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- PDB-7kdm: Ricin bound to VHH antibody V5G6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kdm
タイトルRicin bound to VHH antibody V5G6
要素
  • Anti-RON nanobody
  • Ricin chain A
  • Ricin chain B
キーワードTOXIN / Ribosome inactivating protein / VHH antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil ...Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400021C 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2021
タイトル: Structural Analysis of Toxin-Neutralizing, Single-Domain Antibodies that Bridge Ricin's A-B Subunit Interface.
著者: Rudolph, M.J. / Poon, A.Y. / Kavaliauskiene, S. / Myrann, A.G. / Reynolds-Peterson, C. / Davis, S.A. / Sandvig, K. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin chain A
B: Ricin chain B
C: Anti-RON nanobody
D: Ricin chain A
E: Ricin chain B
F: Anti-RON nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,06924
ポリマ-145,6176
非ポリマー3,45218
10,917606
1
A: Ricin chain A
B: Ricin chain B
C: Anti-RON nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,48411
ポリマ-72,8093
非ポリマー1,6758
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
2
D: Ricin chain A
E: Ricin chain B
F: Anti-RON nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,58513
ポリマ-72,8093
非ポリマー1,77610
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7790 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area25090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.345, 77.438, 101.577
Angle α, β, γ (deg.)89.970, 90.180, 89.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))
21(chain D and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))
12(chain B and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))
22(chain E and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))
13(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22 through 25 or resid 30 through 120))
23(chain F and (resid 3 through 9 or resid 11 through 20 or resid 22 through 120))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNILEILE(chain A and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))AA5 - 2055 - 205
121LEULEUPROPRO(chain A and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))AA207 - 261207 - 261
211GLNGLNILEILE(chain D and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))DD5 - 2055 - 205
221LEULEUPROPRO(chain D and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))DD207 - 261207 - 261
112VALVALLEULEU(chain B and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))BB3 - 193 - 19
122VALVALPHEPHE(chain B and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))BB21 - 26221 - 262
212VALVALLEULEU(chain E and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))EE3 - 193 - 19
222VALVALPHEPHE(chain E and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))EE21 - 26221 - 262
113GLNGLNLEULEU(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22 through 25 or resid 30 through 120))CC3 - 203 - 20
123CYSCYSSERSER(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22 through 25 or resid 30 through 120))CC22 - 2522 - 25
133SERSERVALVAL(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22 through 25 or resid 30 through 120))CC30 - 12030 - 120
213GLNGLNGLYGLY(chain F and (resid 3 through 9 or resid 11 through 20 or resid 22 through 120))FF3 - 93 - 9
223LEULEULEULEU(chain F and (resid 3 through 9 or resid 11 through 20 or resid 22 through 120))FF11 - 2011 - 20
233CYSCYSVALVAL(chain F and (resid 3 through 9 or resid 11 through 20 or resid 22 through 120))FF22 - 12022 - 120

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Ricin chain A


分子量: 29936.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Glycosidase / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ)
#2: タンパク質 Ricin chain B


分子量: 28989.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lectin / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase

-
抗体 , 1種, 2分子 CF

#3: 抗体 Anti-RON nanobody


分子量: 13882.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VHH antibody / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
, 3種, 6分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 618分子

#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 4 M Sodium Formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 57480 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.886 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 112499
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.341.90.31127880.820.3110.440.92592.6
2.34-2.381.90.27427410.8660.2740.3870.90293.6
2.38-2.431.90.2828470.8690.280.3960.85794.4
2.43-2.481.90.26528800.8710.2650.3740.89694.7
2.48-2.5320.24627820.90.2460.3480.89394.5
2.53-2.5920.22128980.9120.2210.3130.90695.3
2.59-2.6620.2128190.9150.210.2970.89995.1
2.66-2.7320.18428740.9370.1840.260.88395.5
2.73-2.8120.16928760.9420.1690.2390.91595.8
2.81-2.920.1528400.9540.150.2120.90196
2.9-320.12829220.9680.1280.1810.86796.4
3-3.1220.10428950.9780.1040.1470.93396.5
3.12-3.2620.07728580.9830.0770.1080.87796.7
3.26-3.4420.05929270.9880.0590.0840.84697
3.44-3.6520.04829390.9910.0480.0670.89497.4
3.65-3.9320.0428980.9950.040.0560.87497.7
3.93-4.3320.03429450.9960.0340.0480.80998
4.33-4.9520.03129610.9960.0310.0440.81198.2
4.95-6.2420.03529390.9960.0350.0490.86798.7
6.24-501.90.02728510.9970.0270.0390.97895.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AAI, 3EZJ
解像度: 2.301→19.653 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 2742 4.77 %
Rwork0.187 54721 -
obs0.1894 57463 95.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.07 Å2 / Biso mean: 40.9173 Å2 / Biso min: 12.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.301→19.653 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9737 0 194 606 10537
Biso mean--58.05 38.13 -
残基数----1252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86413849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3477093
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A2440X-RAY DIFFRACTION8.294TORSIONAL
12D2440X-RAY DIFFRACTION8.294TORSIONAL
21B2432X-RAY DIFFRACTION8.294TORSIONAL
22E2432X-RAY DIFFRACTION8.294TORSIONAL
31C906X-RAY DIFFRACTION8.294TORSIONAL
32F906X-RAY DIFFRACTION8.294TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.301-2.34050.30081260.2316255790
2.3405-2.3830.30641110.2301264493
2.383-2.42870.28221090.2321273094
2.4287-2.47820.26541330.219275595
2.4782-2.5320.25771520.2175263294
2.532-2.59080.30351670.2093271695
2.5908-2.65540.30121440.218270095
2.6554-2.7270.27141650.2206267695
2.727-2.80710.28271350.205275996
2.8071-2.89740.26991700.2158269896
2.8974-3.00060.34481470.2193274596
3.0006-3.12030.29631390.2122274396
3.1203-3.26170.23811180.1896276797
3.2617-3.43280.23781440.178277397
3.4328-3.64660.18721320.1647280898
3.6466-3.92610.2019920.1617279397
3.9261-4.31740.20661240.1537281098
4.3174-4.93350.18251300.1523283098
4.9335-6.18340.23951490.1772280899
6.1834-19.6530.18471550.1847277798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49981.50450.61447.23950.97542.3908-0.01120.0796-0.028-0.16510.03-0.5096-0.15190.3116-0.00870.1148-0.01130.01880.2289-0.00430.1836-40.01216.1019-73.3568
24.60510.92091.82915.1824-2.69483.317-0.03360.2378-0.0077-0.17120.02680.20410.05090.071-0.00890.1929-0.00510.00750.1708-0.02070.1136-51.78983.0828-81.0193
36.35260.7954-0.68473.3105-2.98434.9288-0.06550.6470.2724-0.40950.12240.3365-0.3239-0.0527-0.01870.38340.0126-0.09470.22470.00840.2058-55.996110.6338-85.8396
45.7017-1.7296-1.37635.83943.46058.44440.0269-0.0436-0.0658-0.3385-0.13170.60670.0117-0.52410.06680.1575-0.0744-0.01110.13340.02230.2343-60.8383-3.5543-73.5084
52.71071.51871.93192.39361.37663.4087-0.021-0.34420.0970.1654-0.11670.16490.0108-0.13020.13050.18320.01840.02930.1607-0.00990.1547-49.19725.46-60.1585
62.38930.5232-0.56383.85881.00641.5578-0.0095-0.06150.1794-0.1493-0.21750.4615-0.2169-0.33470.15740.23050.0161-0.03270.211-0.07130.2046-39.317420.7501-40.1214
74.51690.5962-0.66536.8892-0.80843.61960.0308-0.65290.56781.0583-0.32670.61910.0533-0.34690.27210.35720.01020.05540.3171-0.13090.2584-39.660223.1994-29.667
84.38130.99751.94185.00250.8433.3842-0.2269-0.16320.45290.2625-0.0133-0.0329-0.5232-0.14730.23910.28190.0034-0.02170.1827-0.06180.204-31.615929.5677-38.2536
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101.35661.66940.90774.79282.11051.35390.1812-0.2488-0.11320.5529-0.0997-0.11010.1379-0.0691-0.06980.27340.017-0.03090.20530.01560.1425-32.386311.8069-39.387
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139.9539-1.3732-4.55666.18455.29916.01140.101-0.00250.05560.49430.487-1.20070.17770.5458-0.56350.42020.0267-0.11850.3030.06490.4373-23.0161-4.5501-44.4382
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274.79270.03533.36052.4294-0.43045.13080.1080.1912-0.225-0.13980.0653-0.11220.3685-0.0846-0.17050.2062-0.01190.03290.13410.00420.1466-44.645-41.15963.8426
283.1876-2.21792.39055.2886-3.47057.53440.02850.4388-0.3335-0.2845-0.01240.0460.43060.16890.05040.20330.06120.03770.2841-0.00780.2099-41.8174-40.4708-3.1025
295.982-1.75760.16355.05010.12815.3082-0.03980.51170.2806-0.3171-0.2453-0.31-0.46610.38030.29370.2516-0.0512-0.01710.2220.08940.2274-48.1308-25.7139-10.4158
303.24871.7958-0.00156.63576.43177.31440.11080.2886-0.0015-0.1172-0.27710.0836-0.1067-0.54190.10410.33830.0141-0.07430.24020.00540.1416-54.3894-23.5016-0.7591
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324.3651-0.9311-0.18695.99390.21393.44680.09340.60190.4275-1.0021-0.491-0.73630.12350.35180.36420.42310.01530.04420.34250.15180.2737-56.1893-15.5736-33.478
332.9912-0.3860.67355.0139-1.26383.3275-0.02140.13510.2724-0.1908-0.06030.1904-0.27530.0670.06940.2098-0.0142-0.02790.15990.02990.1598-66.1139-13.2205-23.5103
340.1782-0.99820.42725.7316-2.43871.03430.11210.1614-0.0373-0.263-0.2117-0.0628-0.04670.18010.10150.2881-0.0147-0.02150.2031-0.01890.1206-61.3981-28.7762-20.9845
352.0033-1.29032.1335.713-2.5326.30220.21630.3849-0.202-0.919-0.3363-0.14380.70930.30510.11020.27610.01570.01840.2517-0.04550.1944-58.1094-45.7052-20.2722
360.4732-1.0270.55525.5839-0.4125.60160.1112-0.0924-0.2758-0.37320.05720.82570.3358-0.7486-0.13030.2206-0.0798-0.04340.3083-0.0230.2964-69.2503-39.2149-17.554
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417.13823.4144-1.01889.64761.53511.3028-0.306-0.2864-0.14650.215-0.65760.69330.4558-0.2840.95560.46680.0140.14640.4338-0.02970.675-77.871-57.2680.6315
429.85082.9383-0.08787.43491.69684.2797-0.61260.0807-2.0922-0.3819-0.43721.27730.3901-0.2831.02480.6687-0.11430.19890.586-0.0591.2307-79.0238-65.0429-3.2767
438.51846.9876-2.88089.5031-1.7773.6526-0.3659-0.4362-1.16670.0156-0.19860.09450.49760.16340.53370.6210.101-0.01710.3931-0.08380.7773-65.5387-65.6346-4.2841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 56 )A5 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 97 )A57 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 98 through 122 )A98 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 123 through 160 )A123 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 161 through 261 )A161 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 26 )B3 - 26
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 27 through 47 )B27 - 47
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 48 through 84 )B48 - 84
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 85 through 103 )B85 - 103
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 104 through 145 )B104 - 145
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 146 through 162 )B146 - 162
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 163 through 188 )B163 - 188
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 189 through 201 )B189 - 201
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 202 through 223 )B202 - 223
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 224 through 262 )B224 - 262
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 3 through 24 )C3 - 24
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 25 through 38 )C25 - 38
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 44 through 77 )C44 - 77
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 78 through 108 )C78 - 108
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 109 through 120 )C109 - 120
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 5 through 32 )D5 - 32
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 33 through 75 )D33 - 75
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 76 through 97 )D76 - 97
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 98 through 122 )D98 - 122
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 123 through 140 )D123 - 140
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 141 through 160 )D141 - 160
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 161 through 194 )D161 - 194
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 195 through 210 )D195 - 210
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 211 through 247 )D211 - 247
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 248 through 262 )D248 - 262
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 2 through 26 )E2 - 26
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 27 through 47 )E27 - 47
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 48 through 118 )E48 - 118
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 119 through 145 )E119 - 145
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 146 through 192 )E146 - 192
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 193 through 223 )E193 - 223
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 224 through 262 )E224 - 262
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 3 through 24 )F3 - 24
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 25 through 38 )F25 - 38
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 44 through 60 )F44 - 60
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 61 through 77 )F61 - 77
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 78 through 100 )F78 - 100
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 101 through 120 )F101 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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