PDB-7kot: Energetic and structural effects of the Tanford transition on the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kot

タイトル

Energetic and structural effects of the Tanford transition on the ligand recognition of bovine Beta-lactoglobulin

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Bovine beta-lactoglobulin / Lipocalin / Tanford transition / Structural energetics

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Rodriguez-Hernandez, A. / Rodriguez-Romero, A.

資金援助

メキシコ, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2021
タイトル: Energetic and structural effects of the Tanford transition on ligand recognition of bovine beta-lactoglobulin.
著者: Labra-Nunez, A. / Cofas-Vargas, L.F. / Gutierrez-Magdaleno, G. / Gomez-Velasco, H. / Rodriguez-Hernandez, A. / Rodriguez-Romero, A. / Garcia-Hernandez, E.

履歴

登録	2020年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kot.cif.gz	76.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kot.ent.gz	53.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kot_validation.pdf.gz	586.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kot_full_validation.pdf.gz	586.9 KB	表示
XML形式データ	7kot_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	7kot_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/7kot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/7kot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kp5C 1bebS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y0r-d 1b0o-d 4ib9-d 4gny-d 4y0s-d 4kii-d 3blg-d 3uex-d 3uew-d 4dq3-d 6rwq-d 6rwr-d 6ge7-d 5htd-d 6gf9-d 4ib8-d 1gx9-d 1bso-d 4y0p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.652, 53.652, 112.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18301.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-SDS / DODECYL SULFATE / 硫酸ドデシル分子量: 266.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₄S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M NaCl, pH 4.5 and in 0.05 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→46.46 Å / Num. obs: 19905 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.1 % / CC_1/2: 0.89 / Net I/σ(I): 83.2
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / Num. unique obs: 978 / CC_1/2: 0.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BEB

1beb

解像度: 1.74→46.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.809 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	1012	5.114 %
R_work	0.1931	18776	-
all	0.195	-	-
obs	-	19788	99.592 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.581 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	0.235 Å²	0 Å²
2-	-	0.47 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.526 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→46.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1221	0	17	115	1353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.222	1.655	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.497	1.609	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.571	5	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.957	25.385	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.923	15	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.129	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.21	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.358	2.396	626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.359	2.395	625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.538	3.574	779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.536	3.575	780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.097	2.703	632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.095	2.703	633
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.804	3.896	919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.801	3.896	920
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.645	28.28	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.608	27.807	1295

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.74-1.785	0.326	74	0.267	1378	0.27	1457	0.842	0.869	99.6568	0.232
1.785-1.834	0.283	81	0.233	1292	0.236	1376	0.882	0.909	99.782	0.199
1.834-1.887	0.272	83	0.24	1275	0.242	1372	0.913	0.914	98.9796	0.194
1.887-1.945	0.226	69	0.212	1272	0.212	1343	0.933	0.934	99.8511	0.182
1.945-2.008	0.284	62	0.189	1210	0.193	1277	0.916	0.946	99.6085	0.157
2.008-2.079	0.228	76	0.187	1181	0.189	1258	0.933	0.949	99.9205	0.163
2.079-2.157	0.265	65	0.191	1141	0.195	1209	0.926	0.947	99.7519	0.161
2.157-2.245	0.225	68	0.189	1076	0.192	1158	0.939	0.951	98.791	0.159
2.245-2.344	0.217	54	0.189	1059	0.19	1125	0.941	0.951	98.9333	0.167
2.344-2.458	0.326	50	0.199	1006	0.204	1065	0.892	0.943	99.1549	0.175
2.458-2.591	0.241	36	0.203	989	0.204	1028	0.921	0.943	99.7082	0.185
2.591-2.748	0.289	39	0.208	916	0.211	960	0.912	0.942	99.4792	0.198
2.748-2.937	0.247	46	0.2	877	0.202	924	0.919	0.943	99.8918	0.198
2.937-3.171	0.193	42	0.203	826	0.203	870	0.957	0.943	99.7701	0.211
3.171-3.472	0.257	28	0.188	760	0.19	788	0.927	0.951	100	0.205
3.472-3.879	0.188	46	0.171	684	0.172	730	0.964	0.966	100	0.196
3.879-4.474	0.184	30	0.166	619	0.167	649	0.962	0.973	100	0.205
4.474-5.467	0.245	30	0.155	522	0.159	552	0.952	0.977	100	0.2
5.467-7.678	0.256	19	0.22	433	0.221	452	0.928	0.949	100	0.275
7.678-46.464	0.116	14	0.23	260	0.225	276	0.973	0.949	99.2754	0.321

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.8026 Å / Origin y: -4.4215 Å / Origin z: 3.458 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1133 Å²	-0.0481 Å²	0.0167 Å²	-	0.0394 Å²	-0.0157 Å²	-	-	0.0204 Å²
L	0.6071 °²	0.2052 °²	-0.3068 °²	-	1.0399 °²	-0.5161 °²	-	-	2.3352 °²
S	-0.1556 Å °	0.0858 Å °	-0.0098 Å °	-0.102 Å °	0.0577 Å °	-0.0599 Å °	-0.0193 Å °	-0.194 Å °	0.0979 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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