PDB-7kp6: Structure of Ack1 kinase in complex with a selective inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kp6

タイトル

Structure of Ack1 kinase in complex with a selective inhibitor

要素

Activated CDC42 kinase 1

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / protein-inhibitor complex / tyrosine kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of clathrin-dependent endocytosis / regulation of keratinocyte differentiation / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / cytoophidium / WW domain binding / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Thakur, M.K. / Miller, W.T. / Mahajan, N. / Seeliger, M.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Inhibiting ACK1-mediated phosphorylation of C-terminal Src kinase counteracts prostate cancer immune checkpoint blockade resistance.
著者: Sridaran, D. / Chouhan, S. / Mahajan, K. / Renganathan, A. / Weimholt, C. / Bhagwat, S. / Reimers, M. / Kim, E.H. / Thakur, M.K. / Saeed, M.A. / Pachynski, R.K. / Seeliger, M.A. / Miller, W.T. ...

履歴

登録	2020年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 2.0	2023年4月19日	Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kp6.cif.gz	326.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kp6.ent.gz	271 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kp6_validation.pdf.gz	989.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kp6_full_validation.pdf.gz	993.3 KB	表示
XML形式データ	7kp6_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	7kp6_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kp6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hzrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ylo-d 3eqp-2 1u54-2 5hie-1 1l8k-d 5vgo-d 3bgz-d 3eqr-2 4zgo-2 2hzi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Activated CDC42 kinase 1

B: Activated CDC42 kinase 1

ヘテロ分子

65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Activated CDC42 kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Activated CDC42 kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.016, 42.819, 92.623
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.650, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Activated CDC42 kinase 1 / ACK-1 / Tyrosine kinase non-receptor protein 2 分子量: 32495.445 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK2, ACK1 / プラスミド: pFastbac HTb / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-WTP / 5-chloro-N~2~-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-N~4~-{[(2R)-oxolan-2-yl]methyl}pyrimidine-2,4-diamine / N-[[(R)-テトラヒドロフラン-2-イル]メチル]-5-クロロ-2-[[4-(4-メチル-1-ピペラジニル)フェニ(以下略) 分子量: 402.921 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₇ClN₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 50mM Bis-Tris (pH 6.5), 23 % (w/v) polyethylene glycol 3350, 100 mM MgCl2, and 2.5% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92009 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月26日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92009 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.444→60.69 Å / Num. obs: 129549 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.444→1.624 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3138 / CC_1/2: 0.65 / % possible all: 78.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HZR

4hzr

解像度: 1.79→41.564 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	2515	5.08 %
R_work	0.1779	47004	-
obs	0.1792	49519	94.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.87 Å² / B_iso mean: 32.4276 Å² / B_iso min: 7.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.79→41.564 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4268	0	114	279	4661
B_iso mean	-	-	36.84	27.54	-
残基数	-	-	-	-	533

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4456
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.77	6034
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.178	2705

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.79-1.8244	0.2503	137	0.2417	2624	97
1.8244-1.8617	0.2658	128	0.2291	2746	100
1.8617-1.9022	0.2837	144	0.2249	2657	98
1.9022-1.9464	0.2905	29	0.2293	628	23
1.9464-1.9951	0.2249	150	0.2043	2702	100
1.9951-2.049	0.208	163	0.1943	2710	100
2.049-2.1093	0.2328	133	0.1906	2736	100
2.1093-2.1774	0.2261	147	0.1846	2749	100
2.1774-2.2552	0.1876	157	0.1773	2739	100
2.2552-2.3455	0.2198	131	0.1784	2710	100
2.3455-2.4522	0.1954	156	0.1798	2724	100
2.4522-2.5815	0.2295	140	0.1802	2747	99
2.5815-2.7432	0.2091	160	0.1807	2750	100
2.7432-2.955	0.2181	156	0.1861	2723	100
2.955-3.2522	0.1962	146	0.1797	2760	99
3.2522-3.7226	0.1755	145	0.1673	2769	99
3.7226-4.689	0.1587	153	0.1383	2638	95
4.689-41.564	0.2117	140	0.1753	2892	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5945	-1.1854	1.4614	3.1822	-0.4794	3.9242	0.2008	0.2459	-0.2039	-0.4395	-0.1308	-0.0464	0.3118	0.3155	-0.0411	0.3005	0.0144	0.0202	0.3953	-0.0219	0.1764	24.1356	32.1432	12.216
2	0.8522	-1.0817	-0.9273	1.384	0.9428	5.7356	0.0144	0.2458	0.0147	-0.5132	-0.1068	0.1621	-0.6823	0.2021	0.0917	0.293	-0.0424	-0.0285	0.2453	0.0335	0.1496	21.809	38.7545	15.7767
3	1.0029	0.2034	0.9721	0.6879	-0.3602	4.0588	-0.0095	0.1469	-0.142	-0.1091	-0.019	-0.1598	0.09	0.2775	0.0282	0.1565	0.0561	0.0238	0.1719	-0.008	0.1433	27.892	28.539	30.9515
4	4.8139	-2.9667	4.6204	6.0533	-4.4754	8.0245	0.0418	0.1034	0.1495	-0.2294	-0.0639	0.0507	-0.1441	0.2621	0.0526	0.1203	-0.0151	0.0022	0.0766	-0.0143	0.1042	20.2916	41.4697	34.676
5	0.5426	0.7706	-0.2468	1.9957	0.6415	1.1879	-0.187	0.1264	0.2857	-0.3647	0.0495	0.3209	-0.2082	-0.0242	0.0239	0.223	0.0088	-0.0542	0.1256	0.0072	0.1832	12.0693	36.5004	26.3083
6	3.3616	0.084	1.2093	1.8747	-0.083	1.5151	-0.0286	0.0036	0.0417	-0.133	-0.0457	0.184	0.0202	-0.1302	0.0856	0.096	0.0041	-0.0003	0.0782	-0.0195	0.1175	7.0692	31.1841	33.7413
7	5.3171	2.3395	0.8268	1.7434	0.3355	1.1924	0.1917	-0.3479	-0.4668	0.1049	-0.1163	0.0853	0.2581	-0.1653	-0.0624	0.1611	-0.0234	0.0003	0.1194	0.0112	0.1449	6.2871	22.5784	41.1314
8	3.4294	0.1617	0.57	2.9184	-0.2026	3.264	0.0831	-0.3957	0.1023	0.114	-0.1377	0.1339	0.1041	-0.1415	0.0442	0.1078	-0.0058	0.0303	0.138	-0.0372	0.1087	9.4978	34.7036	46.1713
9	4.7491	-0.221	5.6769	1.8171	0.1642	6.8901	0.1731	-0.229	0.3834	-0.0571	-0.2469	-0.1382	-0.0385	-0.0785	0.0828	0.1645	-0.0353	0.0065	0.136	-0.0288	0.209	19.0531	44.7142	43.0252
10	2.3408	-1.3916	0.5227	4.323	-1.3766	3.2622	0.0135	-0.1496	0.0304	0.2701	0.017	0.3268	-0.2472	-0.3822	-0.0266	0.3215	-0.0186	0.0491	0.3986	-0.0018	0.1573	12.2209	46.5801	-0.5111
11	0.8561	-0.0095	-0.05	1.378	-0.5743	2.5205	0.0503	-0.2365	0.0137	0.1271	-0.0845	-0.0101	-0.0223	0.2351	0.0141	0.1429	-0.032	0.006	0.2412	0.022	0.1535	18.9964	44.712	-14.9792
12	1.9527	-0.1936	0.2169	2.778	-0.4366	2.3384	0.0053	-0.1875	-0.2085	-0.0212	0.0182	0.1037	0.296	0.0009	-0.0047	0.1249	-0.0024	0.0103	0.1166	0.0364	0.1343	15.5074	35.6124	-25.8032
13	3.8105	0.3996	-0.1895	2.2874	-0.4417	1.5472	-0.0284	0.0873	-0.1407	-0.2525	0.0054	-0.0439	0.0827	0.1494	0.0161	0.167	0.0147	0.0179	0.1282	0.0046	0.1187	18.0931	38.892	-33.4124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 117 through 181 )	A	117 - 181
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 182 through 201 )	A	182 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 202 through 225 )	A	202 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 226 through 246 )	A	226 - 246
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 247 through 288 )	A	247 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 289 through 324 )	A	289 - 324
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 325 through 345 )	A	325 - 345
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 346 through 377 )	A	346 - 377
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 378 through 391 )	A	378 - 391
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 118 through 181 )	B	118 - 181
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 182 through 292 )	B	182 - 292
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 293 through 324 )	B	293 - 324
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 325 through 389 )	B	325 - 389

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)