PDB-7kte: DNA Polymerase Mu, 8-oxodGTP:Ct Reaction State Ternary Complex, 5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kte

タイトル

DNA Polymerase Mu, 8-oxodGTP:Ct Reaction State Ternary Complex, 50 mM Mg2+ (90min)

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*(8OG))-3')
DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

キーワード

REPLICATION / Time-Lapse Crystallography / Oxidized Nucleotide Insertion / DNA Polymerase Mu / Double Strand Break Repair

機能・相同性

機能・相同性情報

somatic hypermutation of immunoglobulin genes / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.479 Å

データ登録者

Jamsen, J.A. / Wilson, S.H.

資金援助

米国,

日本, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050158	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050161	米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K16195	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Watching a double strand break repair polymerase insert a pro-mutagenic oxidized nucleotide.
著者: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H.

履歴

登録	2020年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kte.cif.gz	206.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kte.ent.gz	156.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kte_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kte_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7kte_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	7kte_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/7kte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/7kte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kssC 7kstC 7ksuC 7ksvC 7kswC 7ksxC 7ksyC 7kszC 7kt0C 7kt1C 7kt2C 7kt3C 7kt4C 7kt5C 7kt6C 7kt7C 7kt8C 7kt9C 7ktaC 7ktbC 7ktcC 7ktdC 7ktfC 7ktgC 7kthC 7ktiC 7ktjC 7ktkC 7ktlC 7ktmC 7ktnC 4m04S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p1n-d 5tyv-d 6vf0-d 5tyb-d 6ak9-d 6p1r-d 4m0a-d 5tye-d 6p1q-d 5tyc-d 6vf9-d 6wid-d 6p1o-d 5tyw-d 7kt9-d 7ktf-d 7cod-d 5vzd-d 6vf6-d 6vf7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (15) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (3) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (15)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (4)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (3)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*G)-3')

P: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*(8OG))-3')

D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

47.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.940, 68.523, 110.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase 分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase

分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPGPCPCPTPAPCPG)-3') 分子量: 2716.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPTPAP(8OG))-3') 分子量: 1536.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPCPCPG)-3') 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 10種, 466分子

#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE 分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-8DG / 8-OXO-2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#11: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#13: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.72 % / Mosaicity: 0.197 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.479→50 Å / Num. obs: 76692 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.136 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.149 / Χ²: 1.157 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.48-1.51	5.9	0.886	3758	0.69	0.397	0.974	1.057	99.9
1.51-1.53	6.1	0.789	3806	0.773	0.346	0.863	1.099	100
1.53-1.56	6.2	0.68	3774	0.811	0.296	0.743	1.126	99.9
1.56-1.59	6.2	0.588	3806	0.855	0.258	0.644	1.131	99.8
1.59-1.63	6	0.482	3795	0.891	0.213	0.528	1.206	100
1.63-1.67	5.6	0.385	3787	0.928	0.178	0.425	1.198	99.9
1.67-1.71	5.8	0.336	3762	0.936	0.151	0.369	1.209	99.7
1.71-1.75	6.6	0.3	3818	0.957	0.127	0.326	1.212	100
1.75-1.81	6.7	0.259	3812	0.965	0.109	0.281	1.201	100
1.81-1.86	6.6	0.219	3801	0.971	0.092	0.238	1.191	100
1.86-1.93	6.5	0.192	3805	0.977	0.081	0.209	1.211	100
1.93-2.01	6.4	0.171	3822	0.976	0.073	0.186	1.226	100
2.01-2.1	6.3	0.153	3818	0.978	0.067	0.167	1.188	100
2.1-2.21	6	0.139	3856	0.977	0.062	0.152	1.178	100
2.21-2.35	5.4	0.125	3817	0.977	0.059	0.139	1.106	99.8
2.35-2.53	6.4	0.125	3849	0.979	0.054	0.136	1.15	99.9
2.53-2.79	6.8	0.125	3855	0.98	0.052	0.135	1.186	100
2.79-3.19	6.6	0.122	3907	0.982	0.052	0.133	1.101	100
3.19-4.02	6.1	0.117	3937	0.981	0.052	0.129	1.054	100
4.02-50	5.8	0.122	4107	0.973	0.056	0.134	1.083	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2-3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M04

4m04

解像度: 1.479→34.958 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1774	3831	5 %
R_work	0.1568	72786	-
obs	0.1578	76617	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.7 Å² / B_iso mean: 23.8562 Å² / B_iso min: 10.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.479→34.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2562	365	81	460	3468
B_iso mean	-	-	33.33	34.85	-
残基数	-	-	-	-	346

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.4794-1.4981	0.2652	141	0.2494	2661	99
1.4981-1.5178	0.2414	138	0.2308	2641	100
1.5178-1.5386	0.2418	141	0.2212	2653	100
1.5386-1.5606	0.2157	139	0.1994	2652	100
1.5606-1.5839	0.2099	140	0.1912	2656	100
1.5839-1.6086	0.2115	142	0.18	2691	100
1.6086-1.635	0.1906	139	0.1799	2639	100
1.635-1.6632	0.2072	142	0.17	2718	100
1.6632-1.6935	0.1953	138	0.1671	2622	100
1.6935-1.726	0.187	141	0.1644	2694	100
1.726-1.7613	0.1841	142	0.1641	2675	100
1.7613-1.7995	0.2052	139	0.1615	2657	100
1.7995-1.8414	0.1716	142	0.1622	2686	100
1.8414-1.8875	0.2084	140	0.1556	2677	100
1.8875-1.9385	0.1856	140	0.1587	2714	100
1.9385-1.9955	0.1673	144	0.1537	2664	100
1.9955-2.0599	0.2127	140	0.1549	2690	100
2.0599-2.1335	0.1764	143	0.1461	2705	100
2.1335-2.2189	0.1749	142	0.1437	2695	100
2.2189-2.3199	0.1679	140	0.1442	2684	100
2.3199-2.4422	0.164	144	0.1374	2691	100
2.4422-2.5952	0.148	143	0.1448	2731	100
2.5952-2.7955	0.1693	144	0.1459	2707	100
2.7955-3.0766	0.155	144	0.1545	2738	100
3.0766-3.5215	0.1531	144	0.1453	2765	100
3.5215-4.4352	0.1478	145	0.1396	2775	100
4.4352-34.958	0.216	154	0.1816	2905	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.9052 Å / Origin y: -4.21 Å / Origin z: -11.441 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.125 Å²	0.0044 Å²	-0.0055 Å²	-	0.1286 Å²	0.0106 Å²	-	-	0.1028 Å²
L	0.8924 °²	-0.1725 °²	-0.1312 °²	-	0.7736 °²	0.0805 °²	-	-	0.577 °²
S	0.0328 Å °	0.0979 Å °	0.0406 Å °	-0.0466 Å °	-0.0239 Å °	-0.0364 Å °	0.0111 Å °	0.0186 Å °	0.0011 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	137 - 494
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	T	1 - 9
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	P	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 4
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 2
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	1
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 8
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 518

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

-
非ポリマー , 10種, 466分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

-非ポリマー , 10種, 466分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

-
非ポリマー , 10種, 466分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)