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- PDB-7kr5: Cryo-EM structure of the CRAC channel Orai in an open conformatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kr5
タイトルCryo-EM structure of the CRAC channel Orai in an open conformation; H206A gain-of-function mutation in complex with an antibody
要素
  • 19B5 Fab heavy chain
  • 19B5 Fab light chain
  • Calcium release-activated calcium channel protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ion channel / calcium / SOCE / CRAC / eukaryotic / open structure / MEMBRANE PROTEIN / amphiboles / cryo-EM / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / store-operated calcium channel activity / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium release-activated calcium channel protein / Orai superfamily / Mediator of CRAC channel activity
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium release-activated calcium channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Long, S.B. / Hou, X. / Outhwaite, I.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131921 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM094273 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the calcium release-activated calcium channel Orai in an open conformation.
著者: Xiaowei Hou / Ian R Outhwaite / Leanne Pedi / Stephen Barstow Long /
要旨: The calcium release-activated calcium channel Orai regulates Ca entry into non-excitable cells and is required for proper immune function. While the channel typically opens following Ca release from ...The calcium release-activated calcium channel Orai regulates Ca entry into non-excitable cells and is required for proper immune function. While the channel typically opens following Ca release from the endoplasmic reticulum, certain pathologic mutations render the channel constitutively open. Previously, using one such mutation (H206A), we obtained low (6.7 Å) resolution X-ray structural information on Orai in an open conformation (Hou et al., 2018). Here we present a structure of this open conformation at 3.3 Å resolution using fiducial-assisted cryo-electron microscopy. The improved structure reveals the conformations of amino acids in the open pore, which dilates by outward movements of subunits. A ring of phenylalanine residues repositions to expose previously shielded glycine residues to the pore without significant rotational movement of the associated helices. Together with other hydrophobic amino acids, the phenylalanines act as the channel's gate. Structured M1-M2 turrets, not evident previously, form the channel's extracellular entrance.
履歴
登録2020年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年12月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年12月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年12月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年12月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年12月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
C: Calcium release-activated calcium channel protein 1
D: Calcium release-activated calcium channel protein 1
E: Calcium release-activated calcium channel protein 1
F: Calcium release-activated calcium channel protein 1
H: 19B5 Fab heavy chain
L: 19B5 Fab light chain
M: 19B5 Fab heavy chain
N: 19B5 Fab light chain
O: 19B5 Fab heavy chain
P: 19B5 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,42213
ポリマ－302,38212
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area23880 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area60700 Å2

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要素

#1: タンパク質
Calcium release-activated calcium channel protein 1 / Protein orai


分子量: 24160.168 Da / 分子数: 6 / 変異: H206A, C224S, C283T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orai, CRACM1, olf186-F, CG11430 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U6B8
#2: 抗体 19B5 Fab heavy chain


分子量: 26886.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 19B5 Fab light chain


分子量: 25587.295 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Orai channel, H206A mutant, in complex with three Fab fragmentsCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Orai channel, H206A mutantCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Fab fragmentsCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Komagataella pastoris (菌類)4922
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
緩衝液pH: 8.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 76 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC2初期オイラー角割当
11cryoSPARC2最終オイラー角割当
13cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 236132
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85614 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00410795
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55914774
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.7883465
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371798
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041808

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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