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- PDB-6hxf: Human STK10 bound to a maleimide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hxf
タイトルHuman STK10 bound to a maleimide inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity ...lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear body / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R70 / Serine/threonine-protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Salah, E. / Serafim, R.A.M. / Savitsky, P.A. / Krojer, T. / Bailey, H.J. / Pinkas, D. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Knapp, S. ...Sorrell, F.J. / Salah, E. / Serafim, R.A.M. / Savitsky, P.A. / Krojer, T. / Bailey, H.J. / Pinkas, D. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Knapp, S. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human STK10 bound to a maleimide inhibitor
著者: Sorrell, F.J. / Salah, E. / Serafim, R.A.M. / Elkins, J.M.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine/threonine-protein kinase 10
A: Serine/threonine-protein kinase 10
C: Serine/threonine-protein kinase 10
D: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,28017
ポリマ－138,1544
非ポリマー2,12613
水13,061725
1
B: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1856
ポリマ－34,5391
非ポリマー6475
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9723
ポリマ－34,5391
非ポリマー4342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9993
ポリマ－34,5391
非ポリマー4602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1235
ポリマ－34,5391
非ポリマー5854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.840, 101.670, 198.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 24 and (name N or name...
21(chain B and (resid 24 through 25 or (resid 26...
31(chain C and ((resid 24 and (name N or name...
41(chain D and (resid 24 through 25 or (resid 26...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AB249
12GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AB24 - 3139 - 298
13GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AB24 - 3139 - 298
14GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AB24 - 3139 - 298
15GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AB24 - 3139 - 298
21GLUGLUHISHIS(chain B and (resid 24 through 25 or (resid 26...BA24 - 259 - 10
22VALVALARGARG(chain B and (resid 24 through 25 or (resid 26...BA26 - 2811 - 13
23GLUGLUVALVAL(chain B and (resid 24 through 25 or (resid 26...BA24 - 3149 - 299
24GLUGLUVALVAL(chain B and (resid 24 through 25 or (resid 26...BA24 - 3149 - 299
25GLUGLUVALVAL(chain B and (resid 24 through 25 or (resid 26...BA24 - 3149 - 299
26GLUGLUVALVAL(chain B and (resid 24 through 25 or (resid 26...BA24 - 3149 - 299
31GLUGLUGLUGLU(chain C and ((resid 24 and (name N or name...CC249
32GLUGLUALAALA(chain C and ((resid 24 and (name N or name...CC24 - 3129 - 297
33GLUGLUALAALA(chain C and ((resid 24 and (name N or name...CC24 - 3129 - 297
34GLUGLUALAALA(chain C and ((resid 24 and (name N or name...CC24 - 3129 - 297
35GLUGLUALAALA(chain C and ((resid 24 and (name N or name...CC24 - 3129 - 297
41GLUGLUHISHIS(chain D and (resid 24 through 25 or (resid 26...DD24 - 259 - 10
42VALVALARGARG(chain D and (resid 24 through 25 or (resid 26...DD26 - 2811 - 13
43TYRTYRALAALA(chain D and (resid 24 through 25 or (resid 26...DD23 - 3128 - 297
44TYRTYRALAALA(chain D and (resid 24 through 25 or (resid 26...DD23 - 3128 - 297
45TYRTYRALAALA(chain D and (resid 24 through 25 or (resid 26...DD23 - 3128 - 297
46TYRTYRALAALA(chain D and (resid 24 through 25 or (resid 26...DD23 - 3128 - 297

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase 10 / Lymphocyte-oriented kinase


分子量: 34538.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK10, LOK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O94804, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-R70 / 3-(2-methoxyphenyl)-4-[[4-(phenylcarbonyl)phenyl]amino]pyrrole-2,5-dione


分子量: 398.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18N2O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.10M MgCl2; 0.1M TRIS pH 8.0; 20.0% PEG 6K; 10.0% EtGly

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9195 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→65.452 Å / Num. obs: 113868 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 34.15 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 6.4 % / Num. unique obs: 8335 / CC1/2: 0.579 / Rpim(I) all: 0.638 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.09 Å65.45 Å
Translation2.09 Å65.45 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ajq

5ajq


解像度: 2.09→65.452 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2191 5500 4.84 %
Rwork0.1903 --
obs0.1917 113731 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.59 Å2 / Biso mean: 49.7376 Å2 / Biso min: 18.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→65.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8852 0 153 725 9730
Biso mean--43.03 48.58 -
残基数----1151
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2850X-RAY DIFFRACTION14.057TORSIONAL
12B2850X-RAY DIFFRACTION14.057TORSIONAL
13C2850X-RAY DIFFRACTION14.057TORSIONAL
14D2850X-RAY DIFFRACTION14.057TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.09-2.11380.34541800.293601
2.1138-2.13860.29151690.27383562
2.1386-2.16470.27141840.25353581
2.1647-2.19210.29261860.24763511
2.1921-2.2210.30451740.24143630
2.221-2.25140.24291680.2453577
2.2514-2.28360.27112020.23863545
2.2836-2.31760.26531720.22723593
2.3176-2.35390.27841690.22033554
2.3539-2.39240.27121830.21683605
2.3924-2.43370.23961530.21413586
2.4337-2.4780.271930.21073578
2.478-2.52560.24191930.20183576
2.5256-2.57720.24861660.19763584
2.5772-2.63320.20341680.19033596
2.6332-2.69450.25652030.1893558
2.6945-2.76190.21712140.18583555
2.7619-2.83650.20831910.19053595
2.8365-2.920.21091880.19513601
2.92-3.01420.20821820.18223609
3.0142-3.1220.22982160.18353549
3.122-3.2470.23551800.19233627
3.247-3.39470.24811680.18413665
3.3947-3.57370.21811870.18633581
3.5737-3.79760.21381660.17073676
3.7976-4.09080.16951710.15513648
4.0908-4.50230.18731680.14883688
4.5023-5.15360.18352090.16293647
5.1536-6.49210.1882113690
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7222-0.42762.18867.7731-0.4265.04150.2992-1.6399-0.54851.2114-0.1647-0.88990.27170.9648-0.2360.71750.0422-0.20391.12160.03620.6056-51.0154-10.514921.8841
23.7661-0.0082-1.06282.74550.36342.64710.1345-0.52610.47410.48990.1691-0.2798-0.07640.486-0.16670.3036-0.04160.01930.3726-0.10550.3865-60.3486-2.89549.9929
34.9003-0.7383-2.99993.73872.79285.65210.0174-0.022-0.17520.41210.0668-0.11470.48240.0738-0.04390.26890.00230.00620.23870.02560.3636-72.8742-11.94954.8371
42.3004-0.2-0.52422.02490.16712.25930.26370.32270.54580.05780.0120.1634-0.2854-0.2516-0.28040.24420.01880.09450.27170.06290.4437-79.259-1.16472.3359
56.93180.40581.08949.1489-5.61346.29690.4264-0.8591.61670.97590.4938-0.2348-1.34730.2939-0.61580.6055-0.08910.22830.5016-0.25831.0665-63.914114.409813.3279
61.97740.31151.1184.22530.37312.30290.52430.58230.6057-1.0766-0.2868-1.0673-1.05930.0644-0.26820.8839-0.18460.32761.2483-0.03860.738-7.93938.0793-24.1309
74.3133-1.9105-1.1353.97092.71817.3712-0.00371.42990.6568-1.10090.1784-1.1329-0.56130.05290.01390.5083-0.11640.20710.85470.07970.569-10.58289.4932-21.544
83.11860.40870.3582.34920.71781.5264-0.11350.4082-0.0483-0.33850.2764-0.4648-0.0840.3546-0.02540.2501-0.02190.05970.3867-0.0510.3575-17.6473.9897-9.2589
92.43090.2320.38991.76840.7562.5686-0.0412-0.15680.0871-0.05270.01180.0145-0.038-0.00850.03210.16050.00770.00020.2236-0.0110.2436-34.00324.7735-1.4639
109.4734-2.8272-3.89617.37913.39782.7663-0.18760.5374-1.0484-0.3115-0.1004-0.50640.82520.41120.07310.3860.030.0430.3017-0.05030.7299-21.3115-15.0825-9.6163
117.0363.239-2.14122.18370.31783.4695-0.20550.557-0.93590.0207-0.22610.53760.9948-0.6740.42060.8966-0.0760.07510.4474-0.15440.5382-56.585518.2717-44.9133
121.9088-0.1874-0.91651.48740.74714.4148-0.23520.2307-0.1919-0.4202-0.08460.13870.4438-0.20720.27610.4174-0.00720.01920.2784-0.00590.3054-58.418326.6522-32.3485
137.9134-0.6748-0.72680.1412-0.1690.80430.12450.5965-1.7411-0.02940.24550.20460.4575-0.746-0.25240.584-0.0501-0.09220.51680.01210.7153-56.914915.8313-14.1278
142.64950.04980.35873.20030.05431.8748-0.0225-0.1050.22990.0532-0.0648-0.16330.15120.04020.08670.22120.01670.01090.22260.00110.2501-52.017532.2804-11.9567
159.062-6.1676-5.8256.725.19654.58660.48130.46750.13-0.9708-0.26250.0282-1.0448-0.2928-0.18970.55230.0596-0.09920.2860.05490.412-56.614145.6214-29.5756
168.64211.8857-0.56515.26910.13815.4601-0.06270.4224-0.5228-0.2994-0.12410.23090.4478-0.3550.0910.5449-0.00440.00050.3039-0.04830.2526-55.267-30.8675-45.4109
174.44413.97-3.32614.3625-3.32462.6434-0.4079-1.7297-1.21291.2986-0.4854-1.08690.10230.43540.80291.11120.02240.11680.68860.19250.6143-54.0404-44.2428-35.8807
181.24930.79240.29893.28611.29713.2032-0.06440.12380.0227-0.4221-0.03580.09080.0343-0.14110.10860.23350.0094-0.02810.23420.01850.23-57.2048-22.7921-30.123
196.89831.7120.61495.45340.52763.85780.07930.1331-0.7634-0.106-0.0798-0.19090.7502-0.2076-0.06090.3937-0.0273-0.03020.27370.00130.3597-51.8773-31.7422-16.3743
201.79310.17590.34413.18380.33881.94720.01520.00110.2786-0.0966-0.0314-0.0287-0.048-0.01230.00830.2192-0.00480.00990.2385-0.0080.2586-49.7318-15.4576-15.5996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 24:78)A24 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 79:181)A79 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 182:233)A182 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 234:298)A234 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 299:313)A299 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 24:47)B24 - 47
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 48:78)B48 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 79:191)B79 - 191
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 192:295)B192 - 295
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 296:314)B296 - 314
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 24:48)C24 - 48
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 49:179)C49 - 179
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 180:215)C180 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 216:295)C216 - 295
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 296:312)C296 - 312
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 23:67)D23 - 67
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 68:78)D68 - 78
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 79:182)D79 - 182
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 183:225)D183 - 225
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 226:312)D226 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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