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- PDB-7kcu: Joint neutron/X-ray structure of Oxyferrous Dehaloperoxidase B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kcu
タイトルJoint neutron/X-ray structure of Oxyferrous Dehaloperoxidase B
要素Dehaloperoxidase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / oxyferrous
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Dehaloperoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Carey, L.M. / Ghiladi, R.A. / Meilleur, F. / Myles, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1150709 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Complementarity of neutron, XFEL and synchrotron crystallography for defining the structures of metalloenzymes at room temperature.
著者: Moreno-Chicano, T. / Carey, L.M. / Axford, D. / Beale, J.H. / Doak, R.B. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ebrahim, A. / Henning, R.W. / Monteiro, D.C.F. / Myles, D.A. / Owada, S. / Sherrell, D.A. / ...著者: Moreno-Chicano, T. / Carey, L.M. / Axford, D. / Beale, J.H. / Doak, R.B. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ebrahim, A. / Henning, R.W. / Monteiro, D.C.F. / Myles, D.A. / Owada, S. / Sherrell, D.A. / Straw, M.L. / Srajer, V. / Sugimoto, H. / Tono, K. / Tosha, T. / Tews, I. / Trebbin, M. / Strange, R.W. / Weiss, K.L. / Worrall, J.A.R. / Meilleur, F. / Owen, R.L. / Ghiladi, R.A. / Hough, M.A.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase B
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2867
ポリマ－30,8292
非ポリマー1,4575
水1,67593
1
A: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1594
ポリマ－15,4141
非ポリマー7453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1273
ポリマ－15,4141
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.830, 67.100, 69.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase B


分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 2000 MPEG, ammonium sulfate, cacodylate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12981N
22981N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORORNL High Flux Isotope Reactor CG4D12.8-4.6
SEALED TUBERIGAKU MICROMAX-00721.54
検出器
タイプID検出器日付
MAATEL IMAGINE1IMAGE PLATE2017年2月24日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2017年2月24日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LAUELneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.81
24.61
31.541
反射

Entry-ID: 7KCU

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)CC1/2Rmerge(I) obs
2.2-17.481126779.35.50.10614.7
1.95-48.132111799.520.022226.80.9990.022
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsRpim(I) allDiffraction-ID% possible allRmerge(I) obsCC1/2Rrim(I) all
2.2-2.322.213270.201165.6
1.95-2.021.920770.135298.40.1350.9380.191

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
LAUEGENデータ削減
精密化

交差検証法: THROUGHOUT / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

構造決定の手法開始モデル解像度 (Å)Refine-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)SU MLσ(F)位相誤差
分子置換5V5J

5v5j

2.2-17.435X-RAY DIFFRACTION104.9735.34258.60.21230.15460.1604148013323148031099.720.231.3820.58
2.215-17.484NEUTRON DIFFRACTION0.30490.24910.254811271126310.0177.440
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→17.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2112 0 158 142 2412
Biso mean--46.39 40.72 -
残基数----274
LS精密化 シェル

Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2154-2.3160.37641080.3206972NEUTRON DIFFRACTION60
2.316-2.43780.38581230.32471114NEUTRON DIFFRACTION70
2.4378-2.590.32221270.27351141NEUTRON DIFFRACTION71
2.59-2.78930.29621330.27491184NEUTRON DIFFRACTION73
2.7893-3.06860.31121400.25031265NEUTRON DIFFRACTION78
3.0686-3.50950.31021540.24671378NEUTRON DIFFRACTION84
3.5095-4.40990.25641660.21731499NEUTRON DIFFRACTION90
4.4099-17.4840.28091760.20391583NEUTRON DIFFRACTION91
2.2-2.27090.26751300.18441172X-RAY DIFFRACTION99
2.2709-2.35190.27381330.18211193X-RAY DIFFRACTION100
2.3519-2.44580.2671300.17841173X-RAY DIFFRACTION99
2.4458-2.55680.23981350.15951205X-RAY DIFFRACTION100
2.5568-2.69110.23961320.16721204X-RAY DIFFRACTION100
2.6911-2.8590.21061340.17141197X-RAY DIFFRACTION100
2.859-3.07870.21391350.17621213X-RAY DIFFRACTION100
3.0787-3.38640.22121330.17171204X-RAY DIFFRACTION100
3.3864-3.87180.20311370.14331224X-RAY DIFFRACTION100
3.8718-4.86040.1771380.1211238X-RAY DIFFRACTION100
4.8604-17.4350.181430.14171300X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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