+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kp6 | |||||||||
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Title | Structure of Ack1 kinase in complex with a selective inhibitor | |||||||||
Components | Activated CDC42 kinase 1 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE/INHIBITOR / protein-inhibitor complex / tyrosine kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / adherens junction / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / phosphorylation / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / membrane / identical protein binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.79 Å | |||||||||
Authors | Thakur, M.K. / Miller, W.T. / Mahajan, N. / Seeliger, M.A. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Inhibiting ACK1-mediated phosphorylation of C-terminal Src kinase counteracts prostate cancer immune checkpoint blockade resistance. Authors: Sridaran, D. / Chouhan, S. / Mahajan, K. / Renganathan, A. / Weimholt, C. / Bhagwat, S. / Reimers, M. / Kim, E.H. / Thakur, M.K. / Saeed, M.A. / Pachynski, R.K. / Seeliger, M.A. / Miller, W. ...Authors: Sridaran, D. / Chouhan, S. / Mahajan, K. / Renganathan, A. / Weimholt, C. / Bhagwat, S. / Reimers, M. / Kim, E.H. / Thakur, M.K. / Saeed, M.A. / Pachynski, R.K. / Seeliger, M.A. / Miller, W.T. / Feng, F.Y. / Mahajan, N.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kp6.cif.gz | 326.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kp6.ent.gz | 271 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kp6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kp6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4hzrS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32495.445 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: kinase domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TNK2, ACK1 / Plasmid: pFastbac HTb / Cell line (production host): Sf9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 50mM Bis-Tris (pH 6.5), 23 % (w/v) polyethylene glycol 3350, 100 mM MgCl2, and 2.5% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.92009 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2019 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92009 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.444→60.69 Å / Num. obs: 129549 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.444→1.624 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3138 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 78.7 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4HZR Resolution: 1.79→41.564 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 156.87 Å2 / Biso mean: 32.4276 Å2 / Biso min: 7.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.79→41.564 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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