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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ktd | ||||||||||||
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タイトル | DNA Polymerase Mu, 8-oxodGTP:Ct Product State Ternary Complex, 10 mM Mn2+ (960min) | ||||||||||||
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![]() | REPLICATION / Time-Lapse Crystallography / Oxidized Nucleotide Insertion / DNA Polymerase Mu / Double Strand Break Repair | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Jamsen, J.A. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Watching a double strand break repair polymerase insert a pro-mutagenic oxidized nucleotide. 著者: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7kssC ![]() 7kstC ![]() 7ksuC ![]() 7ksvC ![]() 7kswC ![]() 7ksxC ![]() 7ksyC ![]() 7kszC ![]() 7kt0C ![]() 7kt1C ![]() 7kt2C ![]() 7kt3C ![]() 7kt4C ![]() 7kt5C ![]() 7kt6C ![]() 7kt7C ![]() 7kt8C ![]() 7kt9C ![]() 7ktaC ![]() 7ktbC ![]() 7ktcC ![]() 7kteC ![]() 7ktfC ![]() 7ktgC ![]() 7kthC ![]() 7ktiC ![]() 7ktjC ![]() 7ktkC ![]() 7ktlC ![]() 7ktmC ![]() 7ktnC ![]() 4m04S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD
#2: DNA鎖 | 分子量: 2716.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 1536.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 7種, 353分子 ![](data/chem/img/DTT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-DTT / | ||||||||||
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#6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-MN / #8: 化合物 | ChemComp-NA / | #9: 化合物 | ChemComp-PPV / | #10: 化合物 | ChemComp-EPE / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 % / Mosaicity: 0.337 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 65749 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 466114 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4M04 解像度: 1.551→43.375 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.77 Å2 / Biso mean: 30.1668 Å2 / Biso min: 15.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.551→43.375 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.5259 Å / Origin y: -4.6961 Å / Origin z: -13.6404 Å
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精密化 TLSグループ |
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