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- PDB-7khn: NicA2 variant N462Y/W427Y in complex with (S)-nicotine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7khn
タイトルNicA2 variant N462Y/W427Y in complex with (S)-nicotine
要素Amine oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / flavoenzyme / oxidoreductase / nicotine / Rossmann-core fold
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotine dehydrogenase / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / periplasmic space / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin amine oxidase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / Nicotine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Tararina, M.A. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Fast Kinetics Reveals Rate-Limiting Oxidation and the Role of the Aromatic Cage in the Mechanism of the Nicotine-Degrading Enzyme NicA2.
著者: Tararina, M.A. / Dam, K.K. / Dhingra, M. / Janda, K.D. / Palfey, B.A. / Allen, K.N.
履歴
登録2020年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8014
ポリマ－53,6911
非ポリマー1,1103
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.486, 81.486, 166.304
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-679-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Amine oxidase


分子量: 53691.426 Da / 分子数: 1 / 変異: N462Y, W427Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain S16) (バクテリア)
株: S16 / 遺伝子: PPS_4081 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F8G0P2
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NCT / (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / (S)-(-)-NICOTINE / 3-[(2S)-1-METHYL-2-PYRROLIDINYL] PYRIDINE / 3-[(1R)-1β-メチルピロリジン-2α-イル]ピリジン


分子量: 162.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.3 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.0 M potassium phosphate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→81.49 Å / Num. obs: 24936 / % possible obs: 98.03 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.04664 / Rrim(I) all: 0.1185 / Net I/σ(I): 15.88
反射 シェル解像度: 2.31→2.393 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 2235 / CC1/2: 0.44 / CC star: 0.783 / Rpim(I) all: 0.6767 / % possible all: 90.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.14_3260_000位相決定
PHENIX1.14_3260_000モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TTK

5ttk


解像度: 2.31→81.49 Å / SU ML: 0.3407 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3509 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 1998 8.03 %
Rwork0.1972 22888 -
obs0.201 24886 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→81.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3407 0 77 86 3570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76764837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0786525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.35082046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.370.38971270.3261450X-RAY DIFFRACTION89.76
2.37-2.430.3231310.30221496X-RAY DIFFRACTION91.2
2.43-2.50.39941390.26181588X-RAY DIFFRACTION97.35
2.5-2.580.28971410.25721620X-RAY DIFFRACTION99.77
2.58-2.680.31081440.24631642X-RAY DIFFRACTION99.67
2.68-2.780.34021410.2341619X-RAY DIFFRACTION99.66
2.78-2.910.26971450.23931663X-RAY DIFFRACTION99.5
2.91-3.060.29941410.22341628X-RAY DIFFRACTION99.83
3.06-3.260.27791450.22271667X-RAY DIFFRACTION99.67
3.26-3.510.24521440.19781647X-RAY DIFFRACTION99.56
3.51-3.860.2061460.19071680X-RAY DIFFRACTION99.67
3.86-4.420.21211470.15281671X-RAY DIFFRACTION99.29
4.42-5.570.1871490.15271704X-RAY DIFFRACTION99.2
5.57-81.490.21661580.18211813X-RAY DIFFRACTION98.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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