PDB-7k4r: Crystal structure of Kemp Eliminase HG3 K50Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k4r

タイトル

Crystal structure of Kemp Eliminase HG3 K50Q

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE / kemp elimination / directed evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Padua, R.A.P. / Otten, R. / Bunzel, A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D.

資金援助

米国,

スイス, 11件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-FG02-05ER15699	米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation	DRG-2114-12	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-76SF00515	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM103393	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30 GM124169	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-05CH11231	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD021832	米国
Swiss National Science Foundation		スイス
Other government		スイス
National Science Foundation (NSF, United States)	BioXFEL STC (1231306)	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: How directed evolution reshapes the energy landscape in an enzyme to boost catalysis.
著者: Otten, R. / Padua, R.A.P. / Bunzel, H.A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D.

履歴

登録	2020年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k4r.cif.gz	237.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k4r.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7k4r_validation.pdf.gz	418.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k4r_full_validation.pdf.gz	420.4 KB	表示
XML形式データ	7k4r_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	7k4r_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k4pC 7k4qC 7k4sC 7k4tC 7k4uC 7k4vC 7k4wC 7k4xC 7k4yC 7k4zC 4bs0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tu6-14 7k4u-d 3hn0-2 6giv-d 3bgz-d 6hxf-4 5rg9-2 5bmm-2 3umx-d 5vua-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.258, 61.002, 81.632
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase / Xylanase / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase / TAXI 分子量: 33199.301 Da / 分子数: 1 / 変異: K50Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 遺伝子: XYNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.03 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate and 5% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→37.85 Å / Num. obs: 34365 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.72 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.82
反射シェル	解像度: 1.57→1.626 Å / Num. unique obs: 3369 / CC_1/2: 0.322

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
Aimless		data processing
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bs0

4bs0

解像度: 1.57→37.85 Å / SU ML: 0.1787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.9016
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	2000	5.82 %
R_work	0.1681	32363	-
obs	0.17	34363	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→37.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2318	0	0	383	2701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	2580
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7894	3551
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0521	397
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	477
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.0787	369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.61	0.3225	142	0.3044	2299	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.65	0.2926	139	0.2898	2246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.7	0.2892	141	0.2762	2288	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.76	0.3069	141	0.2547	2282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.82	0.2779	141	0.2296	2282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.89	0.2289	141	0.1942	2270	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.89-1.98	0.2014	141	0.1742	2290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.08	0.2123	142	0.1597	2301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.21	0.1774	143	0.1479	2302	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.38	0.1584	141	0.1412	2305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.62	0.1851	144	0.1461	2326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-3	0.1971	146	0.1508	2339	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.78	0.1973	144	0.1366	2358	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.78-37.85	0.1503	154	0.1428	2475	X-RAY DIFFRACTION	99.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.08460123822	-0.928414618505	1.38319527201	3.64958594939	-2.54143367947	5.97265459996	0.0292069813291	-0.0490489368457	0.0477687469868	0.0851462450994	-0.134142747074	-0.397739081337	0.369743951513	0.417110675083	0.054775186741	0.144247451818	0.0117427267499	-0.00384644728022	0.140784526513	-0.010397352665	0.166003245863	28.2434812203	-0.932353759605	3.52972257477
2	0.898670581265	-0.214680840628	0.166406376764	0.636217159073	-0.0978436084018	1.71255405105	-0.021008525226	-0.161066178387	0.0459030582246	0.111959092599	0.0518874890718	0.0083645225317	-0.0545337254543	-0.113598366836	-0.0104711652193	0.117763483518	0.00490116455721	-0.00858217781642	0.0984688225447	-0.00385118791694	0.0773790015792	20.0437105709	1.45571001377	13.4172658767
3	3.02220504345	-0.216051373072	-0.379974342922	0.299150586162	0.024726410703	0.353585587768	0.055370239322	-0.239553682368	0.115022343443	0.0555855865543	-0.0266515483311	0.00419591614321	0.00109260698633	-0.0187833925562	-0.0220331893476	0.112890864931	0.000358180253847	-0.0021171523577	0.130222191042	-0.00855280925995	0.086062187302	8.55303911382	9.3161250879	21.81936908
4	0.4986811057	0.247091305259	-0.00171407282938	0.175060439233	-0.0923003728694	0.333015537346	0.0779845724425	-0.0365297131275	-0.085023496098	-0.00746170991699	-0.012546735812	0.0184203402576	0.045608131229	-0.0932050479903	-0.0689162040679	0.128860053234	-0.00876889783606	0.0062464840881	0.13638730486	-0.00227008273244	0.0982895934611	-1.0801970867	5.73136384214	17.118454784
5	1.20255305425	0.226922864997	-0.279006354735	0.435447405855	0.232120626563	0.650331096213	-0.0102306548758	-0.0183691086549	0.0672315069251	-0.0085670004146	-0.00463165240945	0.0344986240992	0.0101674752956	-0.0125609867591	0.0115928219354	0.0912448635737	0.0116050009251	0.0030186849816	0.077034989297	0.00585269917557	0.0949257393752	-3.02637181971	9.89432696228	11.5687421457
6	0.433259453582	-0.16610340924	0.0560875544087	1.48076436386	0.756518854396	0.966876621758	-0.00659479362088	0.0944268512909	-0.0032657822058	-0.0485369229755	-0.0135154468034	-0.010995009508	0.050919048567	0.0115121089046	0.0203926127333	0.108871277526	-0.00165346556795	0.00657805153161	0.0809668838852	0.00792773281756	0.0914365526637	-0.0355077437203	7.31962755077	3.48281491753
7	0.954957518459	-0.796683058296	-0.0314334769992	6.14368024277	-0.520320501273	0.781759948892	-0.0383652747066	0.0463308409299	-0.213623096398	-0.234929350788	0.0460669939186	0.330576839164	-0.0456067472084	-0.0754629089883	0.0141101412609	0.0956726675056	0.00255534122557	-0.0229239791339	0.0765337490867	0.00490507608053	0.107466507474	-4.9625547708	4.16181782621	-4.78388911245
8	1.04555656753	-0.677933116189	0.596252685484	0.656644858766	-0.196511705018	0.574289397948	0.0562934397	0.0436680136881	-0.0826059927088	-0.050174216583	-0.00249880428021	0.0292813741871	0.0169081357727	0.00992210230956	-0.0573505210265	0.102224472235	-0.0134420575713	6.00292862485E-5	0.0792009553713	0.00717703787699	0.083572862193	10.169065056	-2.52570405506	-0.537946762406
9	1.77820067536	0.0856127108192	-0.112111070202	1.89295910301	-0.18816601611	2.31667520397	-0.0325193905024	-0.112221433313	-0.058587800492	0.0254671640837	0.0459580030526	-0.123232995611	0.135237975115	0.0212698737638	-0.00355362821286	0.0837412224916	0.00316466003034	-0.00399554015106	0.0774480964711	0.0171615635866	0.0854268900076	21.0399225503	-10.3864604365	8.08972065856

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 100 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 149 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 150 through 181 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 182 through 196 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 197 through 270 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 271 through 303 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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