PDB-7ksx: DNA Polymerase Mu, dGTP:Ct Product State Ternary Complex, 10 mM M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ksx

タイトル

DNA Polymerase Mu, dGTP:Ct Product State Ternary Complex, 10 mM Mg2+ (30min)

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*G)-3')
DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

キーワード

REPLICATION/DNA / Time-Lapse Crystallography / Oxidized Nucleotide Insertion / DNA Polymerase Mu / Double Strand Break Repair / REPLICATION / REPLICATION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Jamsen, J.A. / Wilson, S.H.

資金援助

米国,

日本, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050158	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050161	米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K16195	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Watching a double strand break repair polymerase insert a pro-mutagenic oxidized nucleotide.
著者: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H.

履歴

登録	2020年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ksx.cif.gz	193.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ksx.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ksx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ksx_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ksx_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7ksx_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7ksx_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/7ksx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/7ksx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kssC 7kstC 7ksuC 7ksvC 7kswC 7ksyC 7kszC 7kt0C 7kt1C 7kt2C 7kt3C 7kt4C 7kt5C 7kt6C 7kt7C 7kt8C 7kt9C 7ktaC 7ktbC 7ktcC 7ktdC 7kteC 7ktfC 7ktgC 7kthC 7ktiC 7ktjC 7ktkC 7ktlC 7ktmC 7ktnC 4m04S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ksv-d 6p1p-d 6ak8-d 6akh-d 6ipd-d 7kst-d 5txx-d 6vf6-d 6vez-d 6vf7-d 6ak9-d 6p1r-d 7ksw-d 6vf9-d 6wid-d 4ycx-d 6vf0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (15) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (3) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (15)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (4)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (3)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*G)-3')

P: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*G)-3')

D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

46.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.011, 68.695, 110.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase 分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 変異: del398-409, P410G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase

分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 変異: del398-409, P410G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPGPCPCPTPAPCPG)-3') 分子量: 2716.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPTPAPG)-3') 分子量: 1520.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPCPCPG)-3') 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 7種, 360分子

#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.89 % / Mosaicity: 0.254 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 64263 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 338599

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.57-1.6	5	0.844	3146	0.634	0.409	0.941	1.065	99.5
1.6-1.63	5.2	0.672	3192	0.739	0.321	0.747	1.04	99.8
1.63-1.66	5.1	0.546	3143	0.83	0.261	0.607	1.028	99.7
1.66-1.69	5.1	0.469	3169	0.86	0.227	0.523	1.042	99.6
1.69-1.73	5	0.38	3185	0.898	0.185	0.423	1.047	99.7
1.73-1.77	4.9	0.322	3180	0.931	0.158	0.359	1.067	99.7
1.77-1.81	4.6	0.246	3195	0.953	0.126	0.277	1.047	99.8
1.81-1.86	4.9	0.204	3180	0.967	0.101	0.228	1.061	99.9
1.86-1.92	5.5	0.168	3187	0.982	0.077	0.185	1.076	99.9
1.92-1.98	5.6	0.138	3186	0.988	0.063	0.152	1.041	99.9
1.98-2.05	5.7	0.112	3191	0.992	0.051	0.123	1.048	99.8
2.05-2.13	5.7	0.085	3218	0.995	0.039	0.094	0.985	99.9
2.13-2.23	5.6	0.071	3205	0.996	0.032	0.078	0.97	99.9
2.23-2.35	5.4	0.058	3213	0.997	0.027	0.064	0.943	100
2.35-2.49	5.1	0.049	3221	0.998	0.024	0.055	0.931	99.7
2.49-2.68	5	0.043	3218	0.998	0.021	0.048	1.023	99.5
2.68-2.95	5.8	0.039	3251	0.998	0.018	0.043	1.048	99.9
2.95-3.38	5.7	0.033	3249	0.999	0.015	0.037	1.039	99.2
3.38-4.26	5.4	0.029	3282	0.999	0.014	0.032	1.195	99.2
4.26-50	5	0.027	3452	0.998	0.014	0.031	1.088	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2-3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M04

4m04

解像度: 1.57→41.832 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	3206	4.99 %
R_work	0.1633	60988	-
obs	0.1645	64194	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.16 Å² / B_iso mean: 28.8059 Å² / B_iso min: 13.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.57→41.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2518	364	31	358	3271
B_iso mean	-	-	32	38.38	-
残基数	-	-	-	-	343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.273	4460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.471	2411
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	489
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	517

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5701-1.5935	0.2787	128	0.2482	2503	96
1.5935-1.6184	0.2339	138	0.2249	2616	100
1.6184-1.645	0.2613	138	0.2133	2623	100
1.645-1.6733	0.24	139	0.2039	2624	99
1.6733-1.7038	0.2306	138	0.1917	2630	100
1.7038-1.7365	0.2232	137	0.1763	2616	100
1.7365-1.772	0.208	138	0.1722	2626	100
1.772-1.8105	0.2008	139	0.1685	2650	100
1.8105-1.8526	0.2029	138	0.1602	2624	100
1.8526-1.899	0.1855	138	0.1545	2632	100
1.899-1.9503	0.1855	138	0.1577	2648	100
1.9503-2.0077	0.1988	137	0.1651	2649	100
2.0077-2.0725	0.1969	142	0.159	2647	100
2.0725-2.1466	0.1945	139	0.1553	2641	100
2.1466-2.2325	0.1802	141	0.1505	2655	100
2.2325-2.3341	0.1668	140	0.1475	2661	100
2.3341-2.4571	0.1807	139	0.142	2668	100
2.4571-2.6111	0.174	143	0.1531	2657	100
2.6111-2.8126	0.1753	141	0.1646	2667	100
2.8126-3.0956	0.175	139	0.1697	2687	100
3.0956-3.5433	0.1882	143	0.1606	2694	99
3.5433-4.4634	0.1583	144	0.1464	2707	99
4.4634-41.832	0.198	149	0.1807	2863	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.9257 Å / Origin y: -4.3422 Å / Origin z: -11.6117 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1852 Å²	0.0077 Å²	-0.0005 Å²	-	0.1837 Å²	0.0161 Å²	-	-	0.1411 Å²
L	1.3572 °²	-0.2887 °²	-0.149 °²	-	0.9362 °²	0.1481 °²	-	-	0.7478 °²
S	0.0785 Å °	0.1207 Å °	0.0576 Å °	-0.0439 Å °	-0.0519 Å °	-0.053 Å °	0.0289 Å °	0.03 Å °	0.0018 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	138 - 494
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	T	1 - 9
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	P	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 4
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1 - 4
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 2
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 408

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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