PDB-6vdy: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B wild type in Complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vdy

タイトル

Crystal Structure of Dehaloperoxidase B wild type in Complex with Substrate Trichlorophenol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / McGuire, A. / Malewschik, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nonnative Heme Incorporation into Multifunctional Globin Increases Peroxygenase Activity an Order and Magnitude Compared to Native Enzyme
著者: McGuire, A.H. / Petit, A.R. / Kang, J. / Malewschik, T. / de Serrano, V. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vdy.cif.gz	173.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vdy.ent.gz	114.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vdy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vdy_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vdy_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	6vdy_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	6vdy_validation.cif.gz	6.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vd3C 6vd4C 6vd5C 6vd6C 6vdrC 6vdsC 6vdtC 6vduC 6vdvC 6vdwC 6vdxC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ong-1 6onx-1 6oo6-1 6co5-2 4hsx-2 3aya-1 6vdt-1 3ord-1 6vd6-1 6h64-3 6onk-2 6vdu-1 6vd5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
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ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.227, 67.457, 68.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 176分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-T6C / 2,4,6-trichlorophenol / 2,4,6-トリクロロフェノ-ル分子量: 197.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₃Cl₃O
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate MPEG 2000 29-33%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→37.26 Å / Num. obs: 30258 / % possible obs: 98.79 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.12 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 35.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.745 Å / Num. unique obs: 2098 / CC_1/2: 0.848

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3714	精密化
PHENIX	dev_3714	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.7→37.26 Å / SU ML: 0.1786 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.5092
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2141	1453	4.8 %
R_work	0.1788	28805	-
obs	0.1805	30258	98.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2122	0	124	167	2413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0156	2650
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4435	3659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0781	366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	489
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.8712	395

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.76	0.2654	143	0.2158	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.17
1.76-1.83	0.2768	131	0.2054	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.83-1.92	0.2662	145	0.2033	2867	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.92-2.02	0.239	150	0.1918	2843	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.02-2.14	0.2431	141	0.1826	2876	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.14-2.31	0.2203	142	0.1758	2864	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.31-2.54	0.2059	164	0.1699	2852	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.54-2.91	0.202	125	0.1803	2920	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.91-3.66	0.2092	144	0.1737	2898	X-RAY DIFFRACTION	98.35
3.66-37.26	0.1962	168	0.1722	2964	X-RAY DIFFRACTION	96.19

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7703198877	-1.82753915619	1.1531440874	2.41685431829	-1.24631423578	3.87956312105	-0.0987075044439	-0.243689224103	-0.282145407837	0.0772276515745	0.116080459779	0.212888067372	0.010352661108	-0.298950036028	-0.00689149095448	0.138308087615	-0.0136380253783	-0.000771752110245	0.155239801697	0.00533915638729	0.155971971239	-0.187988519743	-2.07507639542	-23.7953955257
2	8.30094851505	-1.16448044316	4.10423559278	9.11641310635	3.73775697561	8.96245543097	-0.432182516679	-0.470044808657	0.617173220566	0.498299998734	0.156282833594	-0.195719971909	-0.172815376684	0.693565969354	0.27928282898	0.151643431833	0.00911696736038	0.00476283830677	0.3434478789	0.0690385038747	0.263202125411	16.7603899068	-3.98985874127	-15.1311478072
3	3.63456999091	4.80956459431	3.10816223015	8.99037667344	2.38566314827	3.96022278461	0.0690716647006	-0.020765628361	0.562387817919	0.496722013912	-0.17951787116	-0.164819890384	-0.612045064365	0.604812300682	0.0601194216568	0.5363850032	-0.17065670412	0.0598624775453	0.621231438554	-0.137988603922	0.671374194571	11.4914973359	-1.1440065839	-7.55431471872
4	2.34717584111	-2.72652660361	0.147732106204	8.59962613173	-1.10250092486	1.82846159553	-0.537185427231	-0.557200315033	-0.364895222468	0.995618908717	0.38652460763	0.54394231344	0.159057728251	-0.0192046310541	0.139454739809	0.321959731877	0.0601226152125	0.102977971927	0.268002030957	0.0437066557222	0.242015181977	2.45631450926	-5.3986657711	-10.7300520936
5	2.38492265218	0.600972547566	-1.29131571262	1.07898843346	-0.134869494429	0.747710455739	0.347403918742	-0.333127759968	0.292199771574	0.44651309912	-0.240538851748	0.144122994155	-0.79998247206	0.496929812823	-0.0687823793644	0.364851251088	-0.0592303764024	-0.0205003173681	0.22544118824	-0.0423785185372	0.209919716822	1.67358707468	12.4721358153	-25.6485439221
6	1.63477191958	1.8024493847	-2.40092419572	7.19302847706	-0.615035172806	9.33064983903	0.145476265688	-0.355109464748	-0.143274015286	0.939879614987	-0.267561251502	0.0258094028326	0.255922008554	0.14975576094	0.046646897555	1.28952924272	-0.522062856568	-0.175361497408	0.920553584409	-0.113441583418	0.749377139804	8.97914804799	12.6861362947	-12.0830350526
7	2.69677367318	-2.8383026825	-1.73557720374	5.46246408189	0.0686179847178	8.66994826031	-0.273271957303	-0.409999695052	0.797882717945	0.988852179146	-0.173951597122	-0.957647245663	-1.35584786433	0.917361097422	0.302846622924	0.509651589757	-0.152363515626	-0.200528972931	0.370023884282	0.124663176164	0.472957931481	15.5661442163	5.56941173839	-19.956306446
8	8.92838535462	0.781179038486	1.01137213169	7.68678691755	2.1464603189	2.42156340162	-0.0712918182958	0.484025681762	-0.639169602294	-0.0211778869379	-0.397716797425	-0.0472560444446	0.301269411905	0.321379053143	0.382059652283	0.201875216877	0.0405969621172	0.0324878826067	0.190078512416	0.0165366006651	0.23785023416	8.26458761133	-4.46843897489	-29.0573636345
9	8.39146688644	4.47998358607	1.70361741324	9.00522439932	3.32967865308	6.94221211495	0.0130050370741	0.412475214424	-0.444849707381	0.00724085569265	-0.167634665455	-0.67565040992	-0.197665775961	0.406500044569	0.122558292979	0.124431307395	0.00916774022501	-0.0346997609796	0.160843133014	0.0661033815412	0.200785809347	6.88330108862	2.53811934704	-32.6595334006
10	1.01540488493	1.32529052079	-0.217586197315	2.33506386877	0.212069358016	0.451417808483	-0.0204060564791	-0.0703800005318	-0.0444872034054	0.238380270664	-0.0525389060968	-0.287919577245	0.0510987322369	0.0958430353475	0.0106401107572	0.814209459732	-0.592334170289	-0.430670472735	0.200898054494	0.21277387904	0.554768000025	14.9469250626	15.3179227915	-21.868758448
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 27:33)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 34:37)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 38:60)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 61:83)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 84:90)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 91:99)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 100:111)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 112:128)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 129:137)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 1:30)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 31:39)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 40:50)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 51:60)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 61:77)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 78:86)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 87:94)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 95:111)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 112:128)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 129:137)

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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