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- PDB-7kb9: THE STRUCTURE OF A SENSOR DOMAIN OF A HISTIDINE KINASE (VxrA) FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kb9
タイトルTHE STRUCTURE OF A SENSOR DOMAIN OF A HISTIDINE KINASE (VxrA) FROM VIBRIO CHOLERAE O1 BIOVAR ELTOR STR. N16961, D238-T240 deletion mutant
要素Sensor histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / VxrA / Two-component system / Histidine Kinase / Sensor domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...: / Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor histidine kinase VxrA
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / : 2021
タイトル: Sensor Domain of Histidine Kinase VxrA of Vibrio cholerae - A Hairpin-swapped Dimer and its Conformational Change.
著者: Tan, K. / Teschler, J.K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Zhou, M. / Shuvalova, L.A. / Endres, M.J. / Welk, L.F. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Yildiz, F.H. / Joachimiak, A.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase
B: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4366
ポリマ-49,0972
非ポリマー3384
1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.592, 51.098, 65.634
Angle α, β, γ (deg.)76.11, 73.53, 88.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase


分子量: 24548.684 Da / 分子数: 2 / 変異: D238-T240 deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0565 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -MAGIC / 参照: UniProt: Q9KM24
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Thiocyanate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→45 Å / Num. obs: 36860 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1783 / Rpim(I) all: 0.45 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R7Q
解像度: 1.98→44.07 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 1762 4.79 %random
Rwork0.1959 ---
obs0.1982 36789 93.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→44.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3406 0 22 108 3536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0494779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6121278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.010.3409940.30071603X-RAY DIFFRACTION57
2.01-2.070.33481440.28322744X-RAY DIFFRACTION94
2.07-2.140.30541440.26572800X-RAY DIFFRACTION96
2.14-2.220.30481360.25382801X-RAY DIFFRACTION97
2.22-2.30.31531310.23862833X-RAY DIFFRACTION97
2.3-2.410.27891410.22682762X-RAY DIFFRACTION96
2.41-2.540.31131370.22192871X-RAY DIFFRACTION98
2.54-2.70.27121260.22582847X-RAY DIFFRACTION97
2.7-2.90.26421360.23442792X-RAY DIFFRACTION97
2.9-3.20.30361470.22992785X-RAY DIFFRACTION96
3.2-3.660.25031470.20042786X-RAY DIFFRACTION96
3.66-4.610.19561350.15932682X-RAY DIFFRACTION92
4.61-44.070.1931440.14932721X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1879-0.502-0.8598.723-1.87489.29690.2380.34340.2002-0.7245-0.02560.2041-0.11130.3821-0.17840.49660.01050.0360.3113-0.03760.3942-6.017721.6688-17.3804
25.8887-3.73042.61533.4437-3.52744.53810.1909-0.44080.54470.6728-0.1383-0.2352-0.5492-0.04620.00650.5033-0.07010.11980.4188-0.04110.4421-1.099214.97484.089
34.9483-4.095-0.74833.45371.42172.35890.56950.86280.2798-1.4006-0.5621-0.4636-0.4275-0.0649-0.18450.55170.08290.13310.44410.13380.4775.4803-9.1387-1.9857
42.0551-2.27141.12369.9440.27018.21430.04750.5948-0.4312-0.67860.0191-0.09580.81820.2258-0.34450.3905-0.0219-0.02190.52980.00570.360211.6796-27.80470.3139
54.6958-3.4953-1.47986.69510.06514.72140.0137-0.05570.32260.27590.0107-0.6076-0.16820.2236-0.00580.2439-0.0444-0.01960.31940.03520.3388.3175-15.186110.92
62.50940.4049-0.21284.4385-6.45389.36930.1720.0881-0.0064-0.33920.31460.6522-0.0161-0.2988-0.24730.40370.0210.03330.31540.02870.4932-5.136-0.09673.4011
71.9906-0.48393.11235.89310.50847.86430.3675-0.0914-0.5791-0.0541-0.1063-0.03320.3078-0.202-0.24140.39770.02570.09330.28180.02540.3455-3.988213.4426-2.7171
82.0585-2.70022.72023.9061-3.96314.03550.028-0.4441-0.0804-0.08450.40161.29950.0303-1.3143-0.41510.48750.00770.01740.4884-0.03110.5511-15.704419.063-8.2036
94.2709-0.47231.50077.3221-3.13553.9006-0.39130.7508-0.7731-1.3762-0.26830.43721.32150.02730.34530.766-0.02760.09160.3698-0.04620.6522-11.37366.6216-14.348
102.25543.2659-3.69138.3459-2.61669.4640.141-0.75771.04651.20980.31940.6398-0.3704-0.7597-0.4860.52550.01980.13510.50430.00130.5229-9.1614-10.7014-18.4002
113.78793.6882-1.63886.9278-4.91064.0667-0.25910.1778-0.2621-0.5430.007-0.39360.69440.13530.18010.61890.09160.08350.3011-0.03050.425-1.5297-17.52-28.7907
122.23331.07970.09274.3485-0.37282.56670.0181-0.07450.16840.2716-0.00370.0925-0.04930.0055-0.08790.29750.07450.11780.34450.02830.344610.669814.0058-42.9552
133.43141.1285-1.02851.2925-2.12783.75160.0510.02540.1626-0.01740.11390.3140.1963-0.0897-0.10160.48820.02260.09060.29510.00540.456-5.5464-9.4345-30.1572
144.4773-4.23354.70384.0083-4.4214.91250.2820.9599-0.1471-0.6796-0.21710.29140.23920.304-0.21490.67190.07740.09390.46080.03050.4772-8.784412.6166-16.9271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 108 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 109 through 163 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 164 through 193 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 194 through 217 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 218 through 227 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 228 through 239 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 240 through 251 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 37 through 68 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 69 through 176 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 177 through 239 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 240 through 251 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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