PDB-7kbk: Ricin bound to VHH antibody V6E11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kbk

タイトル

Ricin bound to VHH antibody V6E11

要素

(Ricin) x 2
VHH antibody V6E11

キーワード

TOXIN / ribosome inactivating protein / VHH antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Vicugna pacos (アルパカ)

Ricinus communis (トウゴマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.091 Å

データ登録者

Rudolph, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Analysis of Toxin-Neutralizing, Single-Domain Antibodies that Bridge Ricin's A-B Subunit Interface.
著者: Rudolph, M.J. / Poon, A.Y. / Kavaliauskiene, S. / Myrann, A.G. / Reynolds-Peterson, C. / Davis, S.A. / Sandvig, K. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2020年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kbk.cif.gz	291.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kbk.ent.gz	232.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kbk_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kbk_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7kbk_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	7kbk_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kbiC 7kc9C 7kd0C 7kd2C 7kdmC 7kduC 2aaiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kbi-d 1otc-d 6kxk-4 6kxk-6 5x0z-1 6kxk-2 2i0q-d 2jiw-2 1wrl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin

B: Ricin

C: VHH antibody V6E11

ヘテロ分子

76.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.664, 186.583, 234.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-657- HOH
2	1	C-341- HOH

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ricin 分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Catalytic subunit, glycosidase / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質	Ricin 分子量: 28989.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lectin / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase

-
抗体 , 1種, 1分子 C

#3: 抗体	VHH antibody V6E11 分子量: 14779.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 639分子

#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 200 mM sodium chloride 100 mM CHES pH 9.5, and 1.26 M ammonium sulfate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 74803 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.957 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 332599

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.09-2.13	2.8	0.52	3255	0.753	0.35	0.632	0.938	86.2
2.13-2.16	3.2	0.464	3658	0.807	0.295	0.553	0.943	97
2.16-2.21	3.6	0.424	3749	0.838	0.254	0.497	0.937	98
2.21-2.25	3.9	0.379	3753	0.878	0.215	0.438	1.022	98.6
2.25-2.3	3.9	0.378	3719	0.899	0.213	0.437	0.99	98.9
2.3-2.35	4.1	0.334	3787	0.906	0.186	0.384	0.94	98.5
2.35-2.41	4.1	0.296	3719	0.934	0.164	0.34	0.938	98.8
2.41-2.48	4.2	0.276	3748	0.95	0.149	0.315	0.922	98.8
2.48-2.55	4.3	0.246	3805	0.957	0.132	0.281	0.934	99
2.55-2.63	4.3	0.218	3763	0.966	0.115	0.248	0.932	98.8
2.63-2.73	4.5	0.19	3737	0.977	0.098	0.215	0.961	98.6
2.73-2.84	4.7	0.158	3761	0.982	0.08	0.178	0.932	98.7
2.84-2.97	4.8	0.128	3745	0.99	0.063	0.143	0.926	97.8
2.97-3.12	5	0.099	3756	0.994	0.048	0.111	0.929	97.4
3.12-3.32	5.2	0.075	3733	0.996	0.035	0.083	0.954	97.3
3.32-3.57	5.3	0.057	3708	0.997	0.026	0.063	1.009	96.8
3.57-3.93	5.4	0.049	3762	0.998	0.022	0.054	1.167	97
3.93-4.5	5.3	0.038	3823	0.998	0.018	0.042	1.05	97.9
4.5-5.67	5.2	0.033	3869	0.999	0.015	0.037	0.83	98.7
5.67-50	5	0.03	3953	0.999	0.014	0.033	0.849	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AAI

2aai

解像度: 2.091→21.672 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	3700	4.95 %
R_work	0.1724	71027	-
obs	0.1739	74727	97.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.44 Å² / B_iso mean: 35.5342 Å² / B_iso min: 8.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.091→21.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5028	0	151	628	5807
B_iso mean	-	-	65.98	43.05	-
残基数	-	-	-	-	643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5344
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.943	7289
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	828
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	935
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.351	4304

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0915-2.119	0.2688	134	0.2293	2477	90
2.119-2.148	0.2842	151	0.2201	2626	97
2.148-2.1787	0.2479	133	0.2153	2719	97
2.1787-2.2111	0.246	141	0.2114	2698	99
2.2111-2.2457	0.2383	135	0.1982	2742	99
2.2457-2.2824	0.2551	142	0.2027	2740	99
2.2824-2.3218	0.2397	155	0.2003	2706	99
2.3218-2.3639	0.222	153	0.1985	2714	98
2.3639-2.4093	0.2275	171	0.1908	2705	99
2.4093-2.4584	0.2305	130	0.197	2762	99
2.4584-2.5118	0.2502	142	0.1996	2727	99
2.5118-2.5702	0.275	148	0.2021	2726	99
2.5702-2.6343	0.2506	139	0.1924	2780	99
2.6343-2.7054	0.2095	143	0.1905	2715	99
2.7054-2.7849	0.2217	138	0.1836	2776	99
2.7849-2.8746	0.1805	134	0.1805	2718	98
2.8746-2.9771	0.2559	124	0.1879	2743	98
2.9771-3.0959	0.2158	136	0.1761	2750	97
3.0959-3.2364	0.1938	142	0.1713	2701	97
3.2364-3.4064	0.1966	133	0.1612	2734	97
3.4064-3.6189	0.1879	157	0.1473	2707	97
3.6189-3.8969	0.1806	156	0.1493	2725	97
3.8969-4.2863	0.1687	144	0.1365	2723	97
4.2863-4.9003	0.1342	142	0.1315	2814	98
4.9003-6.1503	0.1973	140	0.1687	2837	99
6.1503-21.672	0.1849	137	0.1792	2962	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5975	-2.1925	2.9181	6.3076	-1.0103	1.7492	-0.3248	0.2589	0.0029	-0.6897	-0.3721	-1.3903	0.1725	0.7331	0.6339	0.3002	0.03	0.1209	0.3034	0.0286	0.2705	9.4124	21.3133	22.0213
2	8.3129	-5.2138	6.2738	7.0281	-7.8206	2.3564	-0.3418	-0.5372	0.2056	0.7028	0.1831	-0.2906	-0.7625	-0.2108	0.1175	0.3165	0.0299	0.0706	0.2563	-0.0035	0.1734	4.4272	24.5142	29.8176
3	2.4307	-0.7582	-1.8381	2.7726	1.6842	3.0258	0.0755	0.0459	0.1339	-0.3406	0.0175	-0.338	-0.2788	0.1392	-0.0953	0.2765	0.0062	0.0399	0.205	0.0282	0.1708	1.2924	28.9783	19.6849
4	-0.1872	-0.5762	0.6823	3.0871	0.4874	5.8161	-0.07	0.0654	0.0527	-0.1286	0.0215	-0.2774	0.0102	-0.0262	0.0639	0.2731	0.0006	0.1027	0.1917	0.0228	0.2065	-1.1628	21.4458	10.393
5	5.2591	2.6854	0.1501	6.1313	-1.24	6.0914	-0.0505	0.2213	-0.0303	-0.0633	0.12	-0.0699	-0.3786	0.0254	-0.0664	0.2941	0.0085	0.0864	0.1816	-0.0012	0.134	0.2729	22.5321	4.6512
6	6.2117	0.9136	3.4432	7.7871	2.6427	4.0608	-0.1147	-0.2562	-0.5385	-0.1836	0.1058	0.5452	0.1269	-0.5242	0.0114	0.21	-0.0008	0.0946	0.2063	0.0108	0.2387	-12.8653	10.9687	19.3915
7	5.6955	-3.1596	-1.0247	4.5163	3.5804	6.2719	0.2137	0.339	-0.3634	-0.5046	-0.1728	-0.3722	0.3148	0.3014	-0.0536	0.363	0.0644	0.1247	0.1956	0.0173	0.3526	2.6847	7.2238	15.895
8	0.1665	-0.2205	0.815	0.5252	-1.0841	2.6417	-0.1151	-0.1402	-0.1751	0.0281	0.0259	0.0701	0.2007	-0.0673	0.0776	0.2397	0.0411	0.0695	0.2446	0.0311	0.2444	-5.2734	14.9853	27.8599
9	3.101	-3.1768	-0.4439	7.9507	2.1292	2.0045	0.0961	0.1225	-0.0789	-0.3413	-0.3293	0.5732	-0.4108	-0.2926	0.228	0.2567	0.0963	-0.0138	0.2705	-0.0103	0.173	-17.3949	31.189	27.5856
10	6.2356	5.4977	-3.0987	7.4306	0.9014	6.5687	0.28	-0.1778	0.0876	0.3131	-0.8263	0.7717	0.311	-0.4092	0.5512	0.1713	0.0439	-0.0237	0.2632	-0.0718	0.2586	-20.6699	25.3648	34.8723
11	3.9767	-1.8831	1.7769	1.5547	-2.4236	4.7218	0.1216	0.371	0.2673	-0.1105	-0.1706	0.0724	-0.581	-0.0305	0.0804	0.4221	0.1059	0.03	0.2525	-0.0001	0.1916	-9.9507	35.5369	26.2004
12	3.7361	-1.453	-0.4119	2.9484	0.6453	1.9683	0.2685	0.4775	0.1396	-0.6229	-0.2319	0.1186	-0.29	-0.2511	-0.0942	0.2952	0.0683	-0.0148	0.2385	-0.0657	0.2603	-27.0694	42.3658	39.3472
13	3.0092	0.8018	2.5665	7.8545	-2.2711	4.2222	0.146	0.1671	-0.4672	-0.1457	-0.094	0.7569	-0.0423	-0.5276	-0.0668	0.125	0.0588	0.0137	0.3131	-0.0782	0.3131	-36.4173	43.8405	46.4162
14	6.0475	3.3615	0.8311	9.6383	-1.3201	2.2498	0.0425	0.3986	0.0533	-0.6791	-0.042	0.1452	-0.1972	-0.2002	0.0177	0.3509	0.1503	-0.0473	0.3351	-0.0557	0.1816	-29.5126	49.3839	35.793
15	3.1261	-1.2972	-0.4654	3.2898	0.6741	1.1946	0.1817	0.2434	0.1236	-0.333	-0.1311	0.0149	-0.2025	-0.1183	-0.0384	0.2183	0.0447	0.0183	0.1773	-0.012	0.1636	-22.4412	51.0182	46.922
16	5.8584	-6.521	3.0137	7.8796	-2.5165	2.1104	0.275	0.1731	-0.7809	-0.2245	-0.0601	0.6659	0.0516	-0.2202	-0.4237	0.1728	0.0099	-0.0098	0.2116	-0.0436	0.2457	-12.8079	22.7575	46.9328
17	4.6814	-4.7755	-0.5354	5.2577	1.454	1.1953	-0.0862	-0.17	-0.5207	0.2901	0.0587	0.4944	0.206	0.0461	0.0614	0.1794	-0.0252	0.01	0.179	-0.0019	0.232	-12.109	20.5951	52.4672
18	3.2539	1.92	2.8467	6.4894	2.1001	4.7308	0.0648	-0.1569	-0.0228	0.1223	-0.1472	0.2777	0.0654	-0.1459	0.0902	0.1517	0.0141	0.0393	0.1215	-0.0096	0.1079	-10.5964	30.4746	57.0897
19	1.2669	0.2281	-1.2528	1.2248	-0.2922	4.4644	0.1159	-0.0017	0.0871	0.0232	-0.0523	0.0512	-0.1327	-0.113	-0.0356	0.1714	-0.0004	0.0011	0.199	-0.0373	0.2039	-10.5724	34.1483	51.5062
20	4.5433	-5.388	0.6937	2.5303	-1.6787	3.1594	0.0695	-0.3221	0.3316	0.1984	-0.0877	-0.6091	-0.1811	0.0172	0.1067	0.1714	-0.0278	-0.0246	0.1996	-0.0417	0.2139	-1.4932	33.4173	51.2604
21	2.9532	-1.71	2.1681	3.2722	-0.3133	8.743	0.3362	0.1213	-0.1283	-0.2272	-0.1744	-0.2628	0.2943	0.2735	-0.2115	0.13	0.0213	0.0202	0.1598	-0.0228	0.2035	-0.0344	26.0606	49.1135
22	4.2822	0.4915	4.5727	4.0933	-0.3968	8.5853	0.0816	-0.1014	0.6466	0.1039	-0.9434	-2.3929	-0.7963	0.7689	0.3695	0.2484	-0.244	-0.4522	0.6417	0.0263	0.9916	25.009	5.7057	54.9985
23	5.5786	-1.3236	-0.1662	3.0097	-0.5864	0.1621	0.0197	2.0175	1.0852	-0.8224	-0.4929	-1.1249	-0.8579	0.9632	0.2507	0.4506	0.0857	0.1722	0.9055	0.2977	0.8333	20.1073	6.592	42.2462
24	9.2192	-4.5117	4.228	8.2808	-3.2748	8.1684	0.0212	-0.1288	-0.1045	0.2891	-0.0683	-0.5261	0.3429	0.4054	0.0736	0.1169	-0.0077	-0.0087	0.2048	0.0027	0.2472	11.1143	3.8434	51.588
25	8.6316	0.2856	-2.0478	5.4361	-2.9662	2.3017	-0.3706	0.533	1.276	0.3995	0.3915	-0.9389	-0.5182	-0.1613	0.1522	0.3845	-0.0472	-0.1457	0.4026	0.0272	0.6398	15.5466	11.7787	53.2694
26	9.0271	-1.9347	4.0533	4.4828	-1.5951	3.7197	-0.1933	-0.1333	0.1509	0.4296	-0.1046	-0.7109	-0.0849	0.4176	0.219	0.192	0.0031	-0.0358	0.235	0.0504	0.2756	14.9174	1.2801	53.1743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 17 )	A	4 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 32 )	A	18 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 75 )	A	33 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 97 )	A	76 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 98 through 122 )	A	98 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 123 through 140 )	A	123 - 140
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 141 through 160 )	A	141 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 161 through 201 )	A	161 - 201
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 202 through 229 )	A	202 - 229
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 230 through 248 )	A	230 - 248
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 249 through 261 )	A	249 - 261
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 2 through 26 )	B	2 - 26
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 27 through 47 )	B	27 - 47
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 48 through 62 )	B	48 - 62
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 63 through 134 )	B	63 - 134
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 135 through 155 )	B	135 - 155
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 156 through 180 )	B	156 - 180
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 181 through 202 )	B	181 - 202
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 203 through 223 )	B	203 - 223
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 224 through 238 )	B	224 - 238
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 239 through 262 )	B	239 - 262
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 2 through 17 )	C	2 - 17
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 18 through 30 )	C	18 - 30
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 31 through 60 )	C	31 - 60
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 61 through 82 )	C	61 - 82
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 83 through 126 )	C	83 - 126

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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