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万見
- PDB-7kl3: The crystal structure of the 2009/H1N1/California PA endonuclease... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kl3
タイトルThe crystal structure of the 2009/H1N1/California PA endonuclease mutant E119D bound to RNA oligomer AG*CAUC (*uncleaveable bond, -UC disordered)
要素
  • Protein PA-X
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*A)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / NUCLEASE / INFLUENZA / INHIBITOR RESISTANCE / RNA oligomer / uncleaveable bond / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 5'-O-sulfocytidine / RNA / Protein PA-X / Protein PA-X / Protein PA-X
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Kumar, G. / White, S.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)AI098757 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)CA021765 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the substrate specificity of the endonuclease activity of the influenza virus cap-snatching mechanism.
著者: Kumar, G. / Cuypers, M. / Webby, R.R. / Webb, T.R. / White, S.W.
履歴
登録2020年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PA-X
B: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9647
ポリマ－25,0102
非ポリマー9555
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.202, 89.202, 134.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein PA-X


分子量: 23134.316 Da / 分子数: 1 / 変異: E119D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA-X, PA / Variant: H1N1/PAN09/CALIFORNIA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4P2TE19, UniProt: A0A646SQW7, UniProt: A0A5J6VBC3*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*A)-3')


分子量: 1875.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GC bond uncleavable / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 125分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 化合物 ChemComp-RQA / 5'-O-sulfocytidine / シチジン5′-硫酸


分子量: 323.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 18911 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 38.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1369 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.46 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vpt

5vpt


解像度: 1.99→40 Å / SU ML: 0.2521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.063
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: THE UNCLEAVABLE BASE *C BEARING THE SULFUR ATOM INSTEAD OF PHOSPHATE HAS A SLIGHTLY SHORTER S-O BOND LENGTH THAN NORMAL ON THE SIDE OF THE NEIGHBORING BASE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 1037 5.49 %
Rwork0.1776 17868 -
obs0.1793 18905 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1446 45 58 120 1669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01741607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45912181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0915234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4802598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.10.31311440.26652501X-RAY DIFFRACTION99.96
2.1-2.230.25961400.21932511X-RAY DIFFRACTION99.89
2.23-2.40.27491610.21362510X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.640.23661600.19122522X-RAY DIFFRACTION100
2.64-3.020.25561300.19822540X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.810.18741560.17182577X-RAY DIFFRACTION99.93
3.81-400.17511460.15292707X-RAY DIFFRACTION99.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.477888297133.32995997303-0.8028908609434.37688265991.968090691513.60410569205-0.375087594445-0.2270934399850.506817895762-0.615646304232.4761234875-0.326595202088-0.7696208056480.775169400915-2.627970457471.281891673390.05509416459140.007631152216321.238983914080.2350933344151.49926197664-234.257594534259.114170257284.688750012
26.22267352206-0.123828530048-0.4976466559447.451514886054.193548846899.37577703429-0.1555347181830.1578971565570.0701076896354-0.8202231874010.0932711441784-0.34646606499-0.6650286755190.8487730549320.09205191326430.4556750242510.02429881208860.02583163371290.5834504200690.1789978688490.347359649806-242.336492852257.254314908272.507197216
30.9051954788940.007268421633270.007359932019234.8399317091.707419252411.97533373468-0.288081758185-0.07650575116840.0918101294711-0.339122115080.08567881795580.11520018947-0.1508158104670.5684141586280.1857284847450.3628843882250.00384930682461-0.09042965456280.4975666931640.1629829251380.399355997277-246.026888503267.601938091285.43396984
42.50850649929-1.058537485770.5399773026325.970943256360.2043225280541.96494199913-0.218663021661-0.300420839469-0.0822547024090.4227371710450.133305918386-0.4781275428120.07297057510640.6283541705030.1217948201590.3332987352970.0492121875187-0.114343208150.6094855698430.1235151008870.351405911914-241.160852719266.325102952294.119393167
53.34494227488-0.2223720992180.6127641598515.154011755692.009715925733.77947624928-0.244886637798-0.3118824019040.05344572955770.6377703218720.234907566753-0.2986317496360.1798821527980.791708236285-0.004722150705340.364634543110.0895003042095-0.07460612882160.5623401895210.164111656670.357302778899-243.68533587258.468372146296.432340968
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 1 through 2 )BB - C1 - 2
22chain 'A' and (resid -2 through 31 )AA-2 - 311 - 34
33chain 'A' and (resid 32 through 96 )AA32 - 9635 - 80
44chain 'A' and (resid 97 through 130 )AA97 - 13081 - 114
55chain 'A' and (resid 131 through 174 )AA131 - 174115 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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