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Yorodumi- PDB-7kug: Fe-S cluster-bound transcription activator WhiB7 in complex with ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7kug | |||||||||||||||
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| Title | Fe-S cluster-bound transcription activator WhiB7 in complex with the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / Redox-sensitive / Iron-sulfur cluster / activator | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationdinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to fatty acid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to fatty acid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.55 Å | |||||||||||||||
Authors | Wan, T. / Horova, M. / Beltran, D.G. / Li, S.R. / Zhang, L.M. | |||||||||||||||
| Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2021Title: Structural insights into the functional divergence of WhiB-like proteins in Mycobacterium tuberculosis. Authors: Wan, T. / Horova, M. / Beltran, D.G. / Li, S. / Wong, H.X. / Zhang, L.M. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7kug.cif.gz | 169.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7kug.ent.gz | 117.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7kug.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7kug_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7kug_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 7kug_validation.xml.gz | 17.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 7kug_validation.cif.gz | 25.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kug | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 8835.774 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L27M, L42M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria)Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: whiB7, Rv3197A, Rv3197.1 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 12744.025 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: sigA, ERS007670_01286, ERS007681_03833, ERS007688_01862 Production host: ![]() References: UniProt: A0A654TMB9, UniProt: A1KGE7, DNA-directed RNA polymerase #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.7 % / Description: Thin large plates |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 0.1 M Tris pH 8.0, 10-15% PEG8000, 2-5% PGA |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2020 Details: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2 |
| Radiation | Monochromator: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. obs: 51356 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 52.1 % / Biso Wilson estimate: 21.65 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 40 |
| Reflection shell | Resolution: 1.55→1.61 Å / Redundancy: 46.1 % / Rmerge(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 4871 / CC1/2: 0.805 / % possible all: 99.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.55→40.69 Å / SU ML: 0.1616 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.249 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 32.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→40.69 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
United States, 4items
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