PDB-7kb3: The structure of a sensor domain of a histidine kinase (VxrA) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kb3

タイトル

The structure of a sensor domain of a histidine kinase (VxrA) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961, 2nd form

要素

Sensor histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / VxrA / Two-component system / histidine kinase / sensor domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2021
タイトル: Sensor Domain of Histidine Kinase VxrA of Vibrio cholerae - A Hairpin-swapped Dimer and its Conformational Change.
著者: Tan, K. / Teschler, J.K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Zhou, M. / Shuvalova, L.A. / Endres, M.J. / Welk, L.F. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Yildiz, F.H. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2020年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年12月25日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kb3.cif.gz	365.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kb3.ent.gz	300.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kb3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kb3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4r7qSC 7kb7C 7kb9C 7la6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ca6-d 1yrg-d 6hdu-d 4uso-d 2iey-3 6bsx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP04043

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Sensor histidine kinase

B: Sensor histidine kinase

C: Sensor histidine kinase

D: Sensor histidine kinase

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sensor histidine kinase

B: Sensor histidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sensor histidine kinase

D: Sensor histidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.085, 116.677, 120.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Sensor histidine kinase 分子量: 24878.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0565 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KM24

-
非ポリマー , 6種, 165分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.52 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate:HCl, 1.5 M ammonium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月16日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→42 Å / Num. obs: 75884 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.028 / Χ²: 0.711 / Net I/σ(I): 25.9
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 3763 / CC_1/2: 0.716 / R_pim(I) all: 0.431 / Χ²: 0.453 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R7Q

4r7q

解像度: 2.25→41.07 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2266	3721	4.93 %	random
R_work	0.2049	-	-	-
obs	0.206	75414	99.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→41.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6866	0	105	128	7099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	7150
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.455	9715
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.365	2579
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1057
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1259

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.3273	116	0.3017	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.31	0.3346	126	0.2865	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.3326	146	0.2821	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.2984	116	0.2759	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.41	0.2996	143	0.2709	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.45	0.257	129	0.2497	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.49	0.2978	132	0.2641	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.53	0.2726	158	0.2677	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.58	0.3128	147	0.2643	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.63	0.3164	145	0.2675	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.2971	113	0.24	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-2.74	0.2655	119	0.2582	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.8	0.295	124	0.2583	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.87	0.2619	130	0.2599	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.95	0.3199	132	0.2622	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.03	0.2991	130	0.2512	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.13	0.3169	140	0.2557	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.24	0.3003	126	0.2525	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
3.24-3.37	0.2717	134	0.2401	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
3.37-3.53	0.2725	137	0.2256	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.53-3.71	0.2395	170	0.2084	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.95	0.1876	174	0.1902	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.25	0.1898	155	0.1667	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.68	0.1714	161	0.1596	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.35	0.1839	149	0.1591	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
5.35-6.74	0.2095	134	0.1879	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
6.74-41.07	0.163	135	0.1594	2841	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9676	-4.0581	1.2795	4.144	-1.3506	2.1801	0.1294	-0.8442	0.3042	1.1935	0.3052	-1.9048	0.0825	1.5151	-0.3519	0.5906	0.0417	-0.1193	0.7124	-0.0538	0.7069	31.6185	24.7003	34.0908
2	9.0123	5.0322	0.5055	8.8378	-0.9539	2.9076	0.257	-1.1326	-0.2821	1.3624	-0.4103	-0.6774	0.3198	-0.0035	0.0429	0.8355	0.0703	-0.1241	0.5587	0.132	0.4796	16.5204	10.5734	43.3652
3	3.0681	0.5067	3.1909	0.2904	0.3457	3.157	0.1377	0.3791	-0.016	-0.3062	0.0887	0.1194	0.2283	0.1389	-0.1101	0.5937	0.0161	0.0375	0.4832	0.0888	0.5141	-1.8342	9.8194	25.0646
4	6.4953	-2.1607	-3.1069	9.7263	0.2805	5.2031	0.5996	0.4793	-0.1765	-0.7207	-0.4283	1.1963	0.0933	-0.8071	-0.1351	0.5366	-0.0385	-0.2223	0.6496	0.1258	0.6546	-18.3136	4.9708	16.3964
5	2.6902	0.8222	1.4611	4.2258	1.7451	3.9974	0.1559	-0.5114	-0.1996	0.6037	-0.0684	0.4745	0.4359	-0.2819	-0.0617	0.5642	-0.0164	0.1199	0.4646	0.0881	0.4909	-9.8231	3.0109	32.3254
6	4.3806	0.8112	-4.3441	4.9969	-1.4088	4.4653	0.5073	-0.0053	0.9102	0.3542	-0.0858	0.4378	-0.7148	-0.5389	-0.3485	0.599	-0.0077	-0.0036	0.4976	0.0208	0.519	6.1904	15.9158	35.9582
7	6.1543	4.9061	0.08	7.7338	2.2938	4.8894	0.0265	-0.3239	0.1239	0.8219	-0.1658	-0.2769	0.0523	0.2145	0.1959	0.5153	0.1181	-0.0846	0.4329	0.0706	0.4293	18.3794	21.7459	38.6692
8	5.9859	2.4345	-0.9441	2.4279	2.4518	7.2472	-0.0215	-1.1883	0.7988	1.1378	0.2253	-0.3202	0.4068	-0.1841	-0.2466	0.6994	0.0991	0.0209	0.6744	0.0981	0.715	5.1886	35.0564	12.4751
9	2.0927	1.1544	-1.0193	6.5355	-4.8512	3.5927	0.2446	0.3536	0.8971	0.1919	0.2503	1.3894	-1.0797	-1.1868	-0.6756	0.514	0.15	0.0579	0.593	0.1707	0.735	-3.9738	41.5364	5.6939
10	3.9018	-0.8438	1.7002	7.1677	-1.4042	5.5759	-0.0492	0.8686	0.0571	-0.336	0.1278	0.8534	-0.3479	-0.6488	-0.0746	0.7373	0.053	0.0717	0.8186	-0.0264	0.5578	3.9123	26.9183	-10.5515
11	2.1848	-1.8489	2.7916	4.5546	-1.4961	4.6989	0.329	0.2361	-0.6074	-0.1547	0.0226	-0.5363	1.1019	0.1602	-0.3058	1.0821	0.2267	0.1374	0.69	-0.1249	1.1022	22.5699	1.1792	3.505
12	2.1742	-2.2237	1.6126	6.865	-1.606	1.0978	0.0124	0.8724	-0.5418	-1.4527	-0.4673	-0.0644	1.1587	0.279	0.4271	1.4534	0.3581	0.152	1.0807	-0.3178	1.0041	21.3189	2.8462	-8.8813
13	4.2638	-2.8014	-1.9345	7.3175	1.7243	3.6793	0.1591	0.5698	-0.0271	-0.7092	-0.1943	-0.3562	-0.0081	0.2667	0.0333	0.4834	0.0366	0.0469	0.6036	0.0511	0.4074	10.9537	29.3573	-2.6534
14	6.7702	-0.0031	-2.1089	6.3558	-1.7003	2.3653	-0.0587	1.1944	1.733	-0.8883	0.0324	-0.2068	-0.7759	0.0899	0.0663	0.7351	0.0618	-0.0373	0.6691	0.176	0.7134	21.4171	27.1722	26.7794
15	7.9853	0.7791	-3.5511	7.6068	-2.9047	5.8386	-0.3583	0.4782	0.4357	-0.6772	0.1693	0.5482	-0.0155	-0.3529	0.258	0.4683	-0.0647	-0.1311	0.5412	0.0572	0.4262	-9.9855	23.6061	4.0428
16	3.268	2.6894	1.6508	7.9784	5.2839	7.1444	-0.1495	-0.0743	0.6121	-0.201	-0.2347	1.0651	-0.4022	-0.6627	0.4573	0.4048	0.0796	-0.0243	0.5067	0.003	0.7135	-14.8974	36.2078	21.1256
17	5.6033	2.0302	3.2215	3.0568	0.2386	2.2033	-0.2544	0.41	-0.125	0.1041	0.2365	-0.5362	0.0079	0.3055	-0.0172	0.533	0.0422	0.0003	0.4872	-0.0595	0.5523	7.4639	36.8743	33.41
18	5.7406	0.2263	-1.8961	6.2986	0.2473	6.6311	-0.1815	-1.2786	0.3579	1.1804	-0.0909	-0.6944	-0.0104	0.7331	0.3072	1.0108	0.1049	-0.4032	0.8308	-0.0682	0.8067	19.2928	41.1525	48.0102
19	4.9055	-0.1662	-0.8736	6.6501	1.1286	3.7735	0.1675	-0.6841	0.2544	1.209	0.0138	-0.0006	0.133	-0.1077	-0.1924	0.6869	-0.0026	-0.0016	0.4783	-0.0798	0.3551	4.4328	45.4768	45.0081
20	3.959	2.1569	2.8304	6.1333	2.1789	2.7631	0.3842	-0.4902	-0.2049	0.817	-0.2751	0.4603	0.938	-0.5668	-0.0605	0.4967	-0.068	0.0424	0.418	-0.0052	0.4286	-5.8672	31.4694	32.3937
21	4.1243	4.5573	2.7914	8.5333	5.3117	5.8511	0.116	0.0217	0.1028	0.2971	-0.1412	0.7158	0.1934	-0.2434	0.0129	0.3642	0.0459	-0.0471	0.4381	0.0381	0.5328	-12.0104	26.7325	17.3161
22	6.7057	-0.32	5.2348	1.6733	-1.7139	8.554	0.2141	0.2883	-1.2054	0.1913	-0.0085	-0.5044	0.2369	1.2979	-0.3011	0.3855	0.0237	-0.0381	0.5477	0.0376	0.5986	2.2448	17.2951	17.02
23	6.3145	-1.1259	-1.5275	8.1607	0.923	7.8322	0.1829	-0.1313	-1.443	-0.2439	-0.2301	0.1008	1.2674	0.2734	0.0735	0.6688	0.137	0.0224	0.4732	0.1301	0.8739	21.4399	11.4949	20.9375
24	6.51	-0.0628	1.7845	6.3854	6.105	6.8855	0.525	-0.2723	-1.2719	0.8011	-0.4175	0.1313	1.0808	0.1002	-0.0188	0.8503	0.2391	0.0503	0.6111	0.1796	0.9466	26.029	6.3718	29.1317
25	0.6417	1.334	-0.3488	3.6206	-0.7812	2.0939	-0.0254	-0.3263	-0.2636	0.2564	-0.0023	-0.3263	0.027	0.32	0.0501	0.3998	0.0526	0.1501	0.6306	0.0733	0.6061	31.4191	30.287	13.4394
26	8.3853	2.9934	-2.1494	5.9513	-3.767	6.3012	0.2456	0.6238	1.5064	-0.132	-0.2696	0.2984	-0.8382	-0.3002	-0.1005	0.7479	0.1356	0.1176	0.7209	0.2039	1.0477	15.9611	54.5741	0.0683
27	5.6975	-2.8378	-0.7491	6.1368	0.613	5.2983	0.0861	0.181	0.5606	-0.0315	-0.0048	-0.3819	-0.5876	0.163	-0.0819	0.4573	-0.0469	0.1419	0.4188	0.0389	0.5214	30.6242	49.4805	3.7778
28	0.774	1.2957	-1.8148	5.1823	-3.9745	6.8245	-0.089	-0.1452	-0.3605	-0.3053	-0.2596	-0.5983	0.5735	0.5856	0.2955	0.3657	0.0842	0.1025	0.5467	0.0484	0.6901	32.8234	24.3492	11.2117
29	7.0272	1.6945	-0.6591	7.7327	-1.7972	7.3983	0.1285	0.2264	-0.8811	-1.1037	-0.2012	-0.5429	1.3248	0.3779	0.3389	0.7677	0.1974	0.1412	0.4949	-0.0282	0.7275	26.9056	8.1434	15.6845
30	9.3329	-1.7206	-5.3174	2.4643	1.7538	3.4574	-0.0925	0.6489	-0.0248	-0.24	0.4408	-0.5717	1.1866	0.2442	-0.4109	0.5564	0.0422	-0.0838	0.6267	-0.0162	0.5727	0.5101	20.3768	10.5108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 36 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 176 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 177 through 193 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 194 through 237 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 238 through 254 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 35 through 50 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 51 through 68 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 69 through 122 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 123 through 163 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 164 through 237 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 238 through 254 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 38 through 50 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 51 through 68 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 69 through 87 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 88 through 108 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 109 through 163 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 164 through 193 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 194 through 227 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 228 through 242 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 243 through 254 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 35 through 49 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 50 through 87 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 88 through 108 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 109 through 163 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 164 through 217 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 218 through 237 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 238 through 254 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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