PDB-7k6h: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k6h

タイトル

Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bound to XMD8-92

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

GENE REGULATION / BET / ERK5 / dual BRD-kinase inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Karim, M.R. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors.
著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E.

履歴

登録	2020年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k6h.cif.gz	117 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k6h.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7k6h_validation.pdf.gz	701.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k6h_full_validation.pdf.gz	702.6 KB	表示
XML形式データ	7k6h_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	7k6h_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/7k6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/7k6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v67C 5vboC 5vbpC 5vbqC 5vbrC 7bjyC 7k6gSC 7ko0C 7l6dC 7l72C 7l73C 7l9gC 7l9jC 7l9kC 7l9lC 7lahC 7laiC 7lajC 7lakC 7lauC 7layC 7lazC 7lb4C 7lbtC 7lejC 7lekC 7lelC 7lemC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4clb-d 6tpx-d 4mr3-d 5oww-3 5d3j-d 5o97-d 6xv3-2 5wmg-d 6mau-d 4o74-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.820, 52.030, 57.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-4WG / 2-{[2-ethoxy-4-(4-hydroxypiperidin-1-yl)phenyl]amino}-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one 分子量: 474.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₀N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→28.635 Å / Num. obs: 20618 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.999 % / B_iso Wilson estimate: 16.68 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 0.985 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 144304

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54	7.059	0.096	15.63	10695	1515	1515	0.992	0.104	100
1.54-1.58	7.048	0.091	16.01	10184	1445	1445	0.991	0.098	100
1.58-1.63	7.048	0.09	16.65	10001	1420	1419	0.992	0.097	99.9
1.63-1.68	7.08	0.086	17.56	9898	1398	1398	0.992	0.093	100
1.68-1.73	7.081	0.083	17.92	9397	1327	1327	0.993	0.089	100
1.73-1.79	7.062	0.084	18.2	9216	1305	1305	0.992	0.091	100
1.79-1.86	7.097	0.084	18.94	8935	1259	1259	0.993	0.091	100
1.86-1.94	7.099	0.083	19.36	8576	1208	1208	0.99	0.089	100
1.94-2.02	7.138	0.08	19.75	8259	1157	1157	0.993	0.086	100
2.02-2.12	7.076	0.082	19.85	7826	1107	1106	0.993	0.089	99.9
2.12-2.24	7.085	0.084	20.1	7588	1072	1071	0.99	0.091	99.9
2.24-2.37	7.067	0.095	19.99	7166	1015	1014	0.986	0.103	99.9
2.37-2.54	7.04	0.1	20.21	6688	950	950	0.985	0.109	100
2.54-2.74	6.949	0.113	20.07	6282	904	904	0.986	0.122	100
2.74-3	6.883	0.117	20.02	5630	820	818	0.985	0.127	99.8
3-3.35	6.841	0.117	20.01	5090	744	744	0.984	0.126	100
3.35-3.87	6.752	0.113	19.94	4517	669	669	0.982	0.122	100
3.87-4.74	6.716	0.111	19.87	3929	585	585	0.983	0.12	100
4.74-6.71	6.463	0.115	19.42	2915	452	451	0.984	0.125	99.8
6.71-28.635	5.538	0.109	17.77	1512	277	273	0.978	0.119	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12-2829_2829	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7K6G

7k6g

解像度: 1.5→28.635 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 18.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	1031	5 %
R_work	0.1649	19582	-
obs	0.1662	20613	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.86 Å² / B_iso mean: 29.6633 Å² / B_iso min: 10.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→28.635 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1059	0	65	123	1247
B_iso mean	-	-	28.92	38.14	-
残基数	-	-	-	-	127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.871	1603
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	165
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	207
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.673	724

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.5-1.5791	0.2276	145	0.177	2754
1.5791-1.678	0.2075	145	0.1682	2757
1.678-1.8076	0.2219	144	0.1752	2745
1.8076-1.9895	0.1856	147	0.1664	2777
1.9895-2.2772	0.1741	146	0.1539	2786
2.2772-2.8686	0.1764	148	0.1726	2812
2.8686-28.635	0.1928	156	0.1612	2951

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2405	1.6156	1.5896	2.1809	2.0348	1.9913	-0.0048	0.5526	-0.0935	-0.2304	-0.1471	0.2847	-0.4002	-0.426	0.1096	0.2966	0.0986	0.0145	0.2268	0.0593	0.2016	-18.3161	11.4003	-23.1907
2	5.8846	-2.3609	5.2649	1.5221	-2.3539	4.891	0.0352	0.5023	0.0192	-0.1974	-0.107	-0.0426	0.1953	0.4784	0.0789	0.1242	-0.0129	0.0179	0.127	-0.0034	0.1831	1.5461	0.8417	-25.6351
3	3.8078	-1.4612	-5.7174	3.6461	3.1277	8.8529	-0.3551	-0.7315	-0.4432	0.2161	0.1227	0.1481	0.7109	0.4297	0.1584	0.1655	0.0305	0.0243	0.1531	0.0297	0.2	-3.174	0.908	-10.5939
4	8.114	-4.1326	2.9311	2.4574	-0.9253	2.0505	-0.1518	-0.8584	-0.1946	0.5193	0.3008	0.1342	-0.084	-0.2911	-0.1164	0.183	0.0014	0.0325	0.1729	0.0278	0.1511	-10.4728	5.7535	-4.6808
5	3.9873	-4.7277	-0.0536	5.9364	-0.1147	1.9118	-0.3573	-0.7324	-0.3454	0.6173	0.5675	0.8309	-0.2902	-0.93	-0.1245	0.1893	0.0987	0.0622	0.3548	0.0258	0.2341	-21.3234	13.6465	-11.9328
6	4.5935	-3.733	-2.7725	4.2212	3.5558	4.6687	0.0612	0.1157	0.0449	-0.1922	-0.0912	0.0442	-0.2292	-0.1784	0.0423	0.0987	-0.0019	-0.0125	0.0991	0.0119	0.1157	-9.041	9.9969	-20.8482
7	6.7478	-6.1001	-6.9429	5.5778	6.5161	7.7502	0.2289	-0.0139	0.2367	-0.2763	0.0618	-0.3544	-0.2744	0.1127	-0.3143	0.1191	-0.0143	0.0007	0.1	-0.0028	0.1664	-4.152	14.817	-15.5127
8	5.7488	-4.4919	-5.675	5.8972	4.5712	7.9265	-0.0247	-0.3814	0.1844	0.0766	0.2703	-0.4641	0.1718	0.4647	-0.1052	0.1267	-0.0286	-0.0225	0.1184	-0.0031	0.1806	-0.3019	11.001	-8.0287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 51 )	A	42 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 68 )	A	52 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 76 )	A	69 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 83 )	A	77 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 96 )	A	84 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 97 through 121 )	A	97 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 122 through 139 )	A	122 - 139
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 140 through 168 )	A	140 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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