642272078	16.3586662724	-13.6914887359	-17.0487440897
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 21 )	A	16 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 48 )	A	22 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 59 )	A	49 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 72 )	A	60 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 73 through 79 )	A	73 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 452 through 466 )	B	452 - 466
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 467 through 479 )	B	467 - 479
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 480 through 499 )	B	480 - 499
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 500 through 513 )	B	500 - 513
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 514 through 523 )	B	514 - 523
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 524 through 535 )	B	524 - 535
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 536 through 549 )	B	536 - 549
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 16 through 21 )	C	16 - 21
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 22 through 32 )	C	22 - 32
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 33 through 58 )	C	33 - 58
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 59 through 73 )	C	59 - 73
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 74 through 79 )	C	74 - 79
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 452 through 466 )	D	452 - 466
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 467 through 479 )	D	467 - 479
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 480 through 499 )	D	480 - 499
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 500 through 513 )	D	500 - 513
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 514 through 526 )	D	514 - 526
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 527 through 535 )	D	527 - 535
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 536 through 547 )	D	536 - 547

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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