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万見
- PDB-3eqp: Crystal Structure of Ack1 with compound T95 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eqp
タイトルCrystal Structure of Ack1 with compound T95
要素Activated CDC42 kinase 1
キーワードTRANSFERASE / ack1 / Alternative splicing / ATP-binding / Cell membrane / Kinase / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / cytoophidium / GTPase inhibitor activity / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / WW domain binding / phosphorylation ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / cytoophidium / GTPase inhibitor activity / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / WW domain binding / phosphorylation / small GTPase-mediated signal transduction / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / adherens junction / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / endocytosis / protein tyrosine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like ...Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T95 / Activated CDC42 kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, J. / Wang, Z. / Walker, N.P.C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Identification and optimization of N3,N6-diaryl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-3,6-diamines as a novel class of ACK1 inhibitors.
著者: Kopecky, D.J. / Hao, X. / Chen, Y. / Fu, J. / Jiao, X. / Jaen, J.C. / Cardozo, M.G. / Liu, J. / Wang, Z. / Walker, N.P. / Wesche, H. / Li, S. / Farrelly, E. / Xiao, S.H. / Kayser, F.
履歴
登録2008年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Activated CDC42 kinase 1
A: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2785
ポリマ－63,0772
非ポリマー1,2013
水3,099172
1
B: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子

A: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2785
ポリマ－63,0772
非ポリマー1,2013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y+1/2,-z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area24630 Å2
手法PISA
2
B: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1573
ポリマ－31,5381
非ポリマー6182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1212
ポリマ－31,5381
非ポリマー5831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.996, 43.114, 92.848
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Activated CDC42 kinase 1 / ACK-1 / Tyrosine kinase non-receptor protein 2


分子量: 31538.395 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 117-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK2, ACK1 / 発現宿主: Insect cells
参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-T95 / N-(2,6-dimethylphenyl)-4-(2-ethoxyphenoxy)-2-({4-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]phenyl}amino)pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 582.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38N6O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折Ambient temp details: 100
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→91.29 Å / Num. obs: 23616 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.485

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0044精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 2.3→60.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.686 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1223 5.2 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.224 23616 94.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.6 Å2 / Biso mean: 27.266 Å2 / Biso min: 3.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å2-0.15 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→60.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4321 0 87 177 4585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.9866117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7455534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18923.014209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.96415776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7461540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6511.52679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20824315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64931841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7954.51802
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 80 -
Rwork0.267 1589 -
all-1669 -
obs--91.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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