PDB-7kbi: Ricin bound to VHH antibody V5E1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kbi

タイトル

Ricin bound to VHH antibody V5E1

要素

Ricin chain A
Ricin chain B
VHH antibody V5E1

キーワード

TOXIN / ribosome inactivating protein / VHH antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Vicugna pacos (アルパカ)

Ricinus communis (トウゴマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.049 Å

データ登録者

Rudolph, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Analysis of Toxin-Neutralizing, Single-Domain Antibodies that Bridge Ricin's A-B Subunit Interface.
著者: Rudolph, M.J. / Poon, A.Y. / Kavaliauskiene, S. / Myrann, A.G. / Reynolds-Peterson, C. / Davis, S.A. / Sandvig, K. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2020年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kbi.cif.gz	271.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kbi.ent.gz	218.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kbi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kbi_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kbi_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7kbi_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	7kbi_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kbkC 7kc9C 7kd0C 7kd2C 7kdmC 7kduC 2aa1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kbk-d 5jke-1 1fyh-2 5jke-2 1fyh-1 3gl9-d 5jkd-d 6kxk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin chain A

B: Ricin chain B

C: VHH antibody V5E1

ヘテロ分子

75 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.418, 161.418, 67.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ricin chain A 分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Catalytic subunit, Glycosidase / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質	Ricin chain B 分子量: 28989.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lectin / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase

-
抗体 , 1種, 1分子 C

#3: 抗体	VHH antibody V5E1 分子量: 14480.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 37分子

#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 340 mM ammonium fluoride and 22% PEG 3,350.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.049→50 Å / Num. obs: 19234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 49.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.377 / R_pim(I) all: 0.126 / R_rim(I) all: 0.398 / Χ²: 1.015 / Net I/σ(I): 2.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.05-3.1	8.2	2.377	942	0.586	0.88	2.54	0.937	100
3.1-3.16	9.1	1.674	945	0.71	0.585	1.775	0.899	100
3.16-3.22	9.4	1.482	951	0.705	0.507	1.568	0.946	100
3.22-3.29	9.6	1.293	950	0.779	0.439	1.366	0.937	100
3.29-3.36	9.8	1.013	965	0.782	0.339	1.069	0.95	100
3.36-3.43	9.9	0.972	955	0.808	0.323	1.025	0.969	100
3.43-3.52	10.1	0.757	962	0.844	0.25	0.797	0.971	100
3.52-3.62	10.2	0.495	934	0.924	0.163	0.522	0.946	100
3.62-3.72	10.2	0.36	971	0.934	0.119	0.379	1.198	100
3.72-3.84	10.3	0.396	945	0.948	0.13	0.417	1.041	100
3.84-3.98	10.2	0.519	965	0.961	0.17	0.546	1.012	100
3.98-4.14	10.2	0.425	962	0.968	0.139	0.447	1.025	100
4.14-4.33	10.3	0.28	948	0.981	0.092	0.294	1.109	100
4.33-4.56	10.2	0.234	973	0.975	0.077	0.247	1.284	100
4.56-4.84	10.2	0.286	966	0.982	0.094	0.301	1.08	100
4.84-5.21	10.2	0.258	974	0.982	0.085	0.272	0.988	100
5.21-5.74	10.3	0.268	955	0.982	0.087	0.282	0.939	100
5.74-6.57	10.2	0.289	979	0.974	0.095	0.305	0.987	100
6.57-8.27	10.1	0.177	990	0.991	0.058	0.187	0.974	100
8.27-50	9.5	0.072	1002	0.998	0.024	0.076	1.058	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AA1

2aa1

解像度: 3.049→34.573 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2741	897	4.67 %
R_work	0.237	18316	-
obs	0.2388	19213	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.81 Å² / B_iso mean: 53.1336 Å² / B_iso min: 17.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.049→34.573 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4988	0	99	33	5120
B_iso mean	-	-	68.01	26.33	-
残基数	-	-	-	-	641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5204
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.543	7095
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	805
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	916
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.168	3078

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
3.0495-3.2404	0.387	155	0.3424	2997
3.2404-3.4904	0.3449	149	0.3046	3030
3.4904-3.8412	0.3005	130	0.2421	3047
3.8412-4.3961	0.2647	137	0.2347	3062
4.3961-5.5349	0.2551	163	0.2063	3052
5.5349-34.573	0.2101	163	0.1879	3128

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4329	0.4118	4.5647	6.2758	0.0304	6.2747	1.3222	0.48	-1.4501	-0.1691	0.2991	-0.1017	1.0517	-0.4572	-1.5935	0.3954	-0.0924	-0.1521	0.535	-0.0627	0.851	-36.3976	39.5239	5.5493
2	4.9377	4.4949	2.714	5.5426	0.6876	5.4166	0.6614	-0.0646	-1.6065	-0.0717	0.1116	-0.7131	0.4304	-0.2176	-0.7358	0.5195	-0.1024	-0.0649	0.3597	-0.0348	0.7054	-29.2945	32.6419	6.8434
3	3.9569	3.3997	3.6303	3.3952	1.8973	4.9731	0.4528	-0.211	-0.0915	-0.2715	-0.2029	0.1205	0.1194	-0.2672	-0.2158	0.4008	0.1116	0.0806	0.4359	-0.0549	0.6411	-33.3829	40.4321	0.9693
4	0.0096	0.2909	0.0972	2.0542	8.3162	5.955	-0.0611	0.4478	-0.1735	-0.7337	0.2427	0.2493	-0.1161	0.2916	0.0391	0.8907	-0.0254	0.0816	0.6669	0.0132	0.439	-28.7537	38.3516	-4.774
5	2.0492	0.884	-0.4287	9.9475	4.9047	7.0268	-0.4062	-0.1776	-0.1892	1.1341	-0.2796	1.3099	0.6051	-0.2305	0.7167	0.4777	0.0375	0.2387	0.3794	0.0544	0.6029	-21.3818	62.8357	17.4832
6	5.6774	-5.2626	1.596	5.6999	-0.764	1.4251	-0.6935	-0.7717	0.0141	1.3518	0.7309	0.1068	-0.306	-0.3839	0.0179	0.5488	0.0244	0.0961	0.5107	-0.0232	0.3077	-16.8226	72.417	19.867
7	5.5835	-1.0588	0.2398	6.2841	1.7143	5.1121	-0.1642	-0.4045	0.1124	0.6465	-0.0416	-0.9353	0.0177	0.2944	0.1987	0.2672	-0.0038	-0.046	0.3754	0.0184	0.4771	-3.4776	66.6981	18.4483
8	6.7002	0.3902	-0.158	1.6853	1.1708	0.8785	-0.2616	-0.3443	-0.9021	0.2678	0.1786	0.0734	0.2064	-0.1131	0.03	0.43	-0.0438	0.1219	0.344	0.1038	0.3	-11.4991	62.5857	8.5297
9	3.8404	-1.7172	0.7551	2.821	-2.3186	1.8805	-0.0697	0.289	0.0184	-0.1468	-0.2427	-0.2563	-0.0979	0.2474	0.3276	0.2618	-0.0849	0.0644	0.3387	-0.0424	0.3473	-16.7722	78.4138	0.9173
10	1.4308	0.1295	-0.5204	3.4058	-1.3181	4.2429	-0.3485	0.6222	0.3579	0.0425	0.1368	0.3345	0.1863	0.4717	0.3506	0.2461	-0.0813	-0.0782	0.4018	-0.0004	0.5959	-25.7875	93.5465	-9.4968
11	6.6992	-3.0408	-2.5515	6.6905	4.2868	6.3898	0.042	0.6987	0.6752	-0.5611	-0.2985	-0.1073	-0.6431	0.0629	0.2773	0.4055	-0.0979	-0.1189	0.4756	0.1138	0.5578	-29.2731	98.3318	-20.6076
12	1.7157	-1.8313	-0.6807	2.8112	-0.2124	1.089	-0.2821	0.4596	0.7015	-0.0058	0.0737	-0.3755	-0.3435	0.0651	0.234	0.3917	-0.1098	-0.1029	0.4171	0.0617	0.7677	-31.1664	102.5781	-10.2781
13	2.0531	-5.7388	0.4846	3.4535	-1.8274	7.3913	-0.1516	-0.1461	0.2945	0.1467	-0.124	-0.4765	-0.7904	-0.2376	0.2695	0.3694	-0.0982	-0.0307	0.3572	-0.0046	0.6484	-36.1895	97.0067	-1.8572
14	2.2441	-1.3518	-1.2991	3.136	-0.4938	1.498	-0.0343	0.1081	0.0066	-0.3631	0.1439	0.8221	-0.0382	0.1643	-0.1136	0.3005	-0.1176	-0.106	0.5061	-0.0356	0.5743	-36.4375	88.738	-11.8999
15	8.7177	-2.0418	0.9037	8.8243	-8.5569	2.15	0.7664	0.8861	-1.3746	-0.5525	-0.4028	0.7155	0.1932	0.181	-0.401	0.4384	0.0254	0.0339	0.5268	-0.1949	0.5585	-30.6249	61.7552	-9.9352
16	2.624	-0.7507	4.4868	2.8615	-2.3237	8.0443	-0.053	-0.0578	-0.2372	-0.3029	-0.1734	0.6856	0.3317	-0.2527	0.1885	0.2857	0.0029	0.0613	0.3891	-0.1255	0.8306	-37.0621	73.5666	-10.7914
17	2.54	-2.182	1.7158	7.0811	1.2536	3.548	-0.3915	-0.1036	-0.9713	-0.1474	0.3323	0.9119	0.221	-0.138	0.0797	0.3058	-0.081	0.1082	0.3878	-0.0234	0.6752	-38.2405	66.0033	-0.562
18	3.5518	-2.6679	2.7128	3.5999	1.2007	8.6661	-0.6756	0.6972	-1.7066	-0.1976	-0.2109	-0.1637	0.8805	0.1472	0.8002	0.5809	0.0315	0.3345	0.508	-0.0826	1.129	-18.9378	38.7018	-1.7149
19	6.5964	-5.3098	-0.01	4.353	0.8733	2.0113	-0.4731	0.1247	-0.8943	-0.219	0.7652	-1.8944	1.423	-0.3443	-0.2774	1.1348	-0.141	-0.0812	0.5073	-0.1892	1.1749	-33.8049	23.0781	-6.3929
20	6.0538	8.1844	2.7613	2.0233	4.2984	7.2958	0.311	0.2311	-2.4079	1.0742	0.5366	-0.6397	1.1115	0.9509	-0.8556	0.6458	0.1362	-0.0863	0.3903	0.0384	1.1431	-19.3717	36.8692	5.1196
21	6.3788	1.2669	5.0306	3.5904	-0.6113	2.1099	-0.7907	0.6169	-0.0756	-0.5349	0.1036	0.3422	-0.9999	0.7396	0.5961	0.5889	-0.0521	0.2099	0.5474	-0.1051	0.4748	-29.4729	41.9763	-0.8929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 46 through 64 )	C	46 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 65 through 83 )	C	65 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 84 through 109 )	C	84 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 110 through 126 )	C	110 - 126
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 5 through 32 )	A	5 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 33 through 75 )	A	33 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 76 through 155 )	A	76 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 156 through 194 )	A	156 - 194
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 195 through 263 )	A	195 - 263
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2 through 26 )	B	2 - 26
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 27 through 42 )	B	27 - 42
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 43 through 83 )	B	43 - 83
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 84 through 103 )	B	84 - 103
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 104 through 139 )	B	104 - 139
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 140 through 171 )	B	140 - 171
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 172 through 223 )	B	172 - 223
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 224 through 262 )	B	224 - 262
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 1 through 8 )	C	1 - 8
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 9 through 18 )	C	9 - 18
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 19 through 28 )	C	19 - 28
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 29 through 45 )	C	29 - 45

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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