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- PDB-7kiu: Structure of recombinant human DNase1L3 in complex with Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kiu
タイトルStructure of recombinant human DNase1L3 in complex with Mg2+
要素Deoxyribonuclease gamma
キーワードHYDROLASE / Nuclease / DNA hydrolase / Apoptosis / Lupus / Systemic Lupus Erythematosus / SLE / DNA clearance / Metal ion Nuclease / NET clearance
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / regulation of acute inflammatory response / DNA nuclease activity / programmed cell death involved in cell development / apoptotic DNA fragmentation / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / calcium ion binding ...regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / regulation of acute inflammatory response / DNA nuclease activity / programmed cell death involved in cell development / apoptotic DNA fragmentation / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / DNA binding / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyribonuclease gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者McCord, J.J. / Keyel, P.A. / Sutton, R.B.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural features of Dnase1L3 responsible for serum antigen clearance.
著者: McCord, J.J. / Engavale, M. / Masoumzadeh, E. / Villarreal, J. / Mapp, B. / Latham, M.P. / Keyel, P.A. / Sutton, R.B.
履歴
登録2020年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribonuclease gamma
B: Deoxyribonuclease gamma
C: Deoxyribonuclease gamma
D: Deoxyribonuclease gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,38116
ポリマ－131,0904
非ポリマー29212
水3,135174
1
A: Deoxyribonuclease gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8454
ポリマ－32,7721
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Deoxyribonuclease gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8454
ポリマ－32,7721
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Deoxyribonuclease gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8454
ポリマ－32,7721
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Deoxyribonuclease gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8454
ポリマ－32,7721
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.313, 72.671, 73.169
Angle α, β, γ (deg.)85.394, 80.558, 88.392
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Deoxyribonuclease gamma / DNase gamma / DNase I homolog protein DHP2 / Liver and spleen DNase / LSD / Deoxyribonuclease I- ...DNase gamma / DNase I homolog protein DHP2 / Liver and spleen DNase / LSD / Deoxyribonuclease I-like 3 / DNase I-like 3 / DNase1L3


分子量: 32772.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNASE1L3, DHP2, DNAS1L3 / プラスミド: p202
詳細 (発現宿主): TEV cleavable MBP-His tagged fusion protein
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami 2(DE3)
参照: UniProt: Q13609, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 19% PEG 8000, 250 mM Magnesium Chloride, 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月15日
放射モノクロメーター: 1.12709 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→32.07 Å / Num. obs: 50424 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 44.98 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.391 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2368 / CC1/2: 0.491 / Rrim(I) all: 1.609 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DNK

1dnk


解像度: 2.22→32.06 Å / SU ML: 0.4141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 30.7442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 2221 4.51 %1
Rwork0.1906 47000 --
obs0.1925 49117 93.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→32.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8700 0 12 174 8886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01528933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.738512070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12271308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.00883376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.260.49381180.48052556X-RAY DIFFRACTION81.62
2.26-2.320.51721210.49252361X-RAY DIFFRACTION76
2.32-2.370.37281380.33912766X-RAY DIFFRACTION87.1
2.37-2.440.3541310.31542632X-RAY DIFFRACTION84.52
2.44-2.510.32711330.28922858X-RAY DIFFRACTION90.75
2.51-2.590.30591510.26813078X-RAY DIFFRACTION97.38
2.59-2.680.3081370.24733058X-RAY DIFFRACTION97.56
2.68-2.790.2541400.24273040X-RAY DIFFRACTION97.64
2.79-2.920.32111390.22793086X-RAY DIFFRACTION97.34
2.92-3.070.25851480.2083069X-RAY DIFFRACTION97.72
3.07-3.260.25671480.1883062X-RAY DIFFRACTION97.93
3.27-3.520.21931450.17613061X-RAY DIFFRACTION98.19
3.52-3.870.17921440.16143086X-RAY DIFFRACTION98.21
3.87-4.430.19771390.14783102X-RAY DIFFRACTION98.6
4.43-5.570.17951490.14253095X-RAY DIFFRACTION98.18
5.58-32.060.19411400.16813090X-RAY DIFFRACTION98.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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