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- PDB-6vd5: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vd5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor Iron(III) Mesoporphyrin IX and Substrate Trichlorophenol | ||||||
![]() | Dehaloperoxidase B | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding | ||||||
Function / homology | ![]() oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Nonnative Heme Incorporation into Multifunctional Globin Increases Peroxygenase Activity an Order and Magnitude Compared to Native Enzyme Authors: McGuire, A.H. / Petit, A.R. / Kang, J. / Malewschik, T. / de Serrano, V. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 174.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 115.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 487.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6vd3C ![]() 6vd4C ![]() 6vd6C ![]() 6vdrC ![]() 6vdsC ![]() 6vdtC ![]() 6vduC ![]() 6vdvC ![]() 6vdwC ![]() 6vdxC ![]() 6vdyC ![]() 3ixfS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 15414.462 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 178 molecules ![](data/chem/img/MH0.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/T6C.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/T6C.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 0.2 M Ammonium Sulphate MPEG 2000, 29-33% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.64→34 Å / Num. obs: 33758 / % possible obs: 98.89 % / Redundancy: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 22.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 40 |
Reflection shell | Resolution: 1.64→1.69 Å / Num. unique obs: 2243 / CC1/2: 0.999 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3IXF Resolution: 1.64→34 Å / SU ML: 0.1629 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.5503
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.64→34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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