PDB-6kxu: BON1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kxu

タイトル

BON1

要素

(Protein BONZAI ...) x 5

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Copines / BON1 / C2 domain / vWA domain / Phospholipid / Membrane.

機能・相同性

機能・相同性情報

response to humidity / calcium-dependent phospholipid binding / plasmodesma / cellular homeostasis / plastid / negative regulation of programmed cell death / response to temperature stimulus / positive regulation of cell size / cellular response to calcium ion / defense response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Wang, Q.C. / Jiang, M.Q. / Isupov, M.N. / Sun, L.F. / Wu, Y.K.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of an Arabidopsis Copine providing insights into this protein family
著者: Wang, Q.C. / Jiang, M.Q. / Isupov, M.N. / Sun, L.F. / Wu, Y.K.

履歴

登録	2019年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kxu.cif.gz	843.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kxu.ent.gz	680 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kxu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kxkC 6kxtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kxk-8 6kxk-3 6kxk-1 6kxk-5 6sur-1 3bb5-d 1xzq-d 1e57-d 2xpj-d 6sur-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (4) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (5)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (4)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (5)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (5)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein BONZAI 1

B: Protein BONZAI 1

C: Protein BONZAI 1

D: Protein BONZAI 1

E: Protein BONZAI 1

F: Protein BONZAI 1

G: Protein BONZAI 1

H: Protein BONZAI 1

ヘテロ分子

484 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein BONZAI 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein BONZAI 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein BONZAI 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein BONZAI 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Protein BONZAI 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Protein BONZAI 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.3 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Protein BONZAI 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.4 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Protein BONZAI 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.406, 118.705, 222.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	16 - 542	26 - 552
2	1	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	16 - 542	1 - 527
1	2	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-9 - 543	1 - 553
2	2	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-9 - 543	1 - 553
1	3	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-9 - 543	1 - 553
2	3	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-9 - 543	1 - 553
1	4	ALA	ALA	ASN	ASN	A	A	-4 - 543	6 - 553
2	4	ALA	ALA	ASN	ASN	E	E	-4 - 543	1 - 548
1	5	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-9 - 543	1 - 553
2	5	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-9 - 543	1 - 553
1	6	LEU	LEU	ILE	ILE	A	A	17 - 541	27 - 551
2	6	LEU	LEU	ILE	ILE	G	G	17 - 541	1 - 525
1	7	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-9 - 543	1 - 553
2	7	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-9 - 543	1 - 553
1	8	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	16 - 542	1 - 527
2	8	GLY	GLY	ARG	ARG	C	C	16 - 542	26 - 552
1	9	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	16 - 542	1 - 527
2	9	GLY	GLY	ARG	ARG	D	D	16 - 542	26 - 552
1	10	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	16 - 542	1 - 527
2	10	GLY	GLY	ARG	ARG	E	E	16 - 542	21 - 547
1	11	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	16 - 542	1 - 527
2	11	GLY	GLY	ARG	ARG	F	F	16 - 542	26 - 552
1	12	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	17 - 542	2 - 527
2	12	LEU	LEU	ARG	ARG	G	G	17 - 542	1 - 526
1	13	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	16 - 542	1 - 527
2	13	GLY	GLY	ARG	ARG	H	H	13 - 542	23 - 552
1	14	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-9 - 543	1 - 553
2	14	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-9 - 543	1 - 553
1	15	ALA	ALA	ASN	ASN	C	C	-4 - 543	6 - 553
2	15	ALA	ALA	ASN	ASN	E	E	-4 - 543	1 - 548
1	16	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-9 - 543	1 - 553
2	16	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-9 - 543	1 - 553
1	17	LEU	LEU	ILE	ILE	C	C	17 - 541	27 - 551
2	17	LEU	LEU	ILE	ILE	G	G	17 - 541	1 - 525
1	18	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-9 - 543	1 - 553
2	18	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-9 - 543	1 - 553
1	19	ALA	ALA	ASN	ASN	D	D	-4 - 543	6 - 553
2	19	ALA	ALA	ASN	ASN	E	E	-4 - 543	1 - 548
1	20	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-9 - 543	1 - 553
2	20	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-9 - 543	1 - 553
1	21	LEU	LEU	ILE	ILE	D	D	17 - 541	27 - 551
2	21	LEU	LEU	ILE	ILE	G	G	17 - 541	1 - 525
1	22	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	-9 - 543	1 - 553
2	22	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-9 - 543	1 - 553
1	23	ALA	ALA	ASN	ASN	E	E	-4 - 543	1 - 548
2	23	ALA	ALA	ASN	ASN	F	F	-4 - 543	6 - 553
1	24	LEU	LEU	ILE	ILE	E	E	17 - 541	22 - 546
2	24	LEU	LEU	ILE	ILE	G	G	17 - 541	1 - 525
1	25	ALA	ALA	ASN	ASN	E	E	-4 - 543	1 - 548
2	25	ALA	ALA	ASN	ASN	H	H	-4 - 543	6 - 553
1	26	LEU	LEU	ILE	ILE	F	F	17 - 541	27 - 551
2	26	LEU	LEU	ILE	ILE	G	G	17 - 541	1 - 525
1	27	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-9 - 543	1 - 553
2	27	GLY	GLY	ASN	ASN	H	H	-9 - 543	1 - 553
1	28	LEU	LEU	ILE	ILE	G	G	17 - 541	1 - 525
2	28	LEU	LEU	ILE	ILE	H	H	17 - 541	27 - 551

NCSアンサンブル:

-
Protein BONZAI ... , 5種, 8分子 ACDFBEGH

#1: タンパク質	Protein BONZAI 1 / COPINE 1 分子量: 61060.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: BON1, CPN1, At5g61900, K22G18.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q941L3
#2: タンパク質	Protein BONZAI 1 / COPINE 1 分子量: 58420.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: BON1, CPN1, At5g61900, K22G18.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q941L3
#3: タンパク質	Protein BONZAI 1 / COPINE 1 分子量: 60596.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: BON1, CPN1, At5g61900, K22G18.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q941L3
#4: タンパク質	Protein BONZAI 1 / COPINE 1 分子量: 58249.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: BON1, CPN1, At5g61900, K22G18.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q941L3
#5: タンパク質	Protein BONZAI 1 / COPINE 1 分子量: 61074.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: BON1, CPN1, At5g61900, K22G18.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q941L3

-
非ポリマー , 5種, 50分子

#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.89 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, Manganese chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.733
1	1	-h,-k,l	2	0.267

反射

解像度: 2.83→82.31 Å / Num. obs: 148607 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.84-2.88	6.6	3.598	45644	6900	0.282	1.492	3.904	0.6	92.8
15.53-82.31	6.4	0.048	6204	965	0.995	0.021	0.053	30.6	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.83→82.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 10.631 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2495	7471	5 %	RANDOM
R_work	0.2038	-	-	-
obs	0.206	141110	98.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 289.3 Å² / B_iso mean: 70 Å² / B_iso min: 12.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-25.04 Å²	0 Å²	11.04 Å²
2-	-	86.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-61.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.83→82.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33386	0	74	23	33483
B_iso mean	-	-	83.19	62.69	-
残基数	-	-	-	-	4290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	34106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.625	46041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.244	5	4267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.361	23.09	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.727	15	5988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.56	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	25493

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15265	0.09
1	2	B	15265	0.09
2	1	A	16853	0.08
2	2	C	16853	0.08
3	1	A	16689	0.08
3	2	D	16689	0.08
4	1	A	16112	0.09
4	2	E	16112	0.09
5	1	A	16666	0.09
5	2	F	16666	0.09
6	1	A	15317	0.08
6	2	G	15317	0.08
7	1	A	16365	0.09
7	2	H	16365	0.09
8	1	B	15212	0.09
8	2	C	15212	0.09
9	1	B	15113	0.1
9	2	D	15113	0.1
10	1	B	15311	0.09
10	2	E	15311	0.09
11	1	B	15108	0.1
11	2	F	15108	0.1
12	1	B	15229	0.08
12	2	G	15229	0.08
13	1	B	15355	0.09
13	2	H	15355	0.09
14	1	C	16815	0.09
14	2	D	16815	0.09
15	1	C	16106	0.1
15	2	E	16106	0.1
16	1	C	16826	0.09
16	2	F	16826	0.09
17	1	C	15323	0.08
17	2	G	15323	0.08
18	1	C	16470	0.09
18	2	H	16470	0.09
19	1	D	15995	0.1
19	2	E	15995	0.1
20	1	D	16922	0.08
20	2	F	16922	0.08
21	1	D	15216	0.09
21	2	G	15216	0.09
22	1	D	16327	0.1
22	2	H	16327	0.1
23	1	E	16035	0.1
23	2	F	16035	0.1
24	1	E	15409	0.08
24	2	G	15409	0.08
25	1	E	16314	0.08
25	2	H	16314	0.08
26	1	F	15240	0.09
26	2	G	15240	0.09
27	1	F	16366	0.1
27	2	H	16366	0.1
28	1	G	15464	0.08
28	2	H	15464	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.833→2.907 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.451	509	-
R_work	0.417	9611	-
all	-	10120	-
obs	-	-	91.08 %

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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