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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kh3
タイトルCrystal structure of the MarR family transcriptional regulator from Variovorax paradoxus bound to Indole 3 propionic acid
要素Transcriptional regulator, MarR family
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional Regulator / Ligand Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INDOLYLPROPIONIC ACID / Transcriptional regulator, MarR family
類似検索 - 構成要素
生物種Variovorax paradoxus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Walton, W.G. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS-1917270 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Diverse MarR bacterial regulators of auxin catabolism in the plant microbiome.
著者: Conway, J.M. / Walton, W.G. / Salas-Gonzalez, I. / Law, T.F. / Lindberg, C.A. / Crook, L.E. / Kosina, S.M. / Fitzpatrick, C.R. / Lietzan, A.D. / Northen, T.R. / Jones, C.D. / Finkel, O.M. / ...著者: Conway, J.M. / Walton, W.G. / Salas-Gonzalez, I. / Law, T.F. / Lindberg, C.A. / Crook, L.E. / Kosina, S.M. / Fitzpatrick, C.R. / Lietzan, A.D. / Northen, T.R. / Jones, C.D. / Finkel, O.M. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L.
履歴
登録2020年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5436
ポリマ－20,9701
非ポリマー5735
水2,288127
1
A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,08612
ポリマ－41,9392
非ポリマー1,14710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.053, 114.240, 115.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

21A-337-

HOH

31A-370-

HOH

41A-403-

HOH

51A-407-

HOH

61A-423-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, MarR family


分子量: 20969.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア)
遺伝子: Vapar_1489 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5CSP2
#2: 化合物 ChemComp-IOP / INDOLYLPROPIONIC ACID / 1H-インド-ル-3-プロピオン酸


分子量: 189.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11NO2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES: NaOH, pH 7.5, 25 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→45.56 Å / Num. obs: 28524 / % possible obs: 97.34 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.15
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / Num. unique obs: 2750 / CC1/2: 0.876

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KFO

7kfo


解像度: 1.5→45.56 Å / SU ML: 0.1524 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4978
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 2003 7.02 %
Rwork0.1753 26521 -
obs0.1769 28524 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1135 0 34 127 1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00761384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93211892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.2597203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.26571370.23891806X-RAY DIFFRACTION93.96
1.54-1.580.26451390.22131849X-RAY DIFFRACTION96.27
1.58-1.630.26371430.22561872X-RAY DIFFRACTION96.55
1.63-1.680.23041390.21361848X-RAY DIFFRACTION96.27
1.68-1.740.23931400.21241857X-RAY DIFFRACTION96.71
1.74-1.810.22891410.19011867X-RAY DIFFRACTION96.91
1.81-1.890.23891430.19881881X-RAY DIFFRACTION97.21
1.89-1.990.18891410.18571899X-RAY DIFFRACTION97.7
1.99-2.110.21011420.17851895X-RAY DIFFRACTION97.56
2.11-2.280.21741480.17241897X-RAY DIFFRACTION98.22
2.28-2.510.1991410.17261916X-RAY DIFFRACTION98.47
2.51-2.870.21011480.18181934X-RAY DIFFRACTION98.72
2.87-3.610.18291490.16151954X-RAY DIFFRACTION98.87
3.62-45.560.16631520.15892046X-RAY DIFFRACTION99.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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