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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kiu | ||||||
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タイトル | Structure of recombinant human DNase1L3 in complex with Mg2+ | ||||||
要素 | Deoxyribonuclease gamma | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Nuclease / DNA hydrolase / Apoptosis / Lupus / Systemic Lupus Erythematosus / SLE / DNA clearance / Metal ion Nuclease / NET clearance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / regulation of acute inflammatory response / DNA nuclease activity / programmed cell death involved in cell development / apoptotic DNA fragmentation / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA catabolic process ...: / regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / regulation of acute inflammatory response / DNA nuclease activity / programmed cell death involved in cell development / apoptotic DNA fragmentation / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA catabolic process / DNA metabolic process / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / DNA binding / extracellular region / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | McCord, J.J. / Keyel, P.A. / Sutton, R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Structural features of Dnase1L3 responsible for serum antigen clearance. 著者: McCord, J.J. / Engavale, M. / Masoumzadeh, E. / Villarreal, J. / Mapp, B. / Latham, M.P. / Keyel, P.A. / Sutton, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kiu.cif.gz | 475.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kiu.ent.gz | 375.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kiu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kiu_validation.pdf.gz | 466 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kiu_full_validation.pdf.gz | 480.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7kiu_validation.xml.gz | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kiu_validation.cif.gz | 54 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kiu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1dnkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32772.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNASE1L3, DHP2, DNAS1L3 / プラスミド: p202 詳細 (発現宿主): TEV cleavable MBP-His tagged fusion protein 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami 2(DE3) 参照: UniProt: Q13609, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 19% PEG 8000, 250 mM Magnesium Chloride, 100 mM Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.12709 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: 1.12709 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12709 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.21→32.07 Å / Num. obs: 50424 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 44.98 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.391 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2368 / CC1/2: 0.491 / Rrim(I) all: 1.609 / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DNK 解像度: 2.22→32.06 Å / SU ML: 0.4141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 30.7442 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→32.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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