PDB-7kdm: Ricin bound to VHH antibody V5G6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kdm

タイトル

Ricin bound to VHH antibody V5G6

要素

Anti-RON nanobody
Ricin chain A
Ricin chain B

キーワード

TOXIN / Ribosome inactivating protein / VHH antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Lama glama (ラマ)

Ricinus communis (トウゴマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Rudolph, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Analysis of Toxin-Neutralizing, Single-Domain Antibodies that Bridge Ricin's A-B Subunit Interface.
著者: Rudolph, M.J. / Poon, A.Y. / Kavaliauskiene, S. / Myrann, A.G. / Reynolds-Peterson, C. / Davis, S.A. / Sandvig, K. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2020年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kdm.cif.gz	521.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kdm.ent.gz	429.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kdm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kdm_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kdm_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7kdm_validation.xml.gz	52.3 KB	表示
CIF形式データ	7kdm_validation.cif.gz	75 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kdm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kbiC 7kbkC 7kc9C 7kd0C 7kd2C 7kduC 2aaiS 3ezjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kc9-1 7kdm-2 7kc9-2 7kd2-d 7kd0-d 7kdu-d 6kxu-2 4gux-d 6ozb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin chain A

B: Ricin chain B

C: Anti-RON nanobody

D: Ricin chain A

E: Ricin chain B

F: Anti-RON nanobody

ヘテロ分子

149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ricin chain A

B: Ricin chain B

C: Anti-RON nanobody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Ricin chain A

E: Ricin chain B

F: Anti-RON nanobody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.345, 77.438, 101.577
Angle α, β, γ (deg.)	89.970, 90.180, 89.980
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))
2	1	(chain D and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))
1	2	(chain B and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))
2	2	(chain E and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))
1	3	(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22 through 25 or resid 30 through 120))
2	3	(chain F and (resid 3 through 9 or resid 11 through 20 or resid 22 through 120))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain A and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))	A	A	5 - 205	5 - 205
1	2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain A and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))	A	A	207 - 261	207 - 261
2	1	1	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain D and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))	D	D	5 - 205	5 - 205
2	2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain D and (resid 5 through 205 or resid 207 through 261))	D	D	207 - 261	207 - 261
1	1	2	VAL	VAL	LEU	LEU	(chain B and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))	B	B	3 - 19	3 - 19
1	2	2	VAL	VAL	PHE	PHE	(chain B and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))	B	B	21 - 262	21 - 262
2	1	2	VAL	VAL	LEU	LEU	(chain E and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))	E	E	3 - 19	3 - 19
2	2	2	VAL	VAL	PHE	PHE	(chain E and (resid 3 through 19 or resid 21 through 262))	E	E	21 - 262	21 - 262
1	1	3	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22 through 25 or resid 30 through 120))	C	C	3 - 20	3 - 20
1	2	3	CYS	CYS	SER	SER	(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22 through 25 or resid 30 through 120))	C	C	22 - 25	22 - 25
1	3	3	SER	SER	VAL	VAL	(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22 through 25 or resid 30 through 120))	C	C	30 - 120	30 - 120
2	1	3	GLN	GLN	GLY	GLY	(chain F and (resid 3 through 9 or resid 11 through 20 or resid 22 through 120))	F	F	3 - 9	3 - 9
2	2	3	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain F and (resid 3 through 9 or resid 11 through 20 or resid 22 through 120))	F	F	11 - 20	11 - 20
2	3	3	CYS	CYS	VAL	VAL	(chain F and (resid 3 through 9 or resid 11 through 20 or resid 22 through 120))	F	F	22 - 120	22 - 120

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質	Ricin chain A 分子量: 29936.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Glycosidase / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ)
#2: タンパク質	Ricin chain B 分子量: 28989.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lectin / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase

-
抗体 , 1種, 2分子 CF

#3: 抗体	Anti-RON nanobody 分子量: 13882.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VHH antibody / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 3種, 6分子

#4: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 618分子

#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 4 M Sodium Formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 57480 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.886 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 112499

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	1.9	0.311	2788	0.82	0.311	0.44	0.925	92.6
2.34-2.38	1.9	0.274	2741	0.866	0.274	0.387	0.902	93.6
2.38-2.43	1.9	0.28	2847	0.869	0.28	0.396	0.857	94.4
2.43-2.48	1.9	0.265	2880	0.871	0.265	0.374	0.896	94.7
2.48-2.53	2	0.246	2782	0.9	0.246	0.348	0.893	94.5
2.53-2.59	2	0.221	2898	0.912	0.221	0.313	0.906	95.3
2.59-2.66	2	0.21	2819	0.915	0.21	0.297	0.899	95.1
2.66-2.73	2	0.184	2874	0.937	0.184	0.26	0.883	95.5
2.73-2.81	2	0.169	2876	0.942	0.169	0.239	0.915	95.8
2.81-2.9	2	0.15	2840	0.954	0.15	0.212	0.901	96
2.9-3	2	0.128	2922	0.968	0.128	0.181	0.867	96.4
3-3.12	2	0.104	2895	0.978	0.104	0.147	0.933	96.5
3.12-3.26	2	0.077	2858	0.983	0.077	0.108	0.877	96.7
3.26-3.44	2	0.059	2927	0.988	0.059	0.084	0.846	97
3.44-3.65	2	0.048	2939	0.991	0.048	0.067	0.894	97.4
3.65-3.93	2	0.04	2898	0.995	0.04	0.056	0.874	97.7
3.93-4.33	2	0.034	2945	0.996	0.034	0.048	0.809	98
4.33-4.95	2	0.031	2961	0.996	0.031	0.044	0.811	98.2
4.95-6.24	2	0.035	2939	0.996	0.035	0.049	0.867	98.7
6.24-50	1.9	0.027	2851	0.997	0.027	0.039	0.978	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AAI, 3EZJ

2aai

3ezj

解像度: 2.301→19.653 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2377	2742	4.77 %
R_work	0.187	54721	-
obs	0.1894	57463	95.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.07 Å² / B_iso mean: 40.9173 Å² / B_iso min: 12.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.301→19.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9737	0	194	606	10537
B_iso mean	-	-	58.05	38.13	-
残基数	-	-	-	-	1252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10165
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864	13849
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1777
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.347	7093

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2440	X-RAY DIFFRACTION	8.294	TORSIONAL
1	2	D	2440	X-RAY DIFFRACTION	8.294	TORSIONAL
2	1	B	2432	X-RAY DIFFRACTION	8.294	TORSIONAL
2	2	E	2432	X-RAY DIFFRACTION	8.294	TORSIONAL
3	1	C	906	X-RAY DIFFRACTION	8.294	TORSIONAL
3	2	F	906	X-RAY DIFFRACTION	8.294	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.301-2.3405	0.3008	126	0.2316	2557	90
2.3405-2.383	0.3064	111	0.2301	2644	93
2.383-2.4287	0.2822	109	0.2321	2730	94
2.4287-2.4782	0.2654	133	0.219	2755	95
2.4782-2.532	0.2577	152	0.2175	2632	94
2.532-2.5908	0.3035	167	0.2093	2716	95
2.5908-2.6554	0.3012	144	0.218	2700	95
2.6554-2.727	0.2714	165	0.2206	2676	95
2.727-2.8071	0.2827	135	0.205	2759	96
2.8071-2.8974	0.2699	170	0.2158	2698	96
2.8974-3.0006	0.3448	147	0.2193	2745	96
3.0006-3.1203	0.2963	139	0.2122	2743	96
3.1203-3.2617	0.2381	118	0.1896	2767	97
3.2617-3.4328	0.2378	144	0.178	2773	97
3.4328-3.6466	0.1872	132	0.1647	2808	98
3.6466-3.9261	0.2019	92	0.1617	2793	97
3.9261-4.3174	0.2066	124	0.1537	2810	98
4.3174-4.9335	0.1825	130	0.1523	2830	98
4.9335-6.1834	0.2395	149	0.1772	2808	99
6.1834-19.653	0.1847	155	0.1847	2777	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4998	1.5045	0.6144	7.2395	0.9754	2.3908	-0.0112	0.0796	-0.028	-0.1651	0.03	-0.5096	-0.1519	0.3116	-0.0087	0.1148	-0.0113	0.0188	0.2289	-0.0043	0.1836	-40.0121	6.1019	-73.3568
2	4.6051	0.9209	1.8291	5.1824	-2.6948	3.317	-0.0336	0.2378	-0.0077	-0.1712	0.0268	0.2041	0.0509	0.071	-0.0089	0.1929	-0.0051	0.0075	0.1708	-0.0207	0.1136	-51.7898	3.0828	-81.0193
3	6.3526	0.7954	-0.6847	3.3105	-2.9843	4.9288	-0.0655	0.647	0.2724	-0.4095	0.1224	0.3365	-0.3239	-0.0527	-0.0187	0.3834	0.0126	-0.0947	0.2247	0.0084	0.2058	-55.9961	10.6338	-85.8396
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10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 104 through 145 )	B	104 - 145
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 146 through 162 )	B	146 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 163 through 188 )	B	163 - 188
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 189 through 201 )	B	189 - 201
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 202 through 223 )	B	202 - 223
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 224 through 262 )	B	224 - 262
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 3 through 24 )	C	3 - 24
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 25 through 38 )	C	25 - 38
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 44 through 77 )	C	44 - 77
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 78 through 108 )	C	78 - 108
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 109 through 120 )	C	109 - 120
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 5 through 32 )	D	5 - 32
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 33 through 75 )	D	33 - 75
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 76 through 97 )	D	76 - 97
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 98 through 122 )	D	98 - 122
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 123 through 140 )	D	123 - 140
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 141 through 160 )	D	141 - 160
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 161 through 194 )	D	161 - 194
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 195 through 210 )	D	195 - 210
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 211 through 247 )	D	211 - 247
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 248 through 262 )	D	248 - 262
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 2 through 26 )	E	2 - 26
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 27 through 47 )	E	27 - 47
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 48 through 118 )	E	48 - 118
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 119 through 145 )	E	119 - 145
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 146 through 192 )	E	146 - 192
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 193 through 223 )	E	193 - 223
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 224 through 262 )	E	224 - 262
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 3 through 24 )	F	3 - 24
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 25 through 38 )	F	25 - 38
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 44 through 60 )	F	44 - 60
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 61 through 77 )	F	61 - 77
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 78 through 100 )	F	78 - 100
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 101 through 120 )	F	101 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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