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- PDB-7kcx: Crystal structure of S. aureus penicillin-binding protein 4 (PBP4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kcx
タイトルCrystal structure of S. aureus penicillin-binding protein 4 (PBP4) mutant (R200L) in complex with cefoxitin
要素Penicillin-binding protein 4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / acyl-enzyme intermediate / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1958) / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Beta-lactamase, class-A ...Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1958) / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1S7 / Penicillin-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Antimicrob.Chemother. / 年: 2021
タイトル: PBP4-mediated beta-lactam resistance among clinical strains of Staphylococcus aureus.
著者: Satishkumar, N. / Alexander, J.A.N. / Poon, R. / Buggeln, E. / Argudin, M.A. / Strynadka, N.C.J. / Chatterjee, S.S.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6725
ポリマ－41,0541
非ポリマー6184
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.080, 82.700, 103.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 4


分子量: 41054.312 Da / 分子数: 1 / 変異: R200L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: pbp4, SACOL0699 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2WY27
#2: 化合物 ChemComp-1S7 / (2R)-2-{(1S)-1-methoxy-2-oxo-1-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]ethyl}-5-methylidene-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / Cefoxitin, bound form


分子量: 368.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N2O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 12% PEG 6000; 100 mM sodium acetate, pH 5; and 10 mM zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.5212 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5212 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→45.11 Å / Num. obs: 52537 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 22.4 / Num. measured all: 341149 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.62-1.656.31.481522424050.6290.6261.6111.189.4
8.87-45.115.40.03421794000.9990.0150.03759.398.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.23 Å43.98 Å
Translation6.23 Å43.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIXdev 3965精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6c39

6c39


解像度: 1.62→43.98 Å / SU ML: 0.2068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.1999
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 1959 3.81 %
Rwork0.1756 49446 -
obs0.1767 51405 92.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→43.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2839 0 37 242 3118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01052947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17783995
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0649450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0899419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.660.41461210.34893019X-RAY DIFFRACTION80.78
1.66-1.710.27711280.28713163X-RAY DIFFRACTION84.23
1.71-1.760.33231280.24913283X-RAY DIFFRACTION86.73
1.76-1.810.28261220.26543165X-RAY DIFFRACTION84.28
1.81-1.880.31411380.2513476X-RAY DIFFRACTION91.59
1.88-1.950.27471410.20883523X-RAY DIFFRACTION93.23
1.95-2.040.21981400.18363543X-RAY DIFFRACTION93.74
2.04-2.150.20381450.17763632X-RAY DIFFRACTION95.14
2.15-2.280.21841440.18033651X-RAY DIFFRACTION95.69
2.28-2.460.18291460.16373660X-RAY DIFFRACTION96.26
2.46-2.710.19171470.16563713X-RAY DIFFRACTION97.11
2.71-3.10.21561500.17273779X-RAY DIFFRACTION97.57
3.1-3.90.19671510.16093825X-RAY DIFFRACTION98.25
3.9-43.980.16431580.15554014X-RAY DIFFRACTION98.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06771377468-0.490309505028-1.236540368125.21515819780.8869836448884.51688715604-0.0712675506159-0.0101069276444-0.6263099354550.0881786190245-0.2487781349260.482188555541-0.070801594084-0.3154775742410.2650237025460.164603348152-0.0183894263819-0.03812451733390.326347888424-0.008216741773660.369724033495-8.60150500692-5.7678660837410.0476219082
20.5924728768160.09242111682330.2451337183994.271850199541.511073507271.308005596290.04337622475270.005431226319610.098063015786-0.4238340278240.0142375340737-0.322430763003-0.467285218068-0.0127864488932-0.06878720940090.3346199966930.0006684162763010.05490014427850.2527961364060.005485742812360.1934956077236.3435803995815.924247923411.1806350641
31.244617612970.0579919451070.7229889808834.00757960521.068092024812.66654600647-0.0460286365965-0.1047771206240.339010329037-0.775971774718-0.0824279491581-0.257568860376-0.801612094025-0.159886483929-0.05475617144440.6012967700860.04123941835450.04913233704980.197292770975-0.003228054088680.2112414984893.6650488821924.421624734811.9101215875
41.373619537830.108810836279-0.1562650179334.530795722161.737969853622.637078469260.0879871619075-0.100490583770.0792784199478-0.062486857037-0.07356961717780.0383173622158-0.381262268558-0.18017762985-0.02375394866960.2088772176850.02675666299080.004295559648560.2199767615170.009634470088060.1464111527952.2310244808210.244451286915.163954673
52.47315425608-0.255631128762-0.8396776647271.663615284880.7098385963011.562723837330.0942129988742-0.325692734996-0.01293357142670.0889662683570.204667857792-0.376935435551-0.005124766899910.205851299414-0.2078131452060.140471132369-0.0153810397567-0.03799558352930.241329081491-0.02913811758570.28043701185913.3152403621-9.2540678709511.0050666396
64.739849123330.227574920145-0.5907710114471.758999319640.5443317536851.570419813420.1265540310810.1468584796070.0221219437822-0.1167168750220.271271406811-0.635264529379-0.03469078744630.215922022737-0.213974774470.1670846280550.005375798773030.02401559309020.289026623597-0.1251794350710.49495917471620.8424385427-13.24716020483.54826875711
73.34879330409-0.920015312225-0.9424957270940.816078860.4341507157920.8206515116710.369990042680.350781933303-0.160303772556-0.558176880090.0153618947363-1.10285175043-0.3367308459560.267245681103-0.2417152421530.187231953807-0.02404583023970.1388058617820.290792234733-0.09158890364040.49848539416819.3549055525-5.366828196830.0780059558958
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 23 through 50 )23 - 501 - 28
22chain 'A' and (resid 51 through 111 )51 - 11129 - 89
33chain 'A' and (resid 112 through 190 )112 - 19090 - 168
44chain 'A' and (resid 191 through 295 )191 - 295169 - 273
55chain 'A' and (resid 296 through 335 )296 - 335274 - 313
66chain 'A' and (resid 336 through 364 )336 - 364314 - 342
77chain 'A' and (resid 365 through 383 )365 - 383343 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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