PDB-6oo6: Dehaloperoxidase B in complex with substrate p-cresol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oo6

タイトル

Dehaloperoxidase B in complex with substrate p-cresol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2019
タイトル: The multifunctional globin dehaloperoxidase strikes again: Simultaneous peroxidase and peroxygenase mechanisms in the oxidation of EPA pollutants.
著者: Malewschik, T. / de Serrano, V. / McGuire, A.H. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oo6.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oo6.ent.gz	114.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oo6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/6oo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/6oo6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	6vd6-1 6ong-1 6oo8-1 6vdy-1 6vd4-1 6vdw-2 6ch5-1 6vdr-2 6vds-1 6vdt-1 4kjt-2 7lhn-2 4hsx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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ヘモグロビン (Hemoglobin)
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#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.505, 67.540, 67.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 156分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PCR / P-CRESOL / p-クレゾ-ル分子量: 108.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈O
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulphate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.829
1	1	-H, -L, -K	2	0.171

反射

解像度: 2.1→45.09 Å / Num. obs: 15319 / % possible obs: 95.51 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 14.1 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

解像度: 2.1→2.152 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 11.9 / Num. unique obs: 1100 / CC_1/2: 0.992 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.164 / Χ²: 0.65 / % possible all: 96.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→45.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 8.14 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22432	711	4.4 %	RANDOM
R_work	0.16046	-	-	-
obs	0.16311	15319	95.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.421 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	25.89 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-15.52 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→45.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2138	0	116	149	2403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.701	3857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.396	1.618	5799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.701	5	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.949	22.715	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.246	15	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.734	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	658
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.323	0.918	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.321	0.918	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.564	1.379	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.564	1.38	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.469	1.018	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.445	1.01	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.721	1.506	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.906	11.473	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.87	11.36	3454
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.098→2.152 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	60	-
R_work	0.15	1100	-
obs	-	-	96.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8021	-0.4473	0.596	0.6402	-0.3548	1.4646	-0.0197	-0.1123	-0.0019	-0.088	0.0569	-0.0106	0.026	-0.1059	-0.0372	0.0697	-0.0072	0.0071	0.0523	0.0103	0.0406	-0.0866	-1.5255	-24.03
2	1.3754	0.0939	-1.7157	2.7499	1.9499	4.2205	-0.1544	0.0341	-0.0852	-0.0223	0.1454	-0.2928	-0.043	0.1633	0.009	0.1457	0.0002	-0.0157	0.0873	0.0395	0.0832	16.5576	-4.3396	-15.4857
3	5.592	4.4924	-2.7841	4.752	-2.8186	1.6824	0.1602	-0.2045	0.1113	0.0206	-0.2044	-0.1007	-0.0255	0.1233	0.0442	0.0958	0.0116	-0.0255	0.015	-0.0048	0.0602	11.4726	-0.957	-8.042
4	1.7663	-0.8553	0.289	2.2524	-1.0471	0.5282	-0.0908	-0.1472	0.0088	0.091	0.1321	0.0427	-0.005	-0.0514	-0.0412	0.0754	-0.0049	0.0059	0.0704	-0.005	0.0286	2.5542	-5.0244	-10.918
5	1.4236	0.7894	-0.0878	1.1146	-1.4414	3.3446	-0.0124	0.0555	0.0378	0.0723	-0.0388	0.0677	-0.1912	-0.0403	0.0512	0.0323	0.0003	-0.0086	0.0854	-0.0478	0.0667	2.5101	12.8021	-25.339
6	0.5293	-1.2001	-0.036	4.4489	-0.5369	0.2239	0.086	-0.1113	-0.1002	0.1258	-0.1571	0.0586	-0.1171	0.1556	0.0711	0.0716	-0.0875	-0.0511	0.1289	0.0534	0.0452	9.1443	13.2675	-12.4321
7	3.2589	1.5675	0.2622	2.8493	2.5901	2.9686	-0.054	0.1189	0.1356	0.0366	0.1069	-0.0486	0.0377	0.1141	-0.0529	0.0269	-0.0221	-0.0579	0.0547	0.0549	0.1273	15.6543	5.8448	-19.2424
8	3.3052	1.4788	1.4437	2.9292	0.0294	0.8001	0.0533	0.1378	0.0026	-0.1029	-0.1152	-0.1985	0.0714	0.1093	0.0619	0.1095	0.0289	0.0547	0.0379	0.0096	0.0475	8.1352	-3.3368	-28.3508
9	3.1477	2.2751	1.5313	3.1009	-0.0274	1.6285	0.0719	0.1322	0.0369	-0.107	-0.1189	-0.0146	0.1612	0.2294	0.0469	0.0387	0.0191	0.0242	0.0495	0.0009	0.0523	6.7355	3.2237	-32.3673
10	0.2784	-1.0698	0.6889	4.1132	-2.6494	1.7067	-0.009	0.0939	0.1434	0.0471	-0.3561	-0.5609	-0.0309	0.2297	0.3651	0.0493	-0.0231	-0.0382	0.052	0.044	0.1193	14.7848	15.0395	-22.1352
11	1.2411	1.0086	-0.8039	2.1274	-0.3191	0.6248	0.0003	0.0651	-0.0145	0.2398	0.0507	-0.2354	0.0228	-0.044	-0.051	0.1174	0.0004	-0.0368	0.0277	-0.0048	0.0394	-17.542	6.816	-14.9577
12	2.0209	-2.1582	1.9633	2.3486	-2.075	1.9184	-0.3991	-0.4048	-0.0924	0.4035	0.5252	0.0284	-0.395	-0.3512	-0.1261	0.2717	-0.0545	-0.0286	0.31	-0.0873	0.1589	-28.2966	-7.3818	-13.5654
13	5.1108	1.0079	-3.6149	0.199	-0.7048	5.0327	-0.0888	-0.1987	-0.3559	-0.0173	-0.0452	-0.0682	0.0027	0.2405	0.1339	0.0694	-0.0112	-0.0226	0.0355	0.0177	0.0734	-18.4353	-6.9548	-6.1589
14	0.6358	-1.4306	1.1289	7.085	-3.2875	2.154	0.014	0.0501	-0.0245	-0.0221	0.0063	0.0432	0.0138	0.0637	-0.0203	0.0407	0.0075	-0.0221	0.0393	-0.0148	0.0815	-15.305	-3.541	-17.6952
15	0.7528	-0.389	1.0343	3.2425	-1.216	1.5817	0.0515	0.0244	0.0066	-0.037	-0.0508	-0.0561	0.0611	0.0382	-0.0007	0.0427	0.0081	0.0181	0.0604	0.0088	0.0693	-17.4661	10.2214	-29.0218
16	2.5036	-1.8564	1.8416	1.3774	-1.3643	1.3561	0.0021	-0.0666	0.0228	-0.0105	0.0201	-0.0269	0.0318	-0.053	-0.0222	0.1021	-0.037	-0.101	0.0257	0.03	0.1261	-23.1579	1.4204	-32.5919
17	2.8319	-2.6931	-1.2793	7.2847	-1.4075	3.4119	-0.0559	-0.0941	-0.2501	0.1698	-0.0018	0.0713	0.1372	0.0897	0.0577	0.0423	-0.0193	-0.0246	0.0442	0.0021	0.0639	-28.5731	-3.3084	-26.3867
18	3.1491	2.5588	2.5782	2.1126	2.235	2.9959	0.0493	-0.0397	0.2064	0.0799	-0.0402	0.1455	0.0676	-0.0899	-0.009	0.1091	0.003	0.0156	0.025	0.013	0.0522	-25.43	9.911	-15.5485
19	3.2874	1.6405	2.7539	0.8557	1.2479	2.9513	0.1262	-0.0947	0.1787	0.0945	-0.0551	0.1399	0.0964	-0.1523	-0.0711	0.0803	-0.0264	0.0208	0.0657	-0.0047	0.0938	-22.2761	15.7483	-20.316
20	0.4818	0.7952	-0.7774	1.3148	-1.2745	1.291	-0.0256	0.0991	0.0606	-0.018	0.1488	0.0931	0.1063	-0.2124	-0.1232	0.1433	-0.1016	-0.0508	0.1067	0.03	0.0356	-30.7572	5.4398	-31.4937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	27 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	34 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	61 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	84 - 90
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	91 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	100 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	112 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	129 - 137
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	31 - 39
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	40 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	51 - 60
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	61 - 77
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	78 - 86
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	87 - 94
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	95 - 111
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	112 - 128
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	129 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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