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- PDB-7kis: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP2 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kis
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP2 in complex with WCK 5153
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
キーワードHYDROLASE/Inhibitor/Antibiotic / Inhibitor / cell wall / antibiotic resistance / HYDROLASE / HYDROLASE-Inhibitor-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2 / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C9D / Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.869 Å
データ登録者Rajavel, M. / van den Akker, F.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: Structural Characterization of Diazabicyclooctane beta-Lactam "Enhancers" in Complex with Penicillin-Binding Proteins PBP2 and PBP3 of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Rajavel, M. / Kumar, V. / Nguyen, H. / Wyatt, J. / Marshall, S.H. / Papp-Wallace, K.M. / Deshpande, P. / Bhavsar, S. / Yeole, R. / Bhagwat, S. / Patel, M. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F.
履歴
登録2020年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
B: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4155
ポリマ－144,6212
非ポリマー7943
水36020
1
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7253
ポリマ－72,3101
非ポリマー4152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6902
ポリマ－72,3101
非ポリマー3791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.018, 75.924, 97.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 63 through 84 or resid 164...
21(chain B and (resid 63 through 84 or resid 164 through 182 or resid 189 through 621 or resid 1))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 63 through 84 or resid 164...A63 - 84
121(chain A and (resid 63 through 84 or resid 164...A164 - 182
131(chain A and (resid 63 through 84 or resid 164...A189 - 219
141(chain A and (resid 63 through 84 or resid 164...A240 - 544
151(chain A and (resid 63 through 84 or resid 164...A562 - 621
161(chain A and (resid 63 through 84 or resid 164...A1
211(chain B and (resid 63 through 84 or resid 164 through 182 or resid 189 through 621 or resid 1))B63 - 84
221(chain B and (resid 63 through 84 or resid 164 through 182 or resid 189 through 621 or resid 1))B164 - 182
231(chain B and (resid 63 through 84 or resid 164 through 182 or resid 189 through 621 or resid 1))B189 - 621
241(chain B and (resid 63 through 84 or resid 164 through 182 or resid 189 through 621 or resid 1))B1

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2


分子量: 72310.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pbpA, mrdA, penA, spoVD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X6V3, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-C9D / (2S,5R)-1-formyl-N'-[(3R)-pyrrolidine-3-carbonyl]-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carbohydrazide / open form - WCK 5153


分子量: 379.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N5O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M ammonium acetate, and 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 0.979331 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.869→29.67 Å / Num. obs: 23998 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.869→3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Num. unique obs: 3298 / CC1/2: 0.765 / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G9F

6g9f


解像度: 2.869→29.668 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3165 1184 4.94 %
Rwork0.258 22786 -
obs0.2609 23970 90.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.73 Å2 / Biso mean: 42.8285 Å2 / Biso min: 14.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.869→29.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7012 0 51 20 7083
Biso mean--44.57 30.91 -
残基数----898
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2666X-RAY DIFFRACTION7.835TORSIONAL
12B2666X-RAY DIFFRACTION7.835TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8693-2.99970.38371550.3438257884
2.9997-3.15770.38611400.3274297994
3.1577-3.35530.35171360.2932292894
3.3553-3.6140.32921430.2629290892
3.614-3.97690.30821530.2352285392
3.9769-4.55060.27191490.2172289692
4.5506-5.72650.28771650.2224282390
5.7265-29.6680.31331430.2626282187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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