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- PDB-7k72: Structure of DNA ligase A from Mycobacterium tuberculosis bound to NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k72
タイトルStructure of DNA ligase A from Mycobacterium tuberculosis bound to NAD
要素DNA ligase A
キーワードLIGASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / peptidoglycan-based cell wall / DNA replication / DNA repair / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation ...DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DNA ligase A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of DNA ligase A from Mycobacterium tuberculosis bound to NAD
著者: Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase A
B: DNA ligase A
C: DNA ligase A
D: DNA ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,78424
ポリマ－151,2414
非ポリマー3,54320
水14,538807
1
A: DNA ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6806
ポリマ－37,8101
非ポリマー8705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7997
ポリマ－37,8101
非ポリマー9886
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6405
ポリマ－37,8101
非ポリマー8304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6656
ポリマ－37,8101
非ポリマー8555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.940, 63.810, 120.730
Angle α, β, γ (deg.)96.220, 89.550, 111.970
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 18 through 19 or (resid 20...
21(chain B and (resid 18 through 29 or (resid 30...
31(chain C and (resid 18 through 29 or (resid 30...
41(chain D and (resid 18 through 22 or (resid 23...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 18 through 19 or (resid 20...A18 - 19
121(chain A and (resid 18 through 19 or (resid 20...A20
131(chain A and (resid 18 through 19 or (resid 20...A17 - 334
141(chain A and (resid 18 through 19 or (resid 20...A17 - 334
151(chain A and (resid 18 through 19 or (resid 20...A17 - 334
161(chain A and (resid 18 through 19 or (resid 20...A17 - 334
211(chain B and (resid 18 through 29 or (resid 30...B18 - 29
221(chain B and (resid 18 through 29 or (resid 30...B30
231(chain B and (resid 18 through 29 or (resid 30...B18 - 334
241(chain B and (resid 18 through 29 or (resid 30...B18 - 334
251(chain B and (resid 18 through 29 or (resid 30...B18 - 334
261(chain B and (resid 18 through 29 or (resid 30...B18 - 334
311(chain C and (resid 18 through 29 or (resid 30...C18 - 29
321(chain C and (resid 18 through 29 or (resid 30...C30
331(chain C and (resid 18 through 29 or (resid 30...C17 - 334
341(chain C and (resid 18 through 29 or (resid 30...C17 - 334
351(chain C and (resid 18 through 29 or (resid 30...C17 - 334
361(chain C and (resid 18 through 29 or (resid 30...C17 - 334
411(chain D and (resid 18 through 22 or (resid 23...D18 - 22
421(chain D and (resid 18 through 22 or (resid 23...D23
431(chain D and (resid 18 through 22 or (resid 23...D17 - 334
441(chain D and (resid 18 through 22 or (resid 23...D17 - 334
451(chain D and (resid 18 through 22 or (resid 23...D17 - 334
461(chain D and (resid 18 through 22 or (resid 23...D17 - 334

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
DNA ligase A / LigA / Polydeoxyribonucleotide synthase [NAD(+)]


分子量: 37810.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ligA, lig, Rv3014c, MTV012.28c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNV1, DNA ligase (NAD+)

-
非ポリマー , 5種, 827分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus A12 +4 mM NAD (BSI1606) 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M of each divalent cation (0.3 M magnesium chloride, 0.3 M calcium chloride), 0.1 M bicine/Trizma ...詳細: Morpheus A12 +4 mM NAD (BSI1606) 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M of each divalent cation (0.3 M magnesium chloride, 0.3 M calcium chloride), 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, cryo: direct, MytuD.17946.a.B2.PS38127 at 21.72mg/ml, cryo: direct, tray: 289017A12, puck ydo7-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→44.59 Å / Num. obs: 86267 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.937 % / Biso Wilson estimate: 37.983 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 14.18 / Num. measured all: 339637 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.13.9820.5932.3924988646662750.7840.68597
2.1-2.163.9770.4842.9624536633961700.8360.55997.3
2.16-2.223.9740.3733.9223981621160350.8980.43197.2
2.22-2.293.9750.3074.6523104596058130.9280.35597.5
2.29-2.373.970.2675.3722572582656860.9470.30997.6
2.37-2.453.9690.2276.2521803561454930.960.26397.8
2.45-2.543.960.1827.7321000540853030.9690.21198.1
2.54-2.653.9630.159.1320273521651160.9790.17498.1
2.65-2.763.9570.1211.0819306496848790.9880.13998.2
2.76-2.93.9320.08914.4418670482647480.9930.10398.4
2.9-3.063.9320.07317.4217543452844620.9940.08498.5
3.06-3.243.9230.05820.7716657430042460.9960.06798.7
3.24-3.473.9090.04625.1615524401739710.9970.05398.9
3.47-3.743.890.0428.3314513376737310.9980.04699
3.74-4.13.8770.03631.7613240345834150.9980.04198.8
4.1-4.583.8780.03134.4412092314231180.9980.03699.2
4.58-5.293.8510.03134.610539275327370.9980.03699.4
5.29-6.483.8550.03433.718928233123160.9970.03999.4
6.48-9.173.8170.02836.536798178617810.9980.03399.7
9.17-44.593.6730.02939.9235709849720.9970.03498.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SGI

3sgi


解像度: 2.05→44.59 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 1912 2.22 %
Rwork0.1683 84345 -
obs0.1691 86257 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.61 Å2 / Biso mean: 39.4182 Å2 / Biso min: 14.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→44.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9912 0 227 807 10946
Biso mean--32.28 39.94 -
残基数----1271
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5435X-RAY DIFFRACTION6.953TORSIONAL
12B5435X-RAY DIFFRACTION6.953TORSIONAL
13C5435X-RAY DIFFRACTION6.953TORSIONAL
14D5435X-RAY DIFFRACTION6.953TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10.26381410.23215926606797
2.1-2.160.24771300.21625981611197
2.16-2.220.25371450.19925982612797
2.22-2.290.24191690.18435914608398
2.29-2.380.2281290.18026012614198
2.38-2.470.22861520.18295993614598
2.47-2.580.22581060.18166055616198
2.58-2.720.24341270.18726053618098
2.72-2.890.28291460.18726024617098
2.89-3.110.21721500.18146020617099
3.11-3.430.19011310.16426113624499
3.43-3.920.16971220.14886067618999
3.92-4.940.1781250.13456104622999
4.94-44.590.17071390.16426101624099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.031-0.08560.29173.06510.33021.9666-0.03740.1070.17570.13750.06840.1718-0.16430.0189-0.05360.2538-0.03920.01710.33280.04270.1844.2344.7828-46.0142
22.2549-0.069-0.55872.99770.18512.57-0.00160.15080.34-0.01160.1034-0.1817-0.49410.3471-0.09770.2873-0.0942-0.00690.38730.04810.254910.69958.3942-52.2136
33.30280.46431.04582.05790.30622.3761-0.11750.3580.2305-0.30630.0986-0.2189-0.29930.69260.01590.3735-0.0740.0050.62460.00560.226324.613253.2067-77.9337
42.53110.15421.07421.89290.69863.52270.13530.1432-0.25760.0695-0.02350.03760.3690.0533-0.0990.2911-0.05020.01710.3488-0.00690.20918.073436.7291-62.5891
52.68530.7505-0.55392.3392-0.71282.2688-0.16070.5246-0.1534-0.31740.250.10440.1335-0.3772-0.09060.23880.00390.00560.2673-0.03050.1768-6.6029-13.1953-18.0297
64.1578-0.03-0.0982.315-0.30581.46880.01390.06570.07020.01420.07730.33680.0374-0.3098-0.08560.23330.019-0.0080.1798-0.01180.229-9.9035-2.85630.5528
71.74190.87670.03942.9982-0.69422.5788-0.00940.0135-0.00860.0882-0.0351-0.326-0.13240.21290.0570.16650.0422-0.02750.1398-0.02330.260310.8113-2.1786-1.9449
82.41230.6039-0.20391.7560.22751.1330.04170.01660.38130.04460.02560.1297-0.2069-0.0554-0.04260.22330.04240.01360.1292-0.01750.2804-7.33822.77063.4891
92.19260.3025-0.95343.4604-0.14734.3280.1584-0.23560.25110.52550.06590.1909-0.2973-0.3527-0.20250.3243-0.0148-0.00850.3258-0.00880.20210.725141.352723.5815
103.5511-0.95580.89143.16970.02621.49110.05910.01610.20940.0331-0.09530.0966-0.0647-0.17120.04440.21210.00080.02130.1737-0.0090.20766.529634.35743.982
112.44650.2189-0.58113.24920.61532.42860.0412-0.297-0.33860.5739-0.0426-0.15150.55770.14110.07470.37780.01-0.08220.19420.02340.273118.481119.215213.1115
122.7082-0.1581.08222.93930.71872.14880.2155-0.168-0.24390.0972-0.11630.25670.2564-0.228-0.06730.1889-0.0175-0.02230.14860.00060.22485.684727.66821.6103
134.1068-0.6642-0.02283.95391.83234.81370.06170.1015-0.38590.37630.0409-0.09860.48280.647-0.11210.34880.02510.00110.47060.00410.213111.0225-11.3553-34.2805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 66 through 226 )C66 - 226
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 227 through 334 )C227 - 334
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 17 through 92 )D17 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 93 through 334 )D93 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 17 through 92 )A17 - 92
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 93 through 142 )A93 - 142
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 143 through 246 )A143 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 247 through 334 )A247 - 334
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 18 through 92 )B18 - 92
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 93 through 142 )B93 - 142
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 143 through 239 )B143 - 239
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 240 through 334 )B240 - 334
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 17 through 65 )C17 - 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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